Разработка адресной системы на основе анти-HER2-скаффолдов и молекулярной пары барназа-барстар для ступенчатой доставки цитотоксинов при терапии HER2-положительных злокачественных новообразований.

Адресная терапия опухолей и удаленных метастазов каждого конкретного пациента - основополагающая задача современной онкологии. Выбор схемы лечения, равно как успешность терапии, определяются индивидуальным молекулярным профилем опухоли. Для снижения побочных эффектов в процессе терапии представляется перспективным использовать ступенчатую доставку действующих агентов, или претаргетинг: на первой стадии к клетке определенного молекулярного профиля избирательно доставляется нетоксичный адресный модуль (антитело, неиммуноглобулиновые скаффолды), а на второй стадии - цитотоксический агент (токсины, радиоактивные изотопы), способный специфически взаимодействовать с адресным модулем, предварительно связавшимся с опухолевой клеткой-мишенью. Предполагается, что такая схема введения цитотоксического агента позволит улучшить его фармакокинетику и биораспределение, увеличить соотношение опухоль/органы, что в свою очередь позволит уменьшить пассивное поглощение цитотоксического агента здоровыми тканями и таким образом, снизить нежелательные побочные эффекты. Ключевой проблемой в системе ступенчатой доставки лекарства является высокоточное связывание in vivo адресного модуля и цитотоксического агента. С 1985 г. к решению этой проблемы разработано 4 основных подхода, основанных: 1) на нековалентном взаимодействии между стрептавидином и биотином (KD 10^15 М-1); 2) на использовании биспецифичных антител, способных взаимодействовать с мишенью на поверхности опухолевой клетки и с введенным цитотоксическим агентом (например, система «dock-and-lock» (Rossi E. et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2006, 103, 6841–6846); 3) на гибридизации комплементарных олигонуклеотидов (Westerlund K. et al. J. Nucl. Med. 2018, 59, 1092-1098); 4) на биоорганической клик-химии на основе тетразина и транс-циклоэтена (Altai M. et al., J. Nucl. Med. 2017, 58, 1553-1559). В тоже время проблема еще далека от разрешения, поскольку каждый из этих подходов имеет свои ограничения (гидрофобность, высокая иммуногенность и аллергенность стрептавидина, присутствие эндогенного биотина в организме; невысокая аффинность связывания компонентов с наномолярной константой диссоциации и биотехнологические проблемы производства биспецифических антител (агрегация, проблема растворимости), что приводит к дороговизне конечного продукта; в случае с синтетическими олигонуклеотидами селективность и скорость гибридизации очень сильно зависит от конкретной последовательности, также есть проблемы с растворимостью; нестабильность тетразина и транс-циклоэтена in vivo). Очевидно, что востребованы новые решения и подходы. Поэтому предлагаемая в данном проекте новая технология ступенчатой доставки обладает высокой степенью актуальности. В своей работе мы предлагаем систему ступенчатой доставки лекарства, в которой для высокоточного связывания in vivo адресного модуля и цитотоксического (или визуализирующего) агента впервые используется молекулярная пара барназа-барстар. Предполагается, что адресный модуль будет представлять собой белковый гибрид анти-HER2-скаффолда с одним из компонентов пары барназа-барстар, в то время как второй компонент этой пары будет связан с цитотоксическим (или визуализирующим) агентом. Для претаргетинга HER2-положительных опухолей мы предлагаем использовать инновационные неиммуноглобулиновые скаффолды – DARPins (Design Ankyrin Repeat Proteins), специфически взаимодействующие с различными эпитопами онкомаркера HER2 с константой диссоциации в наномолярном диапазоне (Boersma Y. et al. Curr. Opin. Biotechnol. 2011, 22, 849–857) и/или аффибоди (Löfblom J. et al. Curr. Opin. Biotechnol. 2011, 22, 843–848). Барназа и барстар - два небольших белка из Bacillus amyloliquefaciens, способных быстро образовывать прочный комплекс (KD 10^-14 М) (Hartley R.W. Methods Enzymol. 2001, 341, 599–611). Существенным преимуществом предлагаемой системы является гораздо более сильное взаимодействие (на 4-5 порядков больше) компонентов пары барназа-барстар, используемое на второй стадии доставки цитотоксического агента по сравнению со взаимодействием адресного модуля с опухолевой клеткой на первой стадии доставки, что в конечном итоге должно обеспечить быстрое, прочное и высокоселективное связывание цитотоксического агента с мишенью. В качестве цитотоксического агента предполагается в первую очередь использовать фрагмент псевдомонадного токсина PE40, который будет использован как в составе гибридного рекомбинантного белка с одним из компонентов пары барназа-барстар, так и в составе липосомной конструкции. Липосомы, нагруженные цитотоксическим белком, могут оказаться более функционально эффективными, чем «голый» белок, поскольку, во-первых, будет снижена иммуногенность чужеродного белка PE40, во-вторых, сам он будет защищен от деградации во время циркуляции по кровотоку. Для отработки системы доставки желательно иметь возможность визуализации доставляемой конструкции. Для этого предлагается дополнить цитотоксический агент визуализирующей меткой, в качестве которой могут быть использованы инфракрасные флуоресцентные белки (например, iRFP (Filonov G. et al. Nat. Biotechnol. 2011, 29, 757–761), λex/em 690/713 нм), и/или красители (например, iRDye800). Научная новизна проекта заключается в том, что впервые в мире в системе поэтапной доставки терапевтического агента к опухолевой клетке будет применена молекулярная пара барназа-барстар, обладающая рядом существенных преимуществ по сравнению с существующими на сегодняшний день подходами. Предлагаемый подход является новым применением оригинальной авторской технологии, которая ранее была использована для конструирования мультивалентных антител (Deyev S. et al. Nat. Biotechnol. 2003, 12, 1486-1492).

6 Января 2019 года — 31 Декабря 2023 года

Деев С.М. (рук.), Лебеденко Е.Н., Прошкина Г.М., Шилова О.Н.

Лаборатория молекулярной иммунологии

Грант, РНФ

Список публикаций по проекту

  1. Vorobyeva A, Schulga A, Rinne SS, Günther T, Orlova A, Deyev S, Tolmachev V (2019). Indirect Radioiodination of DARPin G3 Using N-succinimidyl--Iodobenzoate Improves the Contrast of HER2 Molecular Imaging. Int J Mol Sci 20 (12),
  2. Shilova ON, Deyev SM (2019). DARPins: Promising Scaffolds for Theranostics. Acta Naturae 11 (4), 42–53
  3. Khodarovich YM, Konovalova EV, Schulga AA, Deyev SM, Petrov RV (2020). Removal of the Translocation Domain and the Furin Cleavage Site Decreases the Relative Hepatotoxicity of the Targeted Antitumor Toxins. Dokl Biochem Biophys 489 (1), 370–372
  4. Khodarovich YM, Rakhmaninova DD, Barishnikova AM, Deyev SM (2020). Doxycycline Sensitive Two-Promoter Integrator Based on the TET-ON 3G Transactivator. Mol Biol 54 (2), 269–273
  5. Shramova E, Proshkina G, Shipunova V, Ryabova A, Kamyshinsky R, Konevega A, Schulga A, Konovalova E, Telegin G, Deyev S (2020). Dual targeting of cancer cells with darpin-based toxins for overcoming tumor escape. Cancers (Basel) 12 (10), 1–15
  6. Proshkina G, Deyev S, Ryabova A, Tavanti F, Menziani MC, Cohen R, Katrivas L, Kotlyar A (2019). DARPin_9-29-Targeted Mini Gold Nanorods Specifically Eliminate HER2-Overexpressing Cancer Cells. ACS Appl Mater Interfaces 11 (38), 34645–34651
  7. Deyev SM, Vorobyeva A, Schulga A, Abouzayed A, Günther T, Garousi J, Konovalova E, Ding H, Gräslund T, Orlova A, Tolmachev V (2019). Effect of a radiolabel biochemical nature on tumor-targeting properties of EpCAM-binding engineered scaffold protein DARPin Ec1. Int J Biol Macromol 145, 216–225
  8. Шипунова ВО, Шрамова ЕИ, Шульга АА, Шилова МВ, Деев СМ, Прошкина ГМ (2020). Доставка барназы к клеткам в составе липосом, функционализированных HER2-специфичным модулем DARPin. Bioorg Khim 46 (6), 701–707
  9. Shipunova VO, Shramova EI, Schulga AA, Shilova MV, Deyev SM, Proshkina GM (2020). Delivery of Barnase to Cells in Liposomes Functionalized by Her2-Specific DARPin Module. Russ. J. Bioorganic Chem. 46 (6), 1156–1161
  10. Deyev SM, Xu T, Liu Y, Schulga A, Konovalova E, Garousi J, Rinne SS, Larkina M, Ding H, Gräslund T, Orlova A, Tolmachev V, Vorobyeva A (2021). Influence of the Position and Composition of Radiometals and Radioiodine Labels on Imaging of Epcam Expression in Prostate Cancer Model Using the DARPin Ec1. Cancers (Basel) 13 (14),
  11. Shramova EI, Shilova MV, Ryabova AV, Dzhalilova DS, Zolotova NA, Telegin GB, Deyev SM, Proshkina GM (2021). Barnase*Barstar-guided two-step targeting approach for drug delivery to tumor cells in vivo. J Control Release 340, 200–208
  12. Proshkina G, Shramova E, Ryabova A, Katrivas L, Giannini C, Malpicci D, Levi-Kalisman Y, Deyev S, Kotlyar A (2022). Novel Small Multilamellar Liposomes Containing Large Quantities of Peptide Nucleic Acid Selectively Kill Breast Cancer Cells. Cancers (Basel) 14 (19),
  13. Balalaeva IV, Krylova LV, Karpova MA, Shulga AA, Konovalova EV, Guryev EL, Deyev SM (2022). Synergistic Effect of the Combined Action of Targeted and Photodynamic Therapy on HER2-Positive Breast Cancer. Dokl Biochem Biophys 507 (1), 330–333
  14. Shipunova VO, Komedchikova EN, Kotelnikova PA, Nikitin MP, Deyev SM (2023). Targeted Two-Step Delivery of Oncotheranostic Nano-PLGA for HER2-Positive Tumor Imaging and Therapy In Vivo: Improved Effectiveness Compared to One-Step Strategy. Pharmaceutics 15 (3), 833
  15. Frolova AY, Pakhomov AA, Kakuev DL, Sungurova AS, Deyev SM, Martynov VI (2022). Cancer cells targeting with genetically engineered constructs based on a pH-dependent membrane insertion peptide and fluorescent protein. Biochem Biophys Res Commun 612, 141–146
  16. Khodarovich Y, Rakhmaninova D, Kagarlitskiy G, Baryshnikova A, Deyev S (2020). Growth Retardation of Poorly Transfectable Tumor by Multiple Injections of Plasmids Encoding PE40 Based Targeted Toxin Complexed with Polyethylenimine. Curr Gene Ther 20 (4), 289–296
  17. Novoselova MV, Shramova EI, Sergeeva OV, Shcherbinina EY, Perevoschikov SV, Melnikov P, Griaznova OY, Sergeev IS, Konovalova EV, Schulga AA, Proshkina GM, Zatsepin TS, Deyev SM, Gorin DA (2022). Polymer/magnetite carriers functionalized by HER2-DARPin: Avoiding lysosomes during internalization and controlled toxicity of doxorubicin by focused ultrasound induced release. Nanomedicine 47, 102612
  18. Komedchikova EN, Kolesnikova OA, Syuy AV, Volkov VS, Deyev SM, Nikitin MP, Shipunova VO (2023). Targosomes: Anti-HER2 PLGA nanocarriers for bioimaging, chemotherapy and local photothermal treatment of tumors and remote metastases. J Control Release 365, 317–330
  19. Yashchenok AM, Chernyshev VS, Konovalova EV, Kholodenko R, Tsydenzhapova E, Shipunova VO, Schulga AA, Deyev SM, Gorin DA (2023). Anti-CD63-Oligonucleotide Functionalized Magnetic Beads for the Rapid Isolation of Small Extracellular Vesicles and Detection of EpCAM and HER2 Membrane Receptors using DARPin Probes. Anal Sens 3 (1),