Ширшиков Фёдор Владимирович

Личная информация

Получил высшее образование в Казанском федеральном университете, который закончил с дипломом микробиолога. В качестве специализации на старших курсах выбрал молекулярную биологию. Студентом вне учебной программы освоил ряд методов биоинформатики, что нашло применение в моих курсовых работах и дипломном проекте.

Главным увлечением остаются биологические науки и органическая химия, но ещё я люблю кататься на горном велосипеде, изучаю типографику и графический дизайн. Умею вручную переплетать и реставрировать книги. Около шести лет занимался в секции бокса. Учился в средней образовательной школе № 43 в Казани и там же закончил детскую художественную школу № 2. Свободное время посвящаю плёночной фотографии в стиле «Ломография».

Читайте заметку обо мне на научно-популярном сайте «Теории и практики Москвы». В этой небольшой статье рассказывается о том, как я начал заниматься биологией, а также об основных научных результатах, полученных во время студенчества. Текст этой заметки будет интересен тем, кто хочет узнать о пользе применения биоинформатики для разработки противоопухолевых препаратов на основе рибонуклеаз.

Образование

Период обученияСтрана, городУчебное заведениеДополнительная информация
2007–2012 Россия, Казань Казанский университет Диплом микробиолога с отличием

Научные интересы

Сфера моих научных интересов касается микробиологии, молекулярной биологии и структурной биоинформатики. Особый интерес для меня представляет работа на стыке теоретических и экспериментальных исследований.

В настоящее время занимаюсь разработкой способов молекулярной диагностики фитопатогенов на основе метода петлевой изотермической амплификации.

Премии и заслуги

  • Специальная государственная стипендия Правительства Российской Федерации;
  • Специальная государственная стипендия Республики Татарстан;
  • Почётная стипендия имени М. И. Беляевой для микробиологов Казанского университета.

Основные научные результаты

  • Создание первого в мире набора праймеров для детекции бактериальных патогенов картофеля из рода Dickeya на основе метода петлевой изотермической амплификации (LAMP). Набор праймеров запатентован на территории Российской Федерации (патент на изобретение № 2642313);
  • Разработка программного обеспечения для подбора гена-мишени и последующего дизайна специфических праймеров на основе множественного выравнивания ортологичных нуклеотидных последовательностей;
  • Открытие нового геномовида фитопатогенных бактерий на основе методов сравнительной геномики, способных существовать в ассоциативном симбиозе с плодовыми мушками рода Drosophila. Новый геномовид назван "Candidatus Pectobacterium maceratum" по основному симптому, который вызывают бактерии мокрой гнили, а именно мацерация растительной ткани;
  • Предсказание существования спирального гидрофобного сегмента у некоторых секретируемых рибонуклеаз, обладающих противоопухолевой активностью;
  • Объяснение механизма димеризации биназы в водном растворе;
  • Создание принципиально новой модели цитотоксичности рибонуклеаз с гидрофобным сегментом, включающей в себя механизм выхода рибонуклеаз из эндосом, и предлагающей в качестве внутриклеточной мишени действия рибонуклеаз внешнюю мембрану митохондрий, увеличение проницаемости которой при действии гидрофобного сегмента служит ключевым фактором в инициации апоптоза опухолевой клетки.

Членство в научных обществах

  • Российское общество биохимиков и молекулярных биологов РАН;
  • Федерация европейских биохимических обществ;
  • Совет молодых учёных ИБХ РАН.

Избранные публикации

  1. Shirshikov FV, Korzhenkov AA, Miroshnikov KK, Kabanova AP, Barannik AP, Ignatov AN, Miroshnikova KA (2018). Draft genome sequences of new genomospecies "Candidatus Pectobacterium maceratum" strains, which cause soft rot in plants. Genome Announc 6 (15),
  2. Shirshikov FV, Cherepnev GV, Ilinskaya ON, Kalacheva NV (2013). A hydrophobic segment of some cytotoxic ribonucleases. Med Hypotheses 81 (2), 328–334
  3. Shirshikov FV (2013). Physicochemical properties of the antitumor ribonucleases.  (0), 32
  4. Shirshikov FV (2013). Evolutionary role of the hydrophobic segment of bacillar ribonucleases.  (0), 31
  5. Shirshikov FV (2013). On the molecular basis of the onconase and barnase cytotoxicity. FEBS J 280 (0), 545–6