Избранные публикации

1. Shagina I., Bogdanova E., Mamedov I., Lebedev Y., Lukyanov S., Shagin D. (2010). Normalization of genomic DNA using duplex-specific nuclease. BioTechniques 48 (6), 351–355 [+]

   An application of duplex-specific nuclease (DSN) normalization technology to whole-genome shotgun sequencing of genomes with a large proportion of repetitive DNA is described. The method uses a thermostable DSN from the Kamchatka crab that specifically hydrolyzes dsDNA. In model experiments on human genomic DNA, we demonstrated that DSN normalization of double-stranded DNA formed during C0t analysis is effective against abundant repetitive sequences with high sequence identity, while retaining highly divergent repeats and coding regions at baseline levels. Thus, DSN normalization applied to C0t analysis can be used to eliminate evolutionarily young repetitive elements from genomic DNA before sequencing, and should prove invaluable in studies of large eukaryotic genomes, such as those of higher plants.

2. Bogdanov A.M., Bogdanova E.A., Chudakov D.M., Gorodnicheva T.V., Lukyanov S., Lukyanov K.A. (2009). Cell culture medium affects GFP photostability: a solution. Nat. Methods 6 (12), 859–60
3. Shcherbo D., Merzlyak E.M., Chepurnykh T.V., Fradkov A.F., Ermakova G.V., Solovieva E.A., Lukyanov K.A., Bogdanova E.A., Zaraisky A.G., Lukyanov S., Chudakov D.M. (2007). Bright far-red fluorescent protein for whole-body imaging. Nat. Methods 4 (9), 741–6 [+]

   Разработан новый флуоресцентный белок Katushka, обладающий флуоресценцией в дальне-красной области спектра, которая является предпочтительной для анализа сигнала внутри тканей животных. Katushka в десять раз ярче, чем созданные ранее дальне-красные флуоресцентные белки и характеризуется высокой скоростью созревания, высокой рН-стабильностью и фотостабильностью. Это делает новый белок идеальным инструментом для прижизненного мечения клеток внутри целых организмов. Создан мономерный вариант белка Katushka, названный mKate, для исследования внутриклеточной локализации белков.

4. Shagin D.A., Rebrikov D.V., Kozhemyako V.B., Altshuler I.M., Shcheglov A.S., Zhulidov P.A., Bogdanova E.A., Staroverov D.B., Rasskazov V.A., Lukyanov S. (2002). A novel method for SNP detection using a new duplex-specific nuclease from crab hepatopancreas. Genome Res. 12 (12), 1935–42 [+]

   Охарактеризован новый фермент — дуплекс-специфическая нуклеаза (ДСН) из гепатопанкреаса камчатского краба. ДСН обладает высокой специфичностью к двухцепочечной ДНК при отсутствии гидролитической активности по отношению к одноцепочечной ДНК и РНК и стабильность в широком диапазоне температур. Благодаря уникальной комбинации свойств ДСН является идеальным инструментом для удаления двухцепочечной ДНК из сложных смесей нуклеиновых кислот.