To perform a search it is necessary to set search conditions (in the left table) and mark features that should be shown in results (in the right table). Explanatin for the parameters are listed below.
Class — class of the RE (Alu, LINE HERV or SVA).
Family — RE family.
Accession — accession number in NCBI GenBank database containing RE insertion (if applicable) or preintegration site.
Chromosome — chromosome number.
Neighboring gene — name of the neighboring gene (protein coding genes taken from the mRNA reference sequences collection (RefSeq) compiled at NCBI).
Gene location — RE location regarding to the gene (downstream, upstream or in the gene intron).
Orientation — orientation of RE regarding to transcription direction of the gene.
Frequency — average RE containing allele frequency in studied human populations (if applicable) low — lower than 25%, intermediate — between 25 and 75%, high — grater than 75%.
Primers — oligonucleotide primers used for PCR amplification to detect allele state (if applicable).
Browser link — link to the fragment in UCSC Human Genome Browser containing RE Insertion or preintegration site.
Sequence — nucleotide sequence of the retroelement.
Direct repeat — nucleotide sequence of direct repeat (target site duplication) forming due to RE insertion into genome.
Reference — reference to the article were particular RE were first studied.
Complete list of the references can be found here.