Сведения о научной деятельности Пахомова А.А. за последние 5 лет

Научные публикации в реферируемых журналах:

1.	Pakhomov A.A., Deyev I.E., Ratnikova N.M., Chumakov S.P., Mironiuk V.B., Kononevich Y.N., Muzafarov A.M., Martynov V.I. BODIPY-based dye for no-wash live-cell staining and imaging. // Biotechniques, 2017 V. 63, N. 2, P. 77-80.
2.	Pakhomov A.A., Martynov V.I., Orsa A.N., Bondarenko A.A., Chertkova R.V., Lukyanov K.A., Petrenko A.G., Deyev I.E. Fluorescent protein Dendra2 as a ratiometric genetically encoded pH-sensor. // Biochemical and Biophysical Research Communications, 2017, V. 193, No. 4, P. 1518-1521.
3.	Pakhomov A.A., Mironiuk V.B., Kononevich Y.N., Korlyukov A.A., Volodin A.D., Pryakhina T.A., Martynov V.I., Muzafarov A.M. Synthesis and Crystal Structure of a Meso-Decene-BODIPY Dye as a Functional Bright Fluorophore for Silicone Matrices. // Mendeleev Communications, 2017, V.27, N 4, P. 363-365.
4.	А.А. Пахомов, Черткова Р.В., И. Е. Деев, А. Г. Петренко, В.И. Мартынов Создание фотоактивируемого флуоресцентного белка на основе фотоконвертируемого предшественника // Биоорганическая химия, 2017, т. 43, № 3, С.326-329.
5.	A.A. Pakhomov, Y.N. Kononevich, A.A. Korlyukov, V.I. Martynov and A.M. Muzafarov. Synthesis, crystal structure and optical properties of a new meso-acrylate BODIPY dye // Mendeleev Communications, 2016, V.26., No.8., P.196-198.
6.	A.A. Pakhomov, Y.N. Kononevich, M.V. Stukalova, E.A. Svidchenko, N.M. Surin, G.V. Cherkaev, O.I. Shchegolikhina, V.I. Martynov and A.M. Muzafarov. Synthesis and photophysical properties of a new BODIPY-based siloxane dye // Tetrahedron Letters, 2016, V.57., No.9., P.979-982.
7.	Мартынов В.И., Пахомов А.А., Попова Н.В., Деев И.Е., Петренко А.Г. Синтетические флуорофоры для визуализации биомолекул в живых системах // Acta Naturae, 2016, т. 8, № 3, с. 119-133.
8.	Pletneva N.V., Pletnev S., Pakhomov A.A., Chertkova R.V., Martynov V.I., Muslinkina L., Dauter Z., Pletnev V.Z. Crystal structure of the fluorescent protein from Dendronephthya sp. in both green and photoconverted red forms // Acta Crystallographica Section D, 2016, V. 72 P. 922-932.
9.	Ильницкая Е.В., Кононевич Ю.Н., Музафаров А.М., Ржевский С.А., Шадрин И.А., Бабаев Е.В., Мартынов В.И., Пахомов А.А. “Получение и использование BODIPY-меченых олигонуклеотидов для полимеразной цепной реакции в реальном времени” // Биоорганическая химия, 2015, т. 41, №4, с. 505-508.
10.	Пахомов А.А., Черткова Р.В., Мартынов В.И. “pH-сенсорные свойства флуоресцентного белка из Dendronephthya sp.” // Биоорганическая химия, 2015, т. 41, №6, с. 669-674

Публикации в тезисах докладов на конференциях:

1.	Martynov, V.I., Pakhomov, A.A., Chertkova, R.V., Deyev, I.E., Petrenko, A.G. Fluorescent protein from Dendronephthya sp. as a ratiometric green/red emitting pH sensor. // FEBS Journal, 2017, V.284, Suppl. 1, P. 320
2.	Пахомов А.А. Дендримеры как основа для создания сверхъярких флуоресцентных соединений // VII Всероссийская Каргинская конференция «Полимеры — 2017», Москва, 13-17 июня, 2017, тезисы докладов, с. 580.
3.	Пахомов А.А., Кононевич Ю.Н., Мартынов В.И. Сольватохромизм олиго-BODIPY-силоксановых конъюгатов // «Информационные технологии в медицине, биологии, фармакологии и экологии» IT + M&Ec`2016, Гурзуф, 2 - 12 июня, 2016, тезисы докладов, с. 99-101.
4.	Пахомов А.А. "Использование дендримерной топологии для создания флуоресцентных красителей с высокой яркостью" // V Съезд биохимиков России, Сочи – Дагомыс, Россия, 4–8 октября, 2016, Acta Naturae, спецвыпуск, т.2, с. 132.
5.	Пахомов А.А., Черткова Р.В., Деев И.Е., Петренко А.Г., Мартынов В.И. “Измерение внутриклеточного рН при помощи генетически кодируемого биосенсора на основе фотоконвертируемого флуоресцентного белка” // XXIII международная конференция «Новые информационные технологии в медицине, биологии, фармакологии и экологии» IT + M&Ec`2015, Крым, Ялта-Гурзуф, 2 - 12 июня, 2015, тезисы докладов, с. 328-329.
6.	Пахомов А.А., Черткова Р.В., Мартынов В.И. “Генетически кодируемый рН-сенсор на основе флуоресцентного белка DendFP” // VII Российский симпозиум «Белки и пептиды», г. Новосибирск, 12 - 17 июля, 2015, тезисы докладов, с. 148.
7.	М.В. Стукалова, Ю.Н. Кононевич, А.А. Пахомов, О.И. Щеголихина, А.М. Музафаров. “Синтез нового силоксанового флуоресцентного красителя на основе BODIPY” // XIII Андриановская конференция «Кремнийорганические соединения. Синтез, свойства, применение», Москва, 28 июня - 1 июля, 2015, тезисы докладов, с. 143.
8.	Пахомов А.А. “Сверхъяркие флуоресцентные метки на основе органических красителей” // Moscow Science Week 2014 - Неделя науки в Москве, 2014, 8-12 сентября, постер B 43 (http://moscowscienceweek.ru/ru/program/poster-talks)
9.	Пахомов А. А. “Флуоресцентные дендримеры” // Шестая всероссийская Каргинская конференция «Полимеры — 2014», Москва, 27-31 января, 2014, тезисы докладов, т. 1, с. 177.

Руководство грантами:

Грант программы президиума РАН "Молекулярная и клеточная биология" НГ - Новые Группы «Флуоресцентные красители для биотехнологии на основе дендримеров» (2012-2014);
РНФ 14-13-01478 «Сверхъяркие флуоресцентные метки на основе органических красителей» на финансирование проектов отдельных научных групп (2014-2016);
РФФИ 15-34-70033 «Новые высокочувствительные флуоресцентные зонды для диагностических систем» (2015-2016);
Стипендия Президента РФ для молодых ученых (2013-2015).

Ответственный исполнитель грантов:

РФФИ 12-04-00076-а «Исследование механизмов спектральной самонастройки белков семейства GFP» (2012-2014, {435}~1305 т.р.);
РНФ 14-50-00131 «Белки и пептиды в постгеномную эру. Структурно-функциональные исследования для решения фундаментальных задач и направленного конструирования инновационных лекарственных средств» по приоритетному направлению деятельности Российского научного фонда «Реализация комплексных научных программ, предусматривающих развитие научных организаций и образовательных организаций высшего образования в целях укрепления кадрового потенциала науки, проведения научных исследований и разработок мирового уровня, создания наукоемкой продукции» (2014 - 2018).

Руководство Студенческими работами:

2014 Фролова А.Ю. (МИТХТ им. М.В. Ломоносова). Диплом магистра «Необычные посттрансляционные модификации в красном флуоресцентном белке из Branchiostoma floridae».
2015 бакалаврские дипломы, 4-й курс, кафедра ХТБАС (химической технологии биологически-активных соединений)
Семкин М.Ю. «Структура хромофора зеленого флуоресцентного белка из Branchiostoma lanceolatum»
Спасовская Д.А. «Влияние аминокислотного окружения хромофора на фотоактивационные свойства флуоресцентного белка из Dendronephthya sp.»
2016 Фролова А.Ю. (МИТХТ им. М.В. Ломоносова) «Синтез хромофора и спектральные свойства флуоресцентного белка laRFP»
2017 МГУ им. М.В. Ломоносова, биологический факультет
Пермяков М.Г. «Изучение взаимодействия хромофора с аминокислотным окружением во флуоресцентном белке из ланцетника Branchiostoma floridae»
Бондаренко А.А. «рН-сенсорные свойства флуоресцентного белка из кораллового полипа Dendronephthya sp.»

С 2012 по 2017 гг.- руководитель новой группы «Флуоресцентных красителей для биотехнологии», сформированной после получения гранта по программе Президиума РАН «Молекуляная и клеточная биология» - НГ, которая в последствии объединилась с группой «Химии хромопротеинов» в лабораторию «Молекулярной тераностики».