Для осуществления поиска необходимо задать условия и отметить
параметры, выдаваемые в результате поиска. Результаты представляются в виде
таблицы, в которой перечислены найденные в базе RE, удовлетворяющие условиям поиска.
Более подробная информация о каждом ретроэлементе демонстрируется в отдельном окне.
Для осуществления поиска в левом окне возможно задать следующие параметры:
ID внутренний идентификационный номер ретроэлемента;
класс класс ретроэлемента;
семейство семейство ретроэлемента;
xромосома номер хромосомы человека на которой расположен полиморфный RE;
accession номер нуклеотидной последовательности в геномной базе данных NCBI
в которой содержится интеграция RE или преинтеграционный сайт;
близлежащие гены название наиболее близко расположенного гена (генов).
Под термином «ген» понимаются как известные гены,
так и предсказанные на основе выравнивания полноразмерных мРНК
из базы данных RefSeq NCBI и последовательности генома человека при помощи программы BLAT;
расположение расположение RE относительно ближайшего гена: перед геном (upstream)
интеграция RE находится перед точкой старта транскрипции, после гена (downstream) после точки
терминации транскрипции, интрон в интроне гена;
ориентация ориентация RE относительно направления транскрипции ближайшего гена:
смысловая ориентация RE совпадает с направлением транскрипции гена,
антисмысловая не совпадает;
частота частота аллеля содержащего инсерцию
RE согласно опубликованным данным: высокая
более 75%, средняя 25-75%, низкая менее 25%.
В правом окне задаются характеристики RE отображаемые в результирующей таблице.
Кроме параметров, присутствующих в поиске, можно задать следующие характеристики:
праймеры набор олигонуклеотидных праймеров, фланкирующих инсерцию RE для проведения ПЦР,
если полиморфизм подтвержден экспериментально;
браузер UCSC интерактивная ссылка на геномный локус в UCSC Human Genome Browser,
содержащий RE или точку его интеграции;
последовательность нуклеотидная последовательность ретроэлемента;
прямой повтор нуклеотидная последовательность коротких прямых повторов (дупликации сайта мишени),
образующихся в геномной ДНК в результате интеграции ретроэлемента;
ссылка ссылка на оригинальную работу, в которой впервые был показан полиморфизм данной интеграции RE.
Список всех опубликованных работ, ссылки на которые содержаться в базе, можно посмотреть здесь.
|