главная поиск
ссылки
 
 
 
 

Для осуществления поиска необходимо задать условия и отметить параметры, выдаваемые в результате поиска. Результаты представляются в виде таблицы, в которой перечислены найденные в базе RE, удовлетворяющие условиям поиска. Более подробная информация о каждом ретроэлементе демонстрируется в отдельном окне.

Для осуществления поиска в левом окне возможно задать следующие параметры:
ID — внутренний идентификационный номер ретроэлемента;
класс — класс ретроэлемента;
семейство — семейство ретроэлемента;
xромосома — номер хромосомы человека на которой расположен полиморфный RE;
accession — номер нуклеотидной последовательности в геномной базе данных NCBI в которой содержится интеграция RE или преинтеграционный сайт;
близлежащие гены — название наиболее близко расположенного гена (генов). Под термином «ген» понимаются как известные гены, так и предсказанные на основе выравнивания полноразмерных мРНК из базы данных RefSeq NCBI и последовательности генома человека при помощи программы BLAT;
расположение — расположение RE относительно ближайшего гена: перед геном (upstream) — интеграция RE находится перед точкой старта транскрипции, после гена (downstream) — после точки терминации транскрипции, интрон — в интроне гена;
ориентация — ориентация RE относительно направления транскрипции ближайшего гена: смысловая — ориентация RE совпадает с направлением транскрипции гена, антисмысловая — не совпадает;
частота — частота аллеля содержащего инсерцию RE согласно опубликованным данным: высокая — более 75%, средняя  — 25-75%, низкая — менее 25%.

В правом окне задаются характеристики RE отображаемые в результирующей таблице. Кроме параметров, присутствующих в поиске, можно задать следующие характеристики:
праймеры — набор олигонуклеотидных праймеров, фланкирующих инсерцию RE для проведения ПЦР, если полиморфизм подтвержден экспериментально;
браузер UCSC — интерактивная ссылка на геномный локус в UCSC Human Genome Browser, содержащий RE или точку его интеграции;
последовательность — нуклеотидная последовательность ретроэлемента;
прямой повтор — нуклеотидная последовательность коротких прямых повторов (дупликации сайта мишени), образующихся в геномной ДНК в результате интеграции ретроэлемента;
ссылка — ссылка на оригинальную работу, в которой впервые был показан полиморфизм данной интеграции RE.
Список всех опубликованных работ, ссылки на которые содержаться в базе, можно посмотреть здесь.