Пресс-центр / новости / Наука /

VDJdb - база данных Т-клеточных рецепторов: update 2019

База данных VDJdb, содержащая последовательности Т-клеточных рецепторов (TCR) с охарактеризованной специфичностью, была создана группой сотрудников отдела Геномики адаптивного иммунитета ИБХ в сотрудничестве с зарубежными коллегами в 2017 году.

Григоров Артем

В недавно опубликованной статье в Nucleic Acid Research авторы представили существенно обновленную версию, включающую два дополнительных режима анализа данных, что значительно облегчает применение VDJdb при исследованиях репертуаров Т-клеточных рецепторов. Совершенствование методов определения специфичности TCR и общий рост интенсивности исследований в этой области позволил расширить размер VDJdb более чем в 5 раз. Обновленная версия содержит более 60 000 последовательностей TCR человека, мыши и других позвоночных, для которых показана специфичность к более чем 200 эпитопам из белков различных патогенов и селф-антигенов. Обновление также включает несколько дополнительных способов анализа. В частности, реализована возможность on-line аннотации больших наборов последовательностей TCR, полученных в ходе экспериментальной работы пользователя. Применение к массиву последовательностей VDJdb новых биоинформатических методов поиска групп последовательностей Т-клеточных рецепторов со сходной антиген-специфичностью позволило софрмировать набор из нескольких высококачественных мотивов TCR, специфичных к ряду антигенов. Набор мотивов применяется для оптимального поиска TCR к интересующим антигенам в исследуемом репертуаре. Полученные мотивы также могут использоваться для создания алгоритмов предсказания специфичности TCR по первичной последовательности. Внесенные дополнения и расширение объема VDJdb существенно повышает эффективность использования этого инструмента при исследовании системы адаптивного иммунитета. База данных VDJdb находится в открытом доступе по ссылке: https://vdjdb.cdr3.net.

Интерфейс браузера мотивов

11 октября