Лаборатория методов иммуносеквенирования

Ф.И.О.ДолжностьКонтакты
Чудаков Дмитрий Михайлович, д. б. н.рук. подр.ChudakovDM@mail.ru+7(499)742-81-22
Богданова Екатерина Андреевна, к. б. н.н.с.katya@ibch.ru+7(495)988-40-83#726
Турчанинова Мария Андреевна, к. б. н.н.с.turchaninova.m@gmail.com+7(499)724-81-22
Путинцева Екатерина Викторовнан.с.e.putintseva@yandex.ru+7(499)742-81-22
Болотин Дмитрий Александровичн.с.bolotin.dmitriy@gmail.com+7(499)742-81-22
Киргизова Виталина Игоревнан.с.vitalina.kirgizova@gmail.com
Дружиловская Оксана Сергеевнан.с.
Шагина Ирина Александровнан.с.
Переверзев Антон Петровичм.н.с.anton.pereverzev@gmail.com
Зуева Ольга Ивановнам.н.с.zueva@yahoo.com
Лебедин Михаил Юрьевичм.н.с.lebmih@yandex.ru
Егоров Евгений Станиславовичасп.
Абдулазизова Алина Ражидиновнатех.-лаб.alina-ab55@yandex.ru
Сырко Денис Сергеевичинженер
Назаров Вадим Игоревичинженер

Ранее здесь работали:

Мерзляк Екатерина Марковна, к. б. н.
Матвеева Надежда Константиновнапом. дир.luk.officemanager@gmail.com
Британова Ольга Владимировна, к. б. н.с.н.с.olbritan@gmail.com
Староверов Дмитрий Борисовичн.с.dstaroverov@evrogen.ru
Щербо Дмитрий Сергеевич, к. б. н.н.с.dshcherbo@gmail.com
Касацкая Софья Алексеевнам.н.с.sonya-kas@yandex.ru
Шемякина Ирина Игоревнам.н.с.
Шугай Михаил Александрович, к. б. н.м.н.с.mikhail.shugay@gmail.com
Лебедин Михаил Юрьевичм.н.с.lebmih@yandex.ru
Наконечная Татьяна Олеговнаасп.nto15.10@gmail.com
Израельсон Марк Александровичтех.-лаб.mizraelson@gmail.com

Избранные публикации

  1. Davey MS, Willcox CR, Hunter S, Kasatskaya SA, Remmerswaal EBM, Salim M, Mohammed F, Bemelman FJ, Chudakov DM, Oo YH, Willcox BE (2018). The human Vδ2+T-cell compartment comprises distinct innate-like Vγ9+and adaptive Vγ9-subsets. Nat Commun 9 (1), 1760
  2. Hunter S, Willcox CR, Davey MS, Kasatskaya SA, Jeffery HC, Chudakov DM, Oo YH, Willcox BE (2018). Human liver infiltrating γδ T cells are composed of clonally expanded circulating and tissue-resident populations. J Hepatol 69 (3), 654–665
  3. Pennacchietti F, Serebrovskaya EO, Faro AR, Shemyakina II, Bozhanova NG, Kotlobay AA, Gurskaya NG, Bodén A, Dreier J, Chudakov DM, Lukyanov KA, Verkhusha VV, Mishin AS, Testa I (2018). Fast reversibly photoswitching red fluorescent proteins for live-cell RESOLFT nanoscopy. Nat Methods 15 (8), 601–604
  4. Pogorelyy MV, Minervina AA, Chudakov DM, Mamedov IZ, Lebedev YB, Mora T, Walczak AM (2018). Method for identification of condition-associated public antigen receptor sequences. Elife 7 (0),
  5. Bolotin DA, Poslavsky S, Davydov AN, Frenkel FE, Fanchi L, Zolotareva OI, Hemmers S, Putintseva EV, Obraztsova AS, Shugay MA, Ataullakhanov RI, Rudensky AY, Schumacher TN, Chudakov DM (2017). Antigen receptor repertoire profiling from RNA-seq data. Nat Biotechnol 35 (10), 908–911
  6. Shugay M, Bagaev DV, Zvyagin IV, Vroomans RM, Crawford JC, Dolton G, Komech EA, Sycheva AL, Koneva AE, Egorov ES, Eliseev AV, Van Dyk E, Dash P, Attaf M, Rius C, Ladell K, McLaren JE, Matthews KK, Clemens EB, Douek DC, Luciani F, Van Baarle D, Kedzierska K, Kesmir C, Thomas PG, Price DA, Sewell AK, Chudakov DM (2017). VDJdb: A curated database of T-cell receptor sequences with known antigen specificity. Nucleic Acids Res 46 (1), D419–D427
  7. Levine AG, Medoza A, Hemmers S, Moltedo B, Niec RE, Schizas M, Hoyos BE, Putintseva EV, Chaudhry A, Dikiy S, Fujisawa S, Chudakov DM, Treuting PM, Rudensky AY (2017). Stability and function of regulatory T cells expressing the transcription factor T-bet. Nature 546 (7658), 421–425
  8. Pogorelyy M, PuelmaTouzer M, Minervina AA, Sycheva AL, Chudakov DM, Mamedov IZ, Mora T, Walczak AM, Lebedev YB (2017). High throughput sequencing of identical twins TCR repertoires after yellow fever vaccination.  (0), 60
  9. Zvyagin IV, Mamedov IZ, Tatarinova OV, Komech EA, Kurnikova EE, Boyakova EV, Brilliantova V, Shelikhova LN, Balashov DN, Shugay M, Sycheva AL, Kasatskaya SA, Lebedev YB, Maschan AA, Maschan MA, Chudakov DM (2017). Tracking T-cell immune reconstitution after TCRαβ/CD19-depleted hematopoietic cells transplantation in children. Leukemia 31 (5), 1145–1153
  10. Davey MS, Willcox CR, Joyce SP, Ladell K, Kasatskaya SA, McLaren JE, Hunter S, Salim M, Mohammed F, Price DA, Chudakov DM, Willcox BE (2017). Clonal selection in the human Vδ1 T cell repertoire indicates γδ TCR-dependent adaptive immune surveillance. Nat Commun 8 (0), 14760
  11. (конференция) Zvyagin I, Tatarinova O, Mamedov I, Komech E, Maschan A, Shelikhova L, Kurnikova E, Boyakova E, Lebedev Y, Maschan M, Chudakov D (2016). T Cell Repertoire after Alpha/Beta-T Cell Depleted Allogeneic Hematopoietic Stem Cell Transplantation in Pediatric Patients. Blood  (128), 4582
  12. Plitas G, Konopacki C, Wu K, Bos PD, Morrow M, Putintseva EV, Chudakov DM, Rudensky AY (2016). Regulatory T Cells Exhibit Distinct Features in Human Breast Cancer. Immunity 45 (5), 1122–1134
  13. Turchaninova MA, Davydov A, Britanova OV, Shugay M, Bikos V, Egorov ES, Kirgizova VI, Merzlyak EM, Staroverov DB, Bolotin DA, Mamedov IZ, Izraelson M, Logacheva MD, Kladova O, Plevova K, Pospisilova S, Chudakov DM (2016). High-quality full-length immunoglobulin profiling with unique molecular barcoding. Nat Protoc 11 (9), 1599–1616
  14. Sarkisyan KS, Bolotin DA, Meer MV, Usmanova DR, Mishin AS, Sharonov GV, Ivankov DN, Bozhanova NG, Baranov MS, Soylemez O, Bogatyreva NS, Vlasov PK, Egorov ES, Logacheva MD, Kondrashov AS, Chudakov DM, Putintseva EV, Mamedov IZ, Tawfik DS, Lukyanov KA, Kondrashov FA (2016). Local fitness landscape of the green fluorescent protein. Nature 533 (7603), 397–401
  15. Feng Y, Van Der Veeken J, Shugay M, Putintseva EV, Osmanbeyoglu HU, Dikiy S, Hoyos BE, Moltedo B, Hemmers S, Treuting P, Leslie CS, Chudakov DM, Rudensky AY (2015). A mechanism for expansion of regulatory T-cell repertoire and its role in self-tolerance. Nature 528 (7580), 132–136
  16. Mishina NM, Mishin AS, Belyaev Y, Bogdanova EA, Lukyanov S, Schultz C, Belousov VV (2015). Live-cell STED microscopy with genetically encoded biosensor. Nano Lett 15 (5), 2928–2932
  17. Bolotin DA, Poslavsky S, Mitrophanov I, Shugay M, Mamedov IZ, Putintseva EV, Chudakov DM (2015). MiXCR: Software for comprehensive adaptive immunity profiling. Nat Methods 12 (5), 380–381
  18. Чудаков Б (2015). Стимуляция ex vivo экспрессии проаллергических тканевых цитокинов в клетках мышиной трахеи. 9 (18), 110–112
  19. Zvyagin IV, Pogorelyy MV, Ivanova ME, Komech EA, Shugay M, Bolotin DA, Shelenkov AA, Kurnosov AA, Staroverov DB, Chudakov DM, Lebedev YB, Mamedov IZ (2014). Distinctive properties of identical twins' TCR repertoires revealed by high-throughput sequencing. Proc Natl Acad Sci U S A 111 (16), 5980–5985
  20. Shugay M, Britanova OV, Merzlyak EM, Turchaninova MA, Mamedov IZ, Tuganbaev TR, Bolotin DA, Staroverov DB, Putintseva EV, Plevova K, Linnemann C, Shagin D, Pospisilova S, Lukyanov S, Schumacher TN, Chudakov DM (2014). Towards error-free profiling of immune repertoires. Nat Methods 11 (6), 653–655
  21. Caza TN, Fernandez DR, Talaber G, Oaks Z, Haas M, Madaio MP, Lai ZW, Miklossy G, Singh RR, Chudakov DM, Malorni W, Middleton F, Banki K, Perl A (2014). HRES-1/Rab4-mediated depletion of Drp1 impairs mitochondrial homeostasis and represents a target for treatment in SLE. Ann Rheum Dis 73 (10), 1888–1897
  22. Переверзев АП, Маркина НМ, Янушевич ЮГ, Городничева ТВ, Минасян БЭ, Лукьянов КА, Гурская НГ (2013). УСИЛЕНИЕ ЭКСПРЕССИИ ХИМЕРНЫХ ГЕНОВ ВКЛЮЧЕНИЕМ В ИХ 3’-НЕТРАНСЛИРУЕМУЮ ОБЛАСТЬ ИНТРОНА 2 ГЕНА БЕТА-ГЛОБИНА ЧЕЛОВЕКА. 40 (3), 293–296
  23. Linnemann C, Heemskerk B, Kvistborg P, Kluin RJC, Bolotin DA, Chen X, Bresser K, Nieuwland M, Schotte R, Michels S, Gomez-Eerland R, Jahn L, Hombrink P, Legrand N, Shu CJ, Mamedov IZ, Velds A, Blank CU, Haanen JBAG, Turchaninova MA, Kerkhoven RM, Spits H, Hadrup SR, Heemskerk MHM, Blankenstein T, Chudakov DM, Bendle GM, Schumacher TNM (2013). High-throughput identification of antigen-specific TCRs by TCR gene capture. Nat Med 19 (11), 1534–1541
  24. Bolotin DA, Shugay M, Mamedov IZ, Putintseva EV, Turchaninova MA, Zvyagin IV, Britanova OV, Chudakov DM (2013). MiTCR: Software for T-cell receptor sequencing data analysis. Nat Methods 10 (9), 813–814
  25. Shemiakina II, Ermakova GV, Cranfill PJ, Baird MA, Evans RA, Souslova EA, Staroverov DB, Gorokhovatsky AY, Putintseva EV, Gorodnicheva TV, Chepurnykh TV, Strukova L, Lukyanov S, Zaraisky AG, Davidson MW, Chudakov DM, Shcherbo D (2012). A monomeric red fluorescent protein with low cytotoxicity. Nat Commun 3 (0), 1204
  26. Mishina NM, Bogeski I, Bolotin DA, Hoth M, Niemeyer BA, Schultz C, Zagaynova EV, Lukyanov S, Belousov VV (2012). Can we see PIP 3 and hydrogen peroxide with a single probe? Antioxid Redox Signal 17 (3), 505–512
  27. Gurskaya NG, Staroverov DB, Zhang L, Fradkov AF, Markina NM, Pereverzev AP, Lukyanov KA (2012). Analysis of alternative splicing of cassette exons at single-cell level using two fluorescent proteins. Nucleic Acids Res 40 (8), e57
  28. Luker KE, Mihalko LA, Schmidt BT, Lewin SA, Ray P, Shcherbo D, Chudakov DM, Luker GD (2012). In vivo imaging of ligand receptor binding with Gaussia luciferase complementation. Nat Med 18 (1), 172–177
  29. Mamedov IZ, Britanova OV, Bolotin DA, Chkalina AV, Staroverov DB, Zvyagin IV, Kotlobay AA, Turchaninova MA, Fedorenko DA, Novik AA, Sharonov GV, Lukyanov S, Chudakov DM, Lebedev YB (2011). Quantitative tracking of T cell clones after haematopoietic stem cell transplantation. EMBO Mol Med 3 (4), 201–207
  30. Zvyagin IV, Mamedov IZ, Britanova OV, Staroverov DB, Nasonov EL, Bochkova AG, Chkalina AV, Kotlobay AA, Korostin DO, Rebrikov DV, Lukyanov S, Lebedev YB, Chudakov DM (2010). Contribution of functional KIR3DL1 to ankylosing spondylitis. Cell Mol Immunol 7 (6), 471–476
  31. Shcherbo D, Shemiakina II, Ryabova AV, Luker KE, Schmidt BT, Souslova EA, Gorodnicheva TV, Strukova L, Shidlovskiy KM, Britanova OV, Zaraisky AG, Lukyanov KA, Loschenov VB, Luker GD, Chudakov DM (2010). Near-infrared fluorescent proteins. Nat Methods 7 (10), 827–829
  32. Chudakov DM, Matz MV, Lukyanov S, Lukyanov KA (2010). Fluorescent proteins and their applications in imaging living cells and tissues. Physiol Rev 90 (3), 1103–1163
  33. Guo F, Liu B, Tang F, Lane S, Souslova EA, Chudakov DM, Paton JFR, Kasparov S (2010). Astroglia are a possible cellular substrate of angiotensin(1-7) effects in the rostral ventrolateral medulla. Cardiovasc Res 87 (3), 578–584
  34. Bogdanov AM, Bogdanova EA, Chudakov DM, Gorodnicheva TV, Lukyanov S, Lukyanov KA (2009). Cell culture medium affects GFP photostability: A solution. Nat Methods 6 (12), 859–860
  35. Serebrovskaya EO, Edelweiss EF, Stremovskiy OA, Lukyanov KA, Chudakov DM, Deyev SM (2009). Targeting cancer cells by using an antireceptor antibody-photosensitizer fusion protein. Proc Natl Acad Sci U S A 106 (23), 9221–9225
  36. Bogdanov AM, Mishin AS, Yampolsky IV, Belousov VV, Chudakov DM, Subach FV, Verkhusha VV, Lukyanov S, Lukyanov KA (2009). Green fluorescent proteins are light-induced electron donors. Nat Chem Biol 5 (7), 459–461
  37. Subach OM, Gundorov IS, Yoshimura M, Subach FV, Zhang J, Grüenwald D, Souslova EA, Chudakov DM, Verkhusha VV (2008). Conversion of Red Fluorescent Protein into a Bright Blue Probe. Cell Chem Biol 15 (10), 1116–1124
  38. Schostak N, Pyatkov K, Zelentsova E, Arkhipova I, Shagin D, Shagina I, Mudrik E, Blintsov A, Clark I, Finnegan DJ, Evgenev M (2008). Molecular dissection of Penelope transposable element regulatory machinery. Nucleic Acids Res 36 (8), 2522–2529
  39. Shcherbo D, Merzlyak EM, Chepurnykh TV, Fradkov AF, Ermakova GV, Solovieva EA, Lukyanov KA, Bogdanova EA, Zaraisky AG, Lukyanov S, Chudakov DM (2007). Bright far-red fluorescent protein for whole-body imaging. Nat Methods 4 (9), 741–746
  40. Chudakov DM, Lukyanov S, Lukyanov KA (2007). Tracking intracellular protein movements using photoswitchable fluorescent proteins PS-CFP2 and Dendra2. Nat Protoc 2 (8), 2024–2032
  41. Merzlyak EM, Goedhart J, Shcherbo D, Bulina ME, Shcheglov AS, Fradkov AF, Gaintzeva A, Lukyanov KA, Lukyanov S, Gadella TWJ, Chudakov DM (2007). Bright monomeric red fluorescent protein with an extended fluorescence lifetime. Nat Methods 4 (7), 555–557
  42. Lukyanov SA, Lukyanov KA, Gurskaya NG, Bogdanova EA, Buzdin AA (2007). Selective suppression of polymerase chain reaction and its most popular applications.  (0), 29–51
  43. Shcheglov AS, Zhulidov PA, Bogdanova EA, Shagin DA (2007). Normalization of cDNA libraries.  (0), 97–124
  44. Evdokimov AG, Pokross ME, Egorov NS, Zaraisky AG, Yampolsky IV, Merzlyak EM, Shkoporov AN, Sander I, Lukyanov KA, Chudakov DM (2006). Structural basis for the fast maturation of Arthropoda green fluorescent protein. EMBO Rep 7 (10), 1006–1012
  45. Bulina ME, Lukyanov KA, Britanova OV, Onichtchouk D, Lukyanov S, Chudakov DM (2006). Chromophore-assisted light inactivation (CALI) using the phototoxic fluorescent protein KillerRed. Nat Protoc 1 (2), 947–953
  46. Bulina ME, Chudakov DM, Britanova OV, Yanushevich YG, Staroverov DB, Chepurnykh TV, Merzlyak EM, Shkrob MA, Lukyanov S, Lukyanov KA (2006). A genetically encoded photosensitizer. Nat Biotechnol 24 (1), 95–99
  47. Chudakov DM, Lukyanov S, Lukyanov KA (2005). Fluorescent proteins as a toolkit for in vivo imaging. Trends Biotechnol 23 (12), 605–613
  48. Lukyanov KA, Chudakov DM, Lukyanov S, Verkhusha VV (2005). Photoactivatable fluorescent proteins. Nat Rev Mol Cell Biol 6 (11), 885–891
  49. Chudakov DM, Verkhusha VV, Staroverov DB, Souslova EA, Lukyanov S, Lukyanov KA (2004). Photoswitchable cyan fluorescent protein for protein tracking. Nat Biotechnol 22 (11), 1435–1439
  50. Zhulidov PA, Bogdanova EA, Shcheglov AS, Vagner LL, Khaspekov GL, Kozhemyako VB, Matz MV, Meleshkevitch E, Moroz LL, Lukyanov SA, Shagin DA (2004). Simple cDNA normalization using kamchatka crab duplex-specific nuclease. Nucleic Acids Res 32 (3), e37
  51. Chudakov DM, Belousov VV, Zaraisky AG, Novoselov VV, Staroverov DB, Zorov DB, Lukyanov S, Lukyanov KA (2003). Kindling fluorescent proteins for precise in vivo photolabeling. Nat Biotechnol 21 (2), 191–194
  52. Shagin DA, Rebrikov DV, Kozhemyako VB, Altshuler IM, Shcheglov AS, Zhulidov PA, Bogdanova EA, Staroverov DB, Rasskazov VA, Lukyanov S (2002). A novel method for SNP detection using a new duplex-specific nuclease from crab hepatopancreas. Genome Res 12 (12), 1935–1942
  53. Matz M, Shagin D, Bogdanova E, Britanova O, Lukyanov S, Diatchenko L, Chenchik A (1999). Amplification of cDNA ends based on template-switching effect and step-out PCR. Nucleic Acids Res 27 (6), 1558–1560
  54. Matz M, Usman N, Shagin D, Bogdanova E, Lukyanov S (1997). Ordered differential display: A simple method for systematic comparison of gene expression profiles. Nucleic Acids Res 25 (12), 2541–2542
  55. Lukyanov KA, Matz MV, Bogdanova EA, Gurskaya NG, Lukyanov SA (1996). Molecule by molecule PCR amplification of complex DNA mixtures for direct sequencing: An approach to in vitro cloning. Nucleic Acids Res 24 (11), 2194–2195

Чудаков Дмитрий Михайлович

  • Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10 — На карте
  • ИБХ РАН, корп. 34, комн. 522
  • Тел.: +7(499)742-81-22
  • Эл. почта: ChudakovDM@mail.ru

Достижения 2017 (2017-11-24)

Исследование репертуаров Т-клеточных рецепторов и антител в норме и патологии

Метод массированного безошибочного анализа репертуаров полноразмерных вариабельных участков генов иммуноглобулинов (2016-11-23)

Разработан метод подготовки, секвенирования, и  анализа молекулярно баркодированных кДНК библиотек, впервые позволивший проводить  безошибочный анализ полноразмерных вариабельных участков генов иммуноглобулинов. Результаты работы опубликованы в журнале  Nature Protocols (ИФ=9.7).

Публикации

  1. Turchaninova MA, Davydov A, Britanova OV, Shugay M, Bikos V, Egorov ES, Kirgizova VI, Merzlyak EM, Staroverov DB, Bolotin DA, Mamedov IZ, Izraelson M, Logacheva MD, Kladova O, Plevova K, Pospisilova S, Chudakov DM (2016). High-quality full-length immunoglobulin profiling with unique molecular barcoding. Nat Protoc 11 (9), 1599–1616