Подразделение было расформировано и с 2018 года входит в состав Лаборатория химии протеолитических ферментов.

Группа комбинаторных методов конструирования биокатализаторов

Ф.И.О.ДолжностьКонтакты

Все публикации (показать избранные)

Загружаются...

Смирнов Иван Витальевич

  • Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10 — На карте
  • ИБХ РАН, корп. БОН, комн. 520
  • Тел.: +7(495)9955557
  • Эл. почта: smirnov@ibch.ru

Создание энантиоселективных биологических антидотов на основе антител.

Совместно с: Лаборатория биокатализа

В рамках изучения каталитических антидотов на основе антител был предложен алгоритм предсказания мутантов, способных селективно взаимодействовать с (R)- и (S)-изомерами ФОТ.

Публикации

  1. Golovin AV, Smirnov IV, Stepanova AV, Zalevskiy AO, Zlobin AS, Ponomarenko NA, Belogurov AA, Knorre VD, Hurs EN, Chatziefthimiou SD, Wilmanns M, Blackburn GM, Khomutov RM, Gabibov AG (2017). Evolution of catalytic centers of antibodies by virtual screening of broad repertoire of mutants using supercomputer. Dokl Biochem Biophys 475 (1), 245–249

Создание ультравысокопроизводительного метода скрининга каталитической активности. Валидация метода.

Совместно с: Лаборатория биокатализа

Исследования направлены на поиск и создание каталитических биологических антидотов. Для поиска новых каталитических антидотов на основе бутирилхолинэстеразы была созданы панель библиотек активного центра БуХЭ. Одна из библиотек петли 284-288 была успешно использована для валидации метода ультравысокопроизводительного скрининга библиотек в каплях микрофлюидной эмульсии. Полученные результаты, совместно с разработанным квантово-механическим алгоритмом расчета реакции дефосфорилирования ковалентного комплекса БуХЭ-параоксон,позволили создать оптимизированную библиотеку для дрожжевого дисплея БуХЭ RKH-4, представительностью 1*10^6 вариантов.

Публикации

  1. Terekhov SS, Smirnov IV, Stepanova AV, Bobik TV, Mokrushina YA, Ponomarenko NA, Belogurov AA, Rubtsova MP, Kartseva OV, Gomzikova MO, Moskovtsev AA, Bukatin AS, Dubina MV, Kostryukova ES, Babenko VV, Vakhitova MT, Manolov AI, Malakhova MV, Kornienko MA, Tyakht AV, Vanyushkina AA, Ilina EN, Masson P, Gabibov AG, Altman S (2017). Microfluidic droplet platform for ultrahigh-throughput single-cell screening of biodiversity. Proc Natl Acad Sci U S A 114 (10), 2550–2555

Создана платформа для ультравысокопроизводительного скрининга биокаталитической активности в каплях двойной микрофлюидной эмульсии.

Совместно с: Лаборатория биокатализа

Создана платформа для ультравысокопроизводительного скрининга биокаталитической активности в каплях двойной микрофлюидной эмульсии. Высокая селективность и чувствительность платформы позволили детектировать различные типы активности, а также дискриминировать уровни одинаковой активности. Универсальность и работоспособность предложенного подхода была с успехом продемонстрирована на примере естественной библиотеки микроорганизмов способных ингибировать рост известной бактерии-патогена Staphylococcus aureus (Terekhov et al., PNAS, 2017).

Публикации

  1. Terekhov SS, Smirnov IV, Stepanova AV, Bobik TV, Mokrushina YA, Ponomarenko NA, Belogurov AA, Rubtsova MP, Kartseva OV, Gomzikova MO, Moskovtsev AA, Bukatin AS, Dubina MV, Kostryukova ES, Babenko VV, Vakhitova MT, Manolov AI, Malakhova MV, Kornienko MA, Tyakht AV, Vanyushkina AA, Ilina EN, Masson P, Gabibov AG, Altman S (2017). Microfluidic droplet platform for ultrahigh-throughput single-cell screening of biodiversity. Proc Natl Acad Sci U S A 114 (10), 2550–2555