Группа геномного анализа сигнальных систем клетки

Отдел геномики и постгеномных технологий

Руководитель: Буздин Антон Александрович, д. б. н.
bu3din@mail.ru+7(495)727-38-63

www.ibch.ru/gensensor/ggassk.htm

Полногеномный и полнотранскриптомный анализ экспрессии генов высших эукариот; Исследование молекулярно-генетических аспектов видообразования человека; Инженерия тканеспецифичных регуляторных последовательностей генома человека; Поиск новых молекулярно-ген

Группа была образована в феврале 2006, и выделилась изначально из состава группы Ю. Б. Лебедева в Лаборатории структуры и функций генов человека (ЛСФГЧ) ИБХ РАН. Прежде всего руководителя этой лаборатории — академика РАН Е. Д. Свердлова, мы считаем нашим учителем, и к его научной школе, надеемся, принадлежим.

  1. Функциональный анализ участков генома, специфичных для ДНК человека
  2. Создание экспериментальных методов функционального исследования сложных геномов
  3. Инженерия регуляторных участков генов
  1. Открытие химерных ретроэлементов в геноме млекопитающих
  2. Разработка новых экспериментальных подходов в области функциональной геномики
  3. Обнаружение функционально важных человек-специфичных последовательностей генома
  4. Направленная дифференцировка некоторых культур стволовых клеток

Все публикации (показать избранные)

Загружаются...

Буздин Антон Александрович

  • Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10 — На карте
  • ИБХ РАН, корп. 51, комн. 663
  • Тел.: +7(495)727-38-63
  • Эл. почта: bu3din@mail.ru

Репертуар назначаемых противораковых препаратов не отражает особенности молекулярной гетерогенности опухолей

Мы провели первое исследование соответствия репертуара используемых противораковых препаратов реальной внутригрупповой гетерогенности в опухолях. Для этого были взяты 4980 образцов тканей, представляющих 13 наиболее распространенных видов рака у человека, для которых были доступны полноэкзомные мутационные и полнотранскриптомные профили. Сначала исследовали гипотезу, соотносится ли количество одобренных препаратов (в проекции на их молекулярные мишени) с размером внутригрупповой гетерогенности для каждого вида рака: как по всем генам, так и только по генам молекулярных мишеней препаратов. Оказалось, что связи между реальной молекулярной гетерогенностью и богатством спектра одобренных препаратов нет: ни на уровне транскриптомных, ни на уровне мутационных данных. Затем сравнили качественные характеристики: насколько  режимы лечения разных видов рака в части используемых препаратов отражают молекулярные профили соответствующих опухолей. Впервые обнаружено сходство классификации опухолей по режимами лечения с классификацией по профилям генной экспрессии, но не по мутационным профилям. Наилучшим образом молекулярных профилям соответствовали методы лечения рака почки, желудка, мочевого пузыря, яичников и эндометрия. Хуже всего – опухолей мозга, рака простаты и толстой кишки.

Публикации

  1. Zolotovskaia MA, Sorokin MI, Petrov IV, Poddubskaya EV, Moiseev AA, Sekacheva MI, Borisov NM, Tkachev VS, Garazha AV, Kaprin AD, Shegay PV, Giese A, Kim E, Roumiantsev SA, Buzdin AA (2020). Disparity between Inter-Patient Molecular Heterogeneity and Repertoires of Target Drugs Used for Different Types of Cancer in Clinical Oncology. Int J Mol Sci 21 (5), 1–18

Совпадение функциональных эпигенетических меток генома и мобильных элементов позволяет определить скорость эволюции транскрипционной регуляции генов и молекулярных путей

Мы создали биоинформатический метод RetroSpect, позволяющий измерять скорость эволюции транскрипционной регуляции генов и молекулярных путей исходя из совпадения функциональных эпигенетических меток генома и мобильных элементов. Мы применили Retrospect для количественных данных по геномному распределению сайтов связывания транскрипционных факторов и гистоновых меток: H3K4me1, H3K4me3, H3K9ac, H3K27ac, H3K27me3 и H3K9me3. Анализ открытых баз данных показал, что наиболее быстро эволюционируют процессы (RRE-enriched), связаные с регуляцией микроРНК, обонянием, оплодотворением, иммунным ответом, метаболизмом жирных кислот и детоксикацией. И наоборот, наиболее медленно (RRE-deficient) – с трансляцией белка, транскрипцией РНК, структурой хроматина и молекулярной сигнализацией.

Публикации

  1. Nikitin D, Kolosov N, Murzina A, Pats K, Zamyatin A, Tkachev V, Sorokin M, Kopylov P, Buzdin A (2019). Retroelement-Linked H3K4me1 Histone Tags Uncover Regulatory Evolution Trends of Gene Enhancers and Feature Quickly Evolving Molecular Processes in Human Physiology. Cells 8 (10),
  2. Igolkina AA, Zinkevich A, Karandasheva KO, Popov AA, Selifanova MV, Nikolaeva D, Tkachev V, Penzar D, Nikitin DM, Buzdin A (2019). H3K4me3, H3K9ac, H3K27ac, H3K27me3 and H3K9me3 Histone Tags Suggest Distinct Regulatory Evolution of Open and Condensed Chromatin Landmarks. Cells 8 (9),
  3. Nikitin D, Garazha A, Sorokin M, Penzar D, Tkachev V, Markov A, Gaifullin N, Borger P, Poltorak A, Buzdin A (2019). Correction: Nikitin, D., et al. Retroelement-Linked Transcription Factor Binding Patterns Point to Quickly Developing Molecular Pathways in Human Evolution. 2019, , 130. Cells 8 (8),
  4. Nikitin D, Garazha A, Sorokin M, Penzar D, Tkachev V, Markov A, Gaifullin N, Borger P, Poltorak A, Buzdin A (2019). Retroelement-Linked Transcription Factor Binding Patterns Point to Quickly Developing Molecular Pathways in Human Evolution. Cells 8 (2), 130

Новый способ оценки скорости эволюции молекулярных путей

Установлено, что профили посадки транскрипционных факторов вблизи промоторов генов, солокализующиеся с последовательностями генетических мобильных элементов, могут являться маркерами скорости эволюции молекулярных путей. Выявлено, что в предковой линии человека помимо путей, вовлеченных в иммунный ответ и взаимодействие с патогенами, наиболее быстро эволюционировали пути, ответственные за  метаболизм жиров, катаболизм гетероциклических соединений и за формирование органов чувств.