Мы провели первое исследование соответствия репертуара используемых противораковых препаратов реальной внутригрупповой гетерогенности в опухолях. Для этого были взяты 4980 образцов тканей, представляющих 13 наиболее распространенных видов рака у человека, для которых были доступны полноэкзомные мутационные и полнотранскриптомные профили. Сначала исследовали гипотезу, соотносится ли количество одобренных препаратов (в проекции на их молекулярные мишени) с размером внутригрупповой гетерогенности для каждого вида рака: как по всем генам, так и только по генам молекулярных мишеней препаратов. Оказалось, что связи между реальной молекулярной гетерогенностью и богатством спектра одобренных препаратов нет: ни на уровне транскриптомных, ни на уровне мутационных данных. Затем сравнили качественные характеристики: насколько  режимы лечения разных видов рака в части используемых препаратов отражают молекулярные профили соответствующих опухолей. Впервые обнаружено сходство классификации опухолей по режимами лечения с классификацией по профилям генной экспрессии, но не по мутационным профилям. Наилучшим образом молекулярных профилям соответствовали методы лечения рака почки, желудка, мочевого пузыря, яичников и эндометрия. Хуже всего – опухолей мозга, рака простаты и толстой кишки.

Мы создали биоинформатический метод RetroSpect, позволяющий измерять скорость эволюции транскрипционной регуляции генов и молекулярных путей исходя из совпадения функциональных эпигенетических меток генома и мобильных элементов. Мы применили Retrospect для количественных данных по геномному распределению сайтов связывания транскрипционных факторов и гистоновых меток: H3K4me1, H3K4me3, H3K9ac, H3K27ac, H3K27me3 и H3K9me3. Анализ открытых баз данных показал, что наиболее быстро эволюционируют процессы (RRE-enriched), связаные с регуляцией микроРНК, обонянием, оплодотворением, иммунным ответом, метаболизмом жирных кислот и детоксикацией. И наоборот, наиболее медленно (RRE-deficient) – с трансляцией белка, транскрипцией РНК, структурой хроматина и молекулярной сигнализацией.

Установлено, что профили посадки транскрипционных факторов вблизи промоторов генов, солокализующиеся с последовательностями генетических мобильных элементов, могут являться маркерами скорости эволюции молекулярных путей. Выявлено, что в предковой линии человека помимо путей, вовлеченных в иммунный ответ и взаимодействие с патогенами, наиболее быстро эволюционировали пути, ответственные за  метаболизм жиров, катаболизм гетероциклических соединений и за формирование органов чувств.