Группа геномного анализа сигнальных систем клетки
Отдел геномики и постгеномных технологий
Руководитель: Буздин Антон Александрович, д. б. н. |
Группа была образована в феврале 2006, и выделилась изначально из состава группы Ю. Б. Лебедева в Лаборатории структуры и функций генов человека (ЛСФГЧ) ИБХ РАН. Прежде всего руководителя этой лаборатории — академика РАН Е. Д. Свердлова, мы считаем нашим учителем, и к его научной школе, надеемся, принадлежим.
- Функциональный анализ участков генома, специфичных для ДНК человека
- Создание экспериментальных методов функционального исследования сложных геномов
- Инженерия регуляторных участков генов
- Открытие химерных ретроэлементов в геноме млекопитающих
- Разработка новых экспериментальных подходов в области функциональной геномики
- Обнаружение функционально важных человек-специфичных последовательностей генома
- Направленная дифференцировка некоторых культур стволовых клеток
Ф.И.О. | Должность | Контакты |
---|---|---|
Буздин Антон Александрович, д. б. н. | рук. | bu3din@mail.ru, |
Камашев Дмитрий Эдуардович, к. б. н. | с.н.с. | dkamashev@gmail.com, |
Анисимова Вероника Евгеньевна | н.с. | |
Владимирова Ульяна Сергеевна | н.с. | |
Кочергина - Никитская Ирина Николаевна | н.с. | |
Сорокин Максим Игоревич, к. б. н. | н.с. | sorokin.maks@gmail.com |
Козочкин Никита Сергеевич | м.н.с. | |
Сунцова Мария Владимировна | м.н.с. | suntsova86@mail.ru |
Заболотнева Анастасия Александровна | асп. | a.zabolotneva@gmail.com, |
Никитин Даниил | асп. | danya.nikitin.orel@gmail.com |
Пчелинцева Полина Вячеславовна | инженер | |
Ранее здесь работали: | ||
Гаража Андрей Владимирович | н.с. | garazha@gmail.com |
Малахова Галина Владимировна | м.н.с. | galena_vm@mail.ru |
Потапов Михаил Александрович | инж.-иссл. |
Избранные публикации (показать все)
Все публикации (показать избранные)
Научные проекты
Буздин Антон Александрович
- Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10 На карте
- ИБХ РАН, корп. 51, комн. 663
- Тел.:
+7(495)727-38-63 - Эл. почта: bu3din@mail.ru
Репертуар назначаемых противораковых препаратов не отражает особенности молекулярной гетерогенности опухолей

Мы провели первое исследование соответствия репертуара используемых противораковых препаратов реальной внутригрупповой гетерогенности в опухолях. Для этого были взяты 4980 образцов тканей, представляющих 13 наиболее распространенных видов рака у человека, для которых были доступны полноэкзомные мутационные и полнотранскриптомные профили. Сначала исследовали гипотезу, соотносится ли количество одобренных препаратов (в проекции на их молекулярные мишени) с размером внутригрупповой гетерогенности для каждого вида рака: как по всем генам, так и только по генам молекулярных мишеней препаратов. Оказалось, что связи между реальной молекулярной гетерогенностью и богатством спектра одобренных препаратов нет: ни на уровне транскриптомных, ни на уровне мутационных данных. Затем сравнили качественные характеристики: насколько режимы лечения разных видов рака в части используемых препаратов отражают молекулярные профили соответствующих опухолей. Впервые обнаружено сходство классификации опухолей по режимами лечения с классификацией по профилям генной экспрессии, но не по мутационным профилям. Наилучшим образом молекулярных профилям соответствовали методы лечения рака почки, желудка, мочевого пузыря, яичников и эндометрия. Хуже всего – опухолей мозга, рака простаты и толстой кишки.
Публикации
Совпадение функциональных эпигенетических меток генома и мобильных элементов позволяет определить скорость эволюции транскрипционной регуляции генов и молекулярных путей

Мы создали биоинформатический метод RetroSpect, позволяющий измерять скорость эволюции транскрипционной регуляции генов и молекулярных путей исходя из совпадения функциональных эпигенетических меток генома и мобильных элементов. Мы применили Retrospect для количественных данных по геномному распределению сайтов связывания транскрипционных факторов и гистоновых меток: H3K4me1, H3K4me3, H3K9ac, H3K27ac, H3K27me3 и H3K9me3. Анализ открытых баз данных показал, что наиболее быстро эволюционируют процессы (RRE-enriched), связаные с регуляцией микроРНК, обонянием, оплодотворением, иммунным ответом, метаболизмом жирных кислот и детоксикацией. И наоборот, наиболее медленно (RRE-deficient) – с трансляцией белка, транскрипцией РНК, структурой хроматина и молекулярной сигнализацией.
Публикации
- (2019). Retroelement-Linked H3K4me1 Histone Tags Uncover Regulatory Evolution Trends of Gene Enhancers and Feature Quickly Evolving Molecular Processes in Human Physiology. Cells 8 (10),
- (2019). H3K4me3, H3K9ac, H3K27ac, H3K27me3 and H3K9me3 Histone Tags Suggest Distinct Regulatory Evolution of Open and Condensed Chromatin Landmarks. Cells 8 (9),
- (2019). Correction: Nikitin, D., et al. Retroelement-Linked Transcription Factor Binding Patterns Point to Quickly Developing Molecular Pathways in Human Evolution. 2019, , 130. Cells 8 (8),
- (2019). Retroelement-Linked Transcription Factor Binding Patterns Point to Quickly Developing Molecular Pathways in Human Evolution. Cells 8 (2), 130
Новый способ оценки скорости эволюции молекулярных путей

Установлено, что профили посадки транскрипционных факторов вблизи промоторов генов, солокализующиеся с последовательностями генетических мобильных элементов, могут являться маркерами скорости эволюции молекулярных путей. Выявлено, что в предковой линии человека помимо путей, вовлеченных в иммунный ответ и взаимодействие с патогенами, наиболее быстро эволюционировали пути, ответственные за метаболизм жиров, катаболизм гетероциклических соединений и за формирование органов чувств.