Ефремов Роман Гербертович

Личная информация

Работа по профессии

1983: инженер, Отдел инструментальных методов анализа, Институт биоорганической химии им. М. М. Шемякина АН СССР;

1983—1986: аспирант, Факультет экспериментальной и теоретической физики МИФИ;

1986—2007: научный сотрудник, старший научный сотрудник, ведущий научный сотрудник ИБХ РАН;

2007-н. вр.: руководитель подразделения (зав. Лабораторией моделирования биомолекулярных систем), зам. директора ИБХ РАН по научной работе;

1992—1997: приглашенный профессор в Университете г. Реймс и Университете г. Лилль (Франция);

1998-н. вр.: старший научный сотрудник, ведущий научный сотрудник Межведомственного суперкомпьютерного центра РАН (МСЦ РАН);

2001-н. вр.: доцент кафедры биоинженерии Биологического ф-та МГУ им. М. В. Ломоносова.

Преподавательская деятельность

1987—1991: лабораторные занятия по оптическим методам и обработке спектральных данных для студентов МФТИ на базе УНЦ ИБХ АН СССР.

1993—1996: цикл лекций (50 часов) «Эмпирические методы в компьютерном моделировании молекул» для студентов Высшей Школы инженеров (Лилль, Франция), специализирующихся по молекулярной инженерии.

1997-н. вр.: курс лекций по молекулярному моделированию биополимеров для студентов 6 курса ф-та молекулярной и биологической физики МФТИ (на базе УНЦ ИБХ РАН).

1999-н. вр.: курс лекций по молекулярному моделированию биополимеров для студентов 5 курса ф-та молекулярной и биологической физики МФТИ (на базе МСЦ РАН).

2001-н. вр.: курс лекций по молекулярному моделированию для студентов 2 и 3 курсов кафедры биоинженерии Биологического ф-та МГУ.

Руководитель 6 кандидатских диссертаций.

Образование

Период обученияСтрана, городУчебное заведениеДополнительная информация
1977–1983 Россия, Москва Московский инженерно-физический институт (МИФИ), Факультет экспериментальной и теоретической физики Диплом с отличием (тема: «Математические методы определения вторичной структуры белков и полипептидов на основании спектров КР и полуэмпирических расчетов»)
1986 Россия, Москва Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова (МГУ), Биологический факультет Диплом кандидата физико-математических наук (тема диссертации: «Топография и микроокружение хромофоров в бактериальном и зрительном родопсинах (спектроскопия комбинационного рассеяния света и квантовохимические расчеты)»)
1999 Россия, Москва Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова (МГУ), Биологический факультет Диплом доктора физико-математических наук (тема диссертации: «Молекулярное моделирование мембрано-связанных участков белков и пептидов»)
2007 Россия, Москва Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова (МГУ), Биологический факультет Присвоено ученое звание профессора по специальности «биофизика».

Премии и заслуги

1993: Премия Европейской Академии (Academiae Europaeae) для молодых ученых РФ;

2001—2002, 2005: Стипендия Фонда содействия российской науке для молодых докторов наук.

Основные научные результаты

Основные труды посвящены разработке и применению новых подходов в исследовании пространственной структуры белков и пептидов с помощью оптической спектроскопии и молекулярного моделирования. Результаты исследований опубликованы в более чем 100 статьях в реферируемых журналах.

1985—1992. Серия исследований, посвященных разработке методов спектроскопии резонансного (РКР) и гигантского (ГКР) комбинационного рассеяния пептидов и белков. Впервые получены спектры ГКР мембранных белков — бактериального и зрительного родопсинов. На основании спектральных данных и результатов квантовохимических расчетов исследована топология их хромофор-связывающих центров. Для ряда мембранных белков зарегистрированы первые спектры РКР с возбуждением в УФ-области, предложены высокоэффективные методы цифровой обработки сигналов в спектрах РКР белков.

1992—1997. Выполнена серия работ по молекулярному моделированию структуры трансмембранного (ТМ) домена Na,K-АТФазы. Для этого впервые применен метод детального картирования гидрофобных/гидрофильных свойств ТМ спиралей с помощью метода молекулярного гидрофобного потенциала (МГП). МГП-подход также был успешно использован для изучения гидрофобной организации целого ряда водорастворимых и мембранных белков и пептидов.

1997—2001. Разработана оригинальная теоретическая модель неявно заданной мембраны, предназначенная для исследования поведения пептидов и белков в мембрано-подобном окружении. Результаты вычислений, выполненных для большого набора трансмембранных и периферических пептидов, продемонстрировали хорошее согласие с данными экспериментов.

2002-н. вр. Разработка новейших многоуровневых подходов в компьютерном моделировании пептидов и белков в мембранах различного состава и в водном растворе, в исследовании межмолекулярных взаимодействий белок-белок, белок-мембрана и белок-лиганд. Применение созданных методов в исследовании периферических и интегральных мембранных белков, мембрано-активных пептидов, в рациональном молекулярном конструировании новых биологически активных соединений с заданными свойствами, действующих в т. ч. и на мишени в мембранах клеток. Создание единого информационно-вычислительного комплекса для высокопроизводительного молекулярного моделирования белков и пептидов.

Членство в научных обществах

Член редколлегии журналов «Биоорганическая химия», Москва; «The Open Structural Biology Journal», «The Open Bioinformatics Journal».

Член Ученого Совета ИБХ РАН.

Член специализированных диссертационных советов (МГУ, ГУ НИИ БМХ РАМН).

Избранные публикации (показать все)

Загружаются...

Научные проекты

Загружаются...