Лаборатория сравнительной и функциональной геномики

Отдел геномики адаптивного иммунитета

Руководитель: Лебедев Юрий Борисович, д. б. н., профессор
lebedev_yb@mx.ibch.ru+7(495)330-42-88

labcfg.ibch.ru

Геном человека, эволюция и вариабельность генома, ретроэлементы, регуляция экспрессии генов, транскриптом лимфоцитов, аутоиммунные заболевания

Созданная в начале 2006 г. лаборатория объединила часть молодых сотрудников и аспирантов лаборатории структуры и функций генов человека (заведующий — академик Е. Д. Свердлов), занимавшихся исследованием роли ретроэлементов в эволюции и функционировании генома человека. В своем нынешнем (янв 2014 г.) составе лаборатория сравнительной и функциональной геномики включает зав. лабораторией д.б.н. профессора Ю. Б. Лебедева, старшего научного сотрудника к.б.н. И. З. Мамедова, научных сотрудников - к.б.н. И. В. Звягина и к.х.н. А. Ю. Комкова, младшего научного сотрудника А. А. Курносова, аспирантов М. В. Погорелого и Е. А. Комеч, троих студентов МГУ, выполняющих свои бакалаврские и магистерские работы. Текущие тематики проектов, выполняемые в лаборатории по планам НИР или при поддержке грантов программ Президиума РАН, РФФИ и др. фондов, включают:

  • «Исследование адаптивного иммунитета» - плановая НИР (совместно с лаб. Геномики Адаптивного Иммунитета), рук. Ю.Б.Лебедев 2013-2016гг.
  • «Исследование восстановления системы Т-клеточного иммунитета при трансплантации гемопоэтических стволовых клеток у пациентов с аутоиммунными артропатиями и онкологическими заболеваниями крови» - Программа МКБ, рук. Ю.Б.Лебедев 2013-2017гг.
  • «Идентификация соматических инсерций ретроэлементов в нейрональных тканях человека с использованием широкомасштабного секвенирования» - РФФИ 12-04-33065-мол-a-вед, рук. И.З.Мамедов 2013-2014гг.
  • «Изучение процессов формирования клеточного иммунитета организма после трансплантации гемопоэтических стволовых клеток у детей с острыми лейкозами» - РФФИ 13-04-01124-а, рук. И.З.Мамедов 2013-2015гг.
  • «Анализ реформирования системы адаптивного иммунитета при аутологичной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток - перспективном методе терапии аутоиммунных заболеваний» - РФФИ 14-04-01062-а, рук. И.В.Звягин 2014-2015гг.
  • «Динамический анализ индивидуальных репертуаров периферических Т-лимфоцитов при вакцинации» - РФФИ 14-04-01823-а, рук. Ю.Б.Лебедев 2014-2016гг.
  • «Изучение степени влияния генетических факторов на формирование Т-клеточного репертуара» - Фонд Дмитрия Зимина «Династия», рук. И.В.Звягин 2013-2015гг.

Лаборатория проводит широкий спектр молекулярно-генетические исследований с применением оригинальных экспериментальных подходов к сравнительному анализу геномной ДНК и пулов кДНК. Сферы основных научных интересов лаборатории включают:

  1. изучение молекулярно-генетических причин отдельных типов аутоиммунных заболеваний, сопровождающихся клональной экспансией Т-лимфоцитов; сравнительный анализ транскриптомов субпопуляций периферических лимфоцитов;
  2. определение роли мобильных ретроэлементов в эволюции, индивидуальной и популяционной вариабельности генома человека; изучение взаимодействия видоспецифических и полиморфных инсерций ретроэлементов с системами регуляции экспрессии генов;
  3. разработку новых экспериментальных подходов к глубокому анализу индивидуальных репертуаров Т-клеточных рецепторов;
  4. изучение динамики клонального разнообразия периферических Т- и В-лимфоцитов организма человека при нормальном развитии иммунного ответа и при аутоиммунных или онкологических заболеваниях.

Избранные публикации (показать все)

Загружаются...

Лебедев Юрий Борисович

  • Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10 — На карте
  • ИБХ РАН, корп. 72, комн. 655
  • Тел.: +7(495)330-42-88
  • Эл. почта: lebedev_yb@mx.ibch.ru

Клональный профайлинг Т-клеточного ответа на противовирусную вакцинацию (2018-11-29)

Разработан экспериментальный подход, включающий оригинальную систему биоинформатической обработки, для выявления случаев клональной экспансии в динамическом репертуаре периферических Т-лимфоцитов человека. Мы применили этот подход к анализу репертуаров Т-клеточных рецепторов (TCR) у трех пар монозиготных близнецов, иммунизированных вакциной против вируса желтой лихорадки (YF). У каждого из обследованных доноров мы идентифицировали от 600 до 1700 отвечающих на вакцину Т-клонов. При сравнительном анализе структуры TCR YF-ассоциированных репертуаров было обнаружено повышенное число совпадающих клонов у близнецов. Для предсказания структуры TCR антиген-специфичных клонов у неродственных индивидов создан и успешно апробирован новый метод биоинформатической обработки данных секвенирования. Созданный подход также может быть использован при анализе постинфекционного состояния адаптивного иммунитета для идентификации новых патоген-специфических клонов Т-клеток.

Характеристика Т-клеточного иммунного ответа на противогриппозную вакцинацию (2017-11-22)

С целью изучения Т-клеточного иммунного ответа на тривалентную субъединичную гриппозную вакцину «Инфлювак» проведен глубокий профайлинг репертуара Т-клеточных рецепторов в периферической крови вакцинируемого донора. Выяснено, что гриппозная вакцина не вызывает значительного реформирования клонального репертуара периферических Т-лимфоцитов. Вместе с тем, обнаружено формирование новой субпопуляции Т-клеток памяти, которая характеризуется максимальной клональной экспансией на 45 день после вакцинации и резким снижением представленности в репертуаре через 2 года наблюдений. Предположено, что данная олигоклональная субпопуляция Т-клеток может, после ее активации при сезонных прививках, участвовать в противовирусной защите организма.

  • Sycheva A.L., Pogorelyy M.V., Minervina A.A., Komech E.A., Zvyagin I.V., Staroverov D.B., Chudakov D.M., Lebedev Y.B., Mamedov I.Z. Quantitative profiling reveals minor changes of T cell receptor repertoire in response to subunit inactivated influenza vaccine. Vaccine, 2017 (under review)