Лаборатория структуры и функций генов человека

Отдел геномики и постгеномных технологий

Руководитель: Свердлов Евгений Давидович, академик
sverd@ibch.ru+7(495)330-65-29

Функциональная геномика бактерий и человека, молекулярные механизмы канцерогенеза, взаимодействие патоген-хозяин, диагностика и генная терапия онкологических заболеваний

Разработка подходов к диагностике и генной терапии онкологических заболеваний (Т. В. Виноградова, Е. П. Копанцев, И. П. Чернов)

Большое внимание в последние годы уделяется проблемам создания лекарств нового поколения. В рамках федеральной целевой программы «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007–2012 годы» с участием лаборатории осуществляется крупный комплексный проект «Разработка и выпуск опытных партий новых эффективных направленно-модифицированных терапевтических и диагностических средств постгеномной генерации для использования в онкологической практике». Целью этого проекта является создание и выпуск в клинику первых генно-терапевтических препаратов для лечения рака легкого и пищевода. Используемые в проекте подходы базируются на фундаментальных исследованиях и методических разработках, выполненных в лаборатории. Проект объединяет крупнейшие научные центры страны: Институт молекулярной генетики РАН, Российский онкологический научный центр им. Н. Н. Блохина РАМН, Институт биоорганической химии им. академиков М. М. Шемякина и Ю. А. Овчинникова, Новосибирский государственный университет, Институт биологии гена РАН, Институт эпидемиологии и микробиологии им. Н. Ф. Гамалеи РАМН, а также биотехнологические компании ЗАО «Евроген» и ЗАО «Биннофарм». В рамках проекта созданы конструкции, позволяющие осуществлять специфическую экспрессию терапевтических генов в раковых клетках, а также системы доставки терапевтических генов в опухоли.

Таким образом, была создана основа для разработки и производства новых эффективных медицинских препаратов для онкологии: терапевтических средств на основе генно-терапевтического подхода, терапевтических средств на основе биологически активных белков и диагностических препаратов.

Рак и развитие (М. В. Зиновьева, Т. В. Виноградова, Г. С. Монастырская)

Одним из важнейших результатов, полученных в рамках этого проекта, является демонстрация того, что гены, которые включаются в эмбриогенезе при развитии легких и пищевода, выключаются при превращении нормальных клеток в раковые и наоборот. Тем самым подтверждается гипотеза о том, что возникновение и развитие раковых клеток можно сравнить с эмбриональным развитием или самовоспроизводством и дифференцировкой стволовых клеток тех или иных тканей. Гены, имеющие дифференциальную экспрессию и при раке и при развитии, возможно, являются ключевыми для опухолеобразования. Исследование таких генов позволяет осуществлять рациональный выбор мишеней терапевтического воздействия: наиболее перспективными мишенями являются системы, регулирующие эмбриональное развитие и нарушенные при канцерогенезе.

 

Модифицированные олигонуклеотиды (В. К. Потапов)

Главным направлением работы группы в последние 3 года было разработка методов получения и синтез модифицированных нуклеозидов с измененной структурой основания или сахаро-фосфатного остова. Наиболее перспективным направлением является разработка подходов к твердофазному синтезу морфолино-олигонуклеотидов — аналогов, несущих в своем составе вместо рибозы остаток морфолина. Аналоги сохраняют структуру ДНК, образуют прочные комплементарные комплесы с природными олигонуклеотидами и являются незаряженными молекулами, устойчивыми к действию нуклеаз.

Второе направление — синтез олигонуклеотидов, несущих в определенных местах спейсеры заданной длины с тиольной группой, которые используются группой проф. Влодовера из NCI (Frederic) для изучения комплексов с интегразами HIV—1 и ASV методами рентгеноструктурного анализа.

Микроокружение опухоли и экспрессия генов (Плешкан Виктор, Антонова Дина)

По современным представлениям опухоль представляет собой сложную структуру, состоящую из собственно опухолевых клеток и клеток опухолевого микроокружения. Микроокружение, или строма, представляет собой опухоль ассоциированные фибробласты (ОАФ), иммунные клетки, цитокины и другие элементы. Строма необходима для поддержания опухолевой прогрессии, защиты и пролиферации опухолевых клеток. Многообразное взаимодействие опухолевых и стромальных клеток обеспечивает эти процессы. Различные паттерны экспрессии генов характерны для опухолевых и стромальных клеток. Многие из таких дифференциально экспрессирующихся генов являются ключевыми для взаимодействия «опухоль-строма».

1.jpg

Опухолевое микроокружение (опухолевая строма) – это окружающие опухолевые клетки компоненты внеклеточного матрикса и неопухолевые клетки: эндотелиальные клетки, клетки иммунной системы, опухоль-ассоциированные фибробласты (ОАФ).

Нами исследуются ОАФ, их основные маркеры и способы воздействия на них, как на потенциальную мишень при противоопухолевой терапии. В Лаборатории были идентифицированы несколько генов, обладающих повышенной экспрессией в ОАФ. Мы исследуем промоторы этих генов на предмет тканеспецифичной экспрессии в клетках опухолевого микроокружения для использования в генной терапии. Также мы исследуем продукты генов опухолевого микроокружения и их роли при прогрессии опухоли и возможностях их использования для создания новых противоопухолевых подходов. Так, мы исследуем влияние фактора роста соединительной ткани CTGF на миграцию опухолевых клеток и его взаимосвязь c другими патологическими процессами при опухолевой прогрессии. В нашей группе проводятся эксперименты по выявлению потенциала опухоль-ассоциированных фибробластов, которые выступают в качестве мишени при противоопухолевой терапии. Мы готовы работать с новыми студентами, которые обладают возможностью и желанием усердно работать по данной тематике.

Ф.И.О.ДолжностьКонтакты
Свердлов Евгений Давидович, академикрук. подр.sverd@ibch.ru+7(495)330-65-29
Монастырская Галина Сергеевна, к. х. н., старший научный сотрудникв.н.с.gal44.ibch@gmail.com+7(495)330-65-38
Потапов Виктор Кузьмич, д. х. н.в.н.с.vk@ibch.ru
Акопов Сергей Борисович, д. б. н.в.н.с.akser@ibch.ru+7(495)330-70-29
Николаев Лев Григорьевич, д. б. н.в.н.с.lev@ibch.ru+7(495)3307029
Чернов Игорь Павлович, к. х. н.с.н.с.igor_ch@ibch.ru+7(495)330-70-29
Виноградова Татьяна Викторовна, к. б. н.с.н.с.tv@ibch.ru+7(495)330-65-47
Копанцев Евгений Павлович, к. б. н.с.н.с.kopantzev@ibch.ru+7(495)3307029
Снежков Евгений Валерьевич, к. х. н.с.н.с.eugene@ibch.ru+7(495)330-70-29
Успенская Наталия Яковлевна, к. б. н.с.н.с.usp@ibch.ru+7(495)330-58-10
Костина Мария Борисовна, к. х. н.с.н.с.
Копанцева Марина Робертовнас.н.с.
Коробко Игорь Викторовичс.н.с.
Дидыч Дмитрий Александрович, к. б. н.н.с.dmitry_d@inbox.ru+7(495)330-70-29
Буланенкова Светлана Сергеевна, к. б. н.н.с.
Кашкин Кирилл Никитич, к. б. н.н.с.kaschkin@ibch.ru+7(495)3306329
Филюкова Ольга Борисовна, к. б. н.н.с.+7(495)330-69-92
Плешкан Виктор Викторович, к. б. н.н.с.vpleshkan@gmail.com+7(903)297-43-09
Кузьмич Алексей Ивановичн.с.
Сасс Александр Викторовичм.н.с.avsass@mail.ru+7(495)330-70-29
Курносов Алексей Анатольевичм.н.с.
Кондратьева София Алексеевнаасп.sofia.a.kondr@gmail.com
Кондратьева Лия Германовнаасп.liakondratyeva@yandex.ru+7(495)3307029
Антонова Дина Васильевнаасп.tyulkina.dina@mail.ru
Гнатенко Дмитрий Александровичасп.gnatenkodmitrij@gmail.com
Аверина Людмила Викторовнаинженер+7(495)330-63-29
Мелехина Ольга Вячеславовнаинженер
Полтавцева Римма Алексеевнаинженер
Кравченко Зоя Борисовнаинж.-иссл.+7(495)3306329
Погосян Рудольф Андреевичвед. инж.r.j.f@mail.ru+7(495)3306547

Ранее здесь работали:

Ажикина Татьяна Леодоровна, д. б. н.в.н.с.tatazhik@ibch.ru
Бони Ирина Венедиктовна, к. х. н.с.н.с.irina_boni@ibch.ru
Завалова Людмила Львовна, к. б. н.с.н.с.lz@ibch.ru
Скворцов Тимофей Алексеевич, к. б. н.н.с.timofey@ibch.ru
Беляева Нина Николаевна, к. б. н.н.с.
Скапцова Надежда Васильевнан.с.
Быченко Оксана Станиславовна, к. б. н.н.с.
Гайнетдинов Ильдар Ваисович, к. б. н.н.с.ildargv@gmail.com
Алексеенко Ирина Васильевна, к. б. н.н.с.irina.alekseenko@mail.ru
Колединская Людмила Сергеевнам.н.с.
Зиновьева Марина Валерьевна, к. б. н.м.н.с.mzinov@ibch.ru
Скворцова Юлия Валентиновна, к. б. н.м.н.с.
Билтуева Юлия асп.bjuliya87@mail.ru
Мазурова Арина Сергеевнаасп.mazarina@ibch.ru
Кротов Сергей ВикторовичинженерSerg07@pochta.ru
Красько Анастасия Марковнаинженер
Левитан Татьяна Львовнаст. инж.levitanibh@mail.ru
Медведева Наталия Игоревнаст. инж.

Избранные публикации (показать все)

Загружаются...

Свердлов Евгений Давидович

  • Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10 — На карте
  • ИБХ РАН, корп. 52, комн. 657
  • Тел.: +7(495)330-65-29
  • Эл. почта: sverd@ibch.ru

Cекретарь-референт

Левитан Татьяна Львовна

  • Тел.: +7 (495) 330-65-29
  • Факс: +7 (495) 330-65-38
  • Эл. почта: levitanibh@mail.ru

Новый подход к созданию раково-специфичных промоторов. Получение и анализ комбинаторной библиотеки химерных промоторов, состоящих из случайных комбинаций промоторных модулей. (2017-11-29)

Исследование промоторов транскрипции, активных в раковых клетках и неактивных в нормальных, важно для понимания процессов канцеро- и эмбриогенеза. Выявление или создание высокоспецифичных «раковых» промоторов также имеет большой практический интерес для создания конструкций, ограниченных в своем токсическом действии опухолями и не затрагивающих здоровые ткани в противоопухолевой генной терапии. В продолжение предыдущих работ (Alekseenko et al, 2012; Kashkin et al, 2015) для поиска новых промоторов с заданными функциями впервые создана и проанализирована библиотека химерных промоторов путём случайного комбинирования фрагментов раково-специфичных промоторов генов человека. Библиотеку химерных промоторов встраивали в лентивирусный вектор с репортерным геном CopGFP и трансдуцировали клетки A431, после чего отбирали светящиеся клетки, содержащие активные химерные промоторы. Показано, что большая доля отобранных клеток содержит активные раково-специфичные промоторы. Анализ случайно выбранных клонов показал неслучайные сочетания фрагментов в химерных промоторах. Некоторые из химер проявляют высокую промоторную активность и раковую специфичность. Дальнейший анализ наиболее часто встречающихся модулей в раково-специфичных химерах может расширить представление о природе раково-специфической промоторной активности и позволить направленно создавать более активные и специфичные промоторы.