Лаборатория молекулярной диагностики

Лаборатория молекулярной диагностики была образована в 2015 году на основе группы молекулярной диагностики, существующей в ИБХ РАН с 2005 года (до 2005 г - группы фитоиммунодиагностики). Основные направления работы лаборатории - разработка иммунохимических диагностических тест-систем для диагностики различных патогенов растений (вирусов, бактерий, грибов), а также работа в области фундаментальных исследований вирусов растений и молекулярной биологии растений

  1. Разработка систем ПЦР-диагностики и идентификации различных патогенов растений и животных (вирусы, бактерии, грибы, нематоды и др.)
  2. Оптимизация методов выделения ДНК и РНК для анализа материала растительного и животного происхождения и идентификации микроорганизмов
  3. Изучение генетического разнообразия и молекулярных механизмов патогенеза токсигенных грибов рода Fusarium. Поиск новых высокоспецифических ДНК-маркеров.

  4. Разработка и оптимизация новых подходов для детекции биомолекул, представленных в сверхмалых концентрациях, на основе метода иммуно-ПЦР. 

  5. Генная инженерия растений
  6. Использование ПЦР-технологий для быстрой оценки эффективности регуляторов роста растений
  7. Изучение структуры, внутриклеточной локализации и функций нового класса фитопептидов семейства miPEP156, кодируемых  предшественниками микро-РНК.
  8. Изучение гомологов вирусных белков, закодированных в геноме ретротранспозонов семейства R1 LINE у насекомых.
  9. Получение поли- и моноклональных антител
  10. Разработка иммунохимических тест-систем

Основными методами исследований являются генно-инженерные и иммунохимические методы, а также ДНК-технологии. Часть исследований проводится в сотрудничестве с другими подразделениями ИБХ РАН, НИИ им. Белозерского МГУ, ЗАО «ДНК-технологии», Институтом фитопатологии РАСХН и рядом зарубежных Институтов и фирм.

Гранты и проекты

1.Грант РФФИ № 06-04-48211а,2006–2008 гг. «РНК-репликаза клостеровируса желтухи свеклы: протеолитический процессинг белка-предшественника, зрелые компоненты репликативных комплексов и их цитопатогенные эффекты»

2.Грант РФФИ № 06-04-49129а,2006–2008 гг. «Изучение путей и механизмов транслокации белков через плазмодесмы на модели транспортных белков фитовирусов»

3.Проект МНТЦ № 3721p 2007–2010 гг. Идентификация молекулярными методами фитопаразитических нематод из Национальной Российской Коллекции Нематод, создание электронной базы данных молекулярных, морфологических и других характеристик фитонематод, создание исследовательской группы молекулярной диагностики нематод (совместно с ВНИИФ)

4.Грант Европейского Сообщества FP6 № 037212 (LSHB-CT-2006-037212) 2006–2009 гг. «Разработка новых и рентабельных методов неинвазивной диагностики патогенных микроорганизмов человека».

5.Госконтракт «Разработка биочипа и тест-систем для определения белковых токсинов, включая стафилококковые энтеротоксины, и антидота против ботулинического нейротоксина А, а так же ПЦР-тест систем для выявления ряда значимых патогенов растений» (Шифр «Биопатоген-ИБХРАН») по Договору № 34–405/07 от 5.10.2007. в рамках Государственного контракта №ГП/07/538/НТБ/К от 11.09.2007 г. ФЦП «Национальная технологическая база» на 2007–2011 гг.

6.Грант РФФИ 11-04-01493-а. «Съедобные вакцины против аллергии: изучение механизмов индукции толерантности мукозальными вакцинами на основе рекомбинантных белков клещей домашней пыли Dermatofagoides farina Der f 1 и Der f 2, полученных в листьях табака». 2011-2013 гг.

7. Грант РФФИ 11-04-00767-а. «Изучение динамики экспрессии генов, кодирующих антимикробные пептиды ежовника обыкновенного (Echinochloa crusgalli L.) под воздействием абиотических и биотических стрессов». 2011-2013 гг.

8. Госконтракт «Разработка опытно-промышленной технологии производства тест-систем на основе иммуно-ПЦР и мультиплексного флуоресцентного иммуноанализа, проведение медицинских испытаний и подготовка досье для государственной регистрации», 2010-2013 гг.

9. СЧ НИР "Исследования по созданию банка гибридом-продуцентов моноклональных антител к антигенам главного комплекса гистосовместимости человека", 2015-2017 гг.

10. Грант РФФИ 14-04-00997а. «Белок ОРТ6 вируса табачной мозаики –потенциальный белок вирусной безопасности: тканеспецифичность экспрессии и динамическая субклеточная локализация». 

 

 

11. Грант РФФИ 13-04-00094а, (2015 г.). «Вирусные фабрики: взаимодействие репликативных белков клостеровируса желтухи свеклы (ВЖС) с органеллами клетки, трансформация мембран , формирование и передвижение глобулярных сайтов репликации».

12. Грант РФФИ 15-29-02527 (офи-м).  «Изучение разнообразия токсигенных грибов рода Fusarium на территории России молекулярно-генетическими методами и поиск новых высокополиморфных маркеров для их специфической диагностики и идентификации».

 

 

Доклады и лекции.

«Modern approaches for use of monoclonal antibodies in plant protection and studies of virus-induced pathogenic processes»; Erokhina T., 2005
  • «Изучение роли нового класса белков растений в межклеточном транспорте макромолекул через плазмодесмы»; Ерохина Т. Н., 2005
  • «Studies on plant cell protein At 4/1 capable of interacting with viral movement proteins»; Erokhina T., Minina E., Schepetilnikov M., Solovyev A., Kellmann J., Morozov S.Y., 2005
  • «At 4/1-подобные белки растений: свойства и возможная роль во внутри- и межклеточном транспорте макромолекул»; Ерохина Т. Н., 2007
  • «Клонирование гена, мутагенез и субклеточная локализация нового белка табака Nt-4/1»; Ерохина Т. Н., Минина Е. А., Гарушянц С. К., Соловьев А. Г., Морозов С. Ю., 2008
  • «Эффективный и экономичный метод чувствительной диагностики и идентификации патогенов картофеля»; Завриев С. К., Рязанцев Д. Ю., Кошкина Т. Е., Абрамов Д. Д., 2007
  • «ДНК-технологии для диагностики и идентификации токсигенных патогенов зерна и продуктов его переработки»; Завриев С. К., Рязанцев Д. Ю., Абрамова С. Л., Евстратова С. В., Гагкаева Т. Ю., 2008
  • «Новые белки из Arabidopsis thaliana: структура и свойства»; Рязанцев Д. Ю., Минина Е. А., 2008
  • «Детекция ряда карантинных фитопатогенов методом ПЦР в формате FLASH»; Рязанцев Д. Ю., Абрамов Д. Д, Завриев С. К., 2008
  •  
Сотрудники лаборатории (слева направо): Ерохина Татьяна Николаевна, кхн, снс; Стахеев Александр Александрович, аспирант; Завриев Сергей Кириакович (руководитель), дбн, проф., чл-корр. РАСХН; Рязанцев Дмитрий Юрьевич, кбн, мнс.

 

Избранные публикации

  1. Stakheev AA, Samokhvalova LV, Mikityuk OD, Zavriev SK (2018). Phylogenetic Analysis and Molecular Typing of Trichothecene-Producing Fusarium Fungi from Russian Collections. Acta Naturae 10 (2), 79–92
  2. Simonova MA, Pivovarov VD, Ryazantsev DY, Dolgova AS, Berzhets VM, Zavriev SK, Svirshchevskaya EV (2018). Comparative diagnostics of allergy using quantitative immuno-PCR and ELISA. Bioanalysis 10 (10), 757–767
  3. Morozov SY, Milyutina IA, Erokhina TN, Ozerova LV, Troitsky AV, Solovyev AG (2018). TAS3 miR390-dependent loci in non-vascular land plants: Towards a comprehensive reconstruction of the gene evolutionary history. PeerJ 2018 (4), e4636
  4. Stakheev AA, Samokhvalova LV, Mikityuk OD, Zavriev SK (2018). Phylogenetic analysis and molecular typing of trichothecene-producing Fusarium fungi from Russian Collections. Acta Naturae 10 (2), 79–92
  5. Пивоваров ВД, Рязанцев ДЮ, Симонова МА, Димитриева ТВ, Хлгатян СВ, Завриев СК, Свирщевская ЕВ (2018). Разработка тест-систем для анализа антител к вирусу Эпштейна-Барр методом иммуно-ПЦР. 52 (0), 727–734
  6. Симонова МА, Пивоваров ВД, Рязанцев ДЮ, Костромина МА, Муравьева ТИ, Мокроносова МА, Хлгатьян СВ, Есипов РС, Завриев СК (2018). Определение специфических иммуноглобулинов класса Е к аллергену березы Bet v 1 методом иммуно-ПЦР. 44 (0), 203–211
  7. Смирнов И, Завриев С (2018). Химическое оружие: современное состояние и контроль за выполнением международных соглашений. 62 (1), 76–84
  8. Стахеев АА, Звездина ЮК, Микитюк ОД, Завриев СК (2018). Изучение токсинообразования и полиморфизма трихотеценовых генов у грибов рода Fusarium российских коллекций. XIX (0), 337–343
  9. Стахеев АА, Рязанцев ДЮ, Звездина ЮК, Баранов МС, Завриев СК (2018). Новая метка для количественной ПЦР на основе синтетического аналога хромофора зелёного флуоресцентного белка. 87 (7), 1089–1095
  10. Башкирова ИГ, Матяшова ГН, Завриев СК, Рязанцев ДЮ, Шнейдер ЮА (2018). Апробация тест-систем для детекции фитоплазм яблони и груши. 7 (0), 40–41
  11. Можаев АА, Ерохина ТН, Серова ОВ, Деев ИЕ, Петренко АГ (2017). Получение и иммунохимическая характеристика моноклонального антитела к эктодомену рецептора, подобного рецептору инсулина (IRR). 43 (6), 631–636
  12. Maerle AV, Voronina DV, Dobrochaeva KL, Galanina OE, Alekseev LP, Bovin NV, Zavriev SK, Ryazantsev DY (2017). Immuno-PCR technology for detection of natural human antibodies against Lecdisaccharide. Glycoconj J 34 (2), 199–205
  13. Gushchin VA, Karlin DG, Makhotenko AV, Khromov AV, Erokhina TN, Solovyev AG, Morozov SY, Agranovsky AA (2017). A conserved region in the Closterovirus 1a polyprotein drives extensive remodeling of endoplasmic reticulum membranes and induces motile globules in Nicotiana benthamiana cells. Virology 502 (0), 106–113
  14. Erokhina TN, Lazareva EA, Richert-Pöggeler KR, Sheval EV, Solovyev AG, Morozov SY (2017). Subcellular localization and detection of Tobacco mosaic virus ORF6 protein by immunoelectron microscopy. Biochemistry (Mosc) 82 (1), 60–66
  15. Стахеев АА, Кондратьев МО, Приходько ЮН, Завриев СК (2017). Диагностика карантинных вирусов рода Nepovirus методом количественной ПЦР. 3 (0), 35–38
  16. Свирщевская ЕВ, Фаттахова ГВ, Хлгатян СВ, Бержец ВМ, Завриев СК (2017). Сенсибилизация к грибным аллергенам. XVII (0), 401–406
  17. Артыков ФФ, Фурсова КК, Рязанцев ДЮ, Щанникова МП, Лоскутова ИВ, Шепеляковская АО, Ламан АГ, Завриев СК, Бровко ФА (2017). Детекция стафилоккокового энтеротоксина А методом фаговой иммуно-ПЦР. 43 (0), 518–522
  18. Завриев СК (2017). Биобезопасность в современном мире.  (0), 980–984
  19. Рогожин ЕА, Кисиль ОВ, Чертаев ИВ, Завриев СК (2017). Характеристика белково- пептидного экстракта семян мари белой ( Chenopodium album L.): изучение компонентного состава, антимикробных и анальгетических свойств. 62 (0), 3–8
  20. Svirshchevskaya E, Fattakhova G, Khlgatian S, Chudakov D, Kashirina E, Ryazantsev D, Kotsareva O, Zavriev S (2016). Direct versus sequential immunoglobulin switch in allergy and antiviral responses. Clin Immunol 170 (0), 31–38
  21. Stakheev AA, Khairulina DR, Zavriev SK (2016). Four-locus phylogeny of Fusarium avenaceum and related species and their species-specific identification based on partial phosphate permease gene sequences. Int J Food Microbiol 225 (0), 27–37
  22. Shcherbakova LA, Odintsova TI, Stakheev AA, Fravel DR, Zavriev SK (2016). Identification of a Novel Small Cysteine-Rich Protein in the Fraction from the Biocontrol Fusarium oxysporum Strain CS-20 that Mitigates Fusarium Wilt Symptoms and Triggers Defense Responses in Tomato. Front Plant Sci 6 (2016), 1207
  23. Стахеев АА, Самохвалова ЛВ, Рязанцев ДЮ, Завриев СК (2016). Молекулярно-генетические методы в исследовании таксономии и специфической идентификации токсинпродуцирующих грибов рода Fusarium: успехи и проблемы (обзор). 51 (3), 275– 284
  24. Рязанцев ДЮ, Воронина ДВ, Завриев СК (2016). Иммуно-ПЦР: достижения и перспективы. 56 (0), 377–410
  25. Стахеев АА, Самохвалова ЛВ, Рязанцев ДЮ, Завриев СК (2016). Генетический полиморфизм российской популяции продуцентов фузариотоксинов. Материалы мемориальной конференции по медицинской микологии (к 120-летию А.М. Ариевича). XVI (0), 229–234
  26. Morozov SY, Milyutina IA, Bobrova VK, Ryazantsev DY, Erokhina TN, Zavriev SK, Agranovsky AA, Solovyev AG, Troitsky AV (2015). Structural evolution of the 4/1 genes and proteins in non-vascular and lower vascular plants. B SOC CHIM BIOL 119 (0), 125–136
  27. Beyshova IS, Chuzhebaeva GD, Aubakirov MZh, Kozhmuhametova AS, Stakheev AA, Ryazantsev DY, Zavriev SK, Oleynik AT (2015). Development of PCR diagnosis of pathogenic fungi of the genus Septoria affecting cereal crops in Northern Kazakhstan. 12 (2), 1321
  28. КаширинаЕВ ЕИ, Решетов ПД, Алексеева ЛГ, Хлгатян СВ, Рязанцев ДЮ, Гурьянова СВ, Зубов ВП, Свирщевская ЕВ (2015). Капсулирование аллергенов клещей домашней пыли в наночастицы на основе хитозана и альгината. 10 (7), 98–104
  29. Ryazantsev , Kvach , Tsybulsky , Prokhorenko , Stepanova , Martynenko , Gontarev , Shmanai , Zavriev , Korshun  (2014). Design of molecular beacons: 3′ couple quenchers improve fluorogenic properties of a probe in real-time PCR assay. Analyst, 139 (11), 2867–2872 (2014). Analyst (Lond) 139 (11), 2867–2872
  30. Чудаков ДБ, Рязанцев ДЮ, Каширина ЕИ, Бержец ВМ, Свирщевская ЕВ (2014). Роль дозы аллергена в индукции у мышей IgE антител на белки клещей домашней пыли. 35 (6), 321–328
  31. Simonova MA, Petrova EE, Dmitrenko OA, Komaleva RL, Shoshina NS, Samokhvalova LV, Valyakina TI, Grishin EV (2014). xMAP-based analysis of three most prevalent staphylococcal toxins in Staphylococcus aureus cultures. Anal Bioanal Chem 406 (25), 6447–6452
  32. Ryazantsev DY, Kvach MV, Tsybulsky DA, Prokhorenko IA, Stepanova IA, Martynenko YV, Gontarev SV, Shmanai VV, Zavriev SK, Korshun VA (2014). Design of molecular beacons: 3’ couple quenchers improve fluorogenic properties of a probe in real-time PCR assay. Analyst (Lond) 139 (11), 2867–2872
  33. Yagudaeva EY, Liaw DJ, Ischenko AA, Bagratashvili VN, Zubov VP, Prostyakova AI, Ryazantsev DY, Sviridov AP, Kapustin DV (2014). New polyamide-containing sorbents for one-step isolation of DNA. J Mater Sci 49 (9), 3491–3496
  34. Doronin II, Vishnyakova PA, Kholodenko IV, Ponomarev ED, Ryazantsev DY, Molotkovskaya IM, Kholodenko RV (2014). Ganglioside GD2 in reception and transduction of cell death signal in tumor cells. BMC Cancer 14 (1), 295
  35. Ryazantsev DY, Rogozhin EA, Dimitrieva TV, Drobyazina PE, Khadeeva NV, Egorov TA, Grishin EV, Zavriev SK (2014). A novel hairpin-like antimicrobial peptide from barnyard grass (Echinochloa crusgalli L.) seeds: Structure-functional and molecular-genetics characterization. B SOC CHIM BIOL 99 (1), 63–70
  36. Kapustin DV, Prostyakova AI, Alexeev YI, Varlamov DA, Zubov VP, Zavriev SK (2014). High-throughput Method of One-Step DNA Isolation for PCR Diagnostics of Mycobacterium tuberculosis. Acta Naturae 6 (2), 48–52
  37. Morozov SY, Makarova SS, Erokhina TN, Kopertekh L, Schiemann J, Owens RA, Solovyev AG (2014). Plant 4/1 protein: Potential player in intracellular, cell-to-cell and long-distance signaling. Front Plant Sci 5 (0), 26
  38. Osipov AV, Terpinskaya TI, Kryukova EV, Ulaschik VS, Paulovets LV, Petrova EA, Blagun EV, Starkov VG, Utkin YN (2014). Nerve growth factor from cobra venom inhibits the growth of Ehrlich tumor in mice. Toxins (Basel) 6 (3), 784–795
  39. Kapustin DV, Prostyakova AI, Alexeev YI, Varlamov DA, Zubov V, Zavriev SK (2014). High-throughput method of one-step DNA isolation for PCR diagnostics of Mycobacterium tuberculosis. Acta Naturae 6 (21), 48–52
  40. Рязанцев ДЮ, Дробязина ПЕ, Хлгатян СВ, Завриев СК, Свирщевская ЕВ (2014). Экспрессия аллергенов клещей домашней пыли Der f 1 и Der f 2 в листьях Nicotiana benthamiana. 40 (4), . 468–478
  41. Solovyev AG, Minina EA, Makarova SS, Erokhina TN, Makarov VV, Kaplan IB, Kopertekh L, Schiemann J, Richert-Pöggeler KR, Morozov SY (2013). Subcellular localization and self-interaction of plant-specific Nt-4/1 protein. B SOC CHIM BIOL 95 (7), 1360–1370
  42. Gushchin VA, Solovyev AG, Erokhina TN, Morozov SY, Agranovsky AA (2013). Beet yellows virus replicase and replicative compartments: Parallels with other RNA viruses. Front Microbiol 4 (0), 38
  43. Rogozhin EA, Ryazantsev DY, Grishin EV, Egorov TA, Zavriev SK (2012). Defense peptides from barnyard grass (Echinochloa crusgalli L.) seeds. Peptides 38 (1), 33–40
  44. Simonova MA, Valyakina TI, Petrova EE, Komaleva RL, Shoshina NS, Samokhvalova LV, Lakhtina OE, Osipov IV, Philipenko GN, Singov EK, Grishin EV (2012). Development of xMAP assay for detection of six protein toxins. Anal Chem 84 (15), 6326–6330
  45. Shlyapnikov YM, Shlyapnikova EA, Simonova MA, Shepelyakovskaya AO, Brovko FA, Komaleva RL, Grishin EV, Morozov VN (2012). Rapid simultaneous ultrasensitive immunodetection of five bacterial toxins. Anal Chem 84 (13), 5596–5603
  46. Ryazantsev DY, Tsybulsky DA, Prokhorenko IA, Kvach MV, Martynenko YV, Philipchenko PM, Shmanai VV, Korshun VA, Zavriev SK (2012). Two-dye and one- or two-quencher DNA probes for real-time PCR assay: Synthesis and comparison with a TaqMan™ probe. Anal Bioanal Chem 404 (1), 59–68
  47. Ryazantsev DYu, Petrova E, Kalinina NA, Valyakina TI, Grishin EV, Zavriev SK (2012). Application of supramolecular DNA-streptavidin complexes for ultrasensitive detection of several toxins by immuno-PCR. 3 (17),
  48. Makarova SS, Minina EA, Makarov VV, Semenyuk PI, Kopertekh L, Schiemann J, Serebryakova MV, Erokhina TN, Solovyev AG, Morozov SY (2011). Orthologues of a plant-specific At-4/1 gene in the genus Nicotiana and the structural properties of bacterially expressed 4/1 protein. B SOC CHIM BIOL 93 (10), 1770–1778
  49. Shemyakina EA, Erokhina TN, Gorshkova EN, Schiemann J, Solovyev AG, Morozov SY (2011). Formation of protein complexes containing plant virus movement protein TGBp3 is necessary for its intracellular trafficking. B SOC CHIM BIOL 93 (4), 742–748
  50. Stakheev AA, Ryazantsev DY, Gagkaeva TY, Zavriev SK (2011). PCR detection of Fusarium fungi with similar profiles of the produced mycotoxins. Food Control 22 (34), 462–468
  51. Стахеев АА, Рязанцев ДЮ, Завриев СК (2011). Выявление новых генетических маркеров для таксономической характеристики и идентификации грибов рода Fusarium. 37 (0), 662–671
  52. Kapustin DV, Prostyakova AI, Ryazantsev DY, Zubov VP (2011). Novel composite matrices modified with nanolayers of polymers as perspective materials for separation of biomolecules and bioanalysis. Nanomedicine (Lond) 6 (2), 241–255
  53. Petrova EE, Simonova MA, Komaleva RL, Britsina MV, Andronova TM, Nesmeyanov VA, Valyakina TI (2010). GMDP augments antitumor action of the CP/TNFα combination in vivo. Biomed Pharmacother 64 (4), 240–248
  54. Рязанцев ДЮ, Абрамов ДД, Завриев СК (2009). Диагностика карантинных фитопатогенов методом ПЦР в формате FLASH.  (3), 114–117
  55. Рязанцев ДЮ, Завриев СК (2009). Эффективный метод диагностики и идентификации вирусных патогенов картофеля. 43 (3), 558–567
  56. Стахеев AA, Самохвалова ЛВ, Микитюк ОД, Завриев СК (2009). Филогенетический анализ и молекулярное типирование трихотеценпродуцирующих грибов рода Fusarium из российских коллекций. Acta Naturae 10 (2), 85–99
  57. Абрамова СЛ, Рязанцев ДЮ, Воинова ТМ, Завриев СК (2008). Диагностика фитопатогенных грибов Septoria tritice и Stragonaspora nodorum методом FLASH–ПЦР. 34 (0), 107–113
  58. Рязанцев ДЮ, Абрамова СЛ, Евстратова СВ, Гагкаева ТЮ, Завриев СК (2008). Диагностика токсиногенных грибов рода Fusarium методом FLASH-PCR. 35 (0), 799–807
  59. Zavriev SK, Ryazantsev D, Abramov D, Koshkina T (2007). Effective and efficient approach to potato pathogen sensitive detection and identification.  (0), 255–261
  60. Кокарев НВ, Кошкина ТЕ, Рязанцев ДЮ, Завриев СК (2007). Влияние дефектной РНК вируса крапчатости ежи сборной на накопление вирусного капсидного белка в растениях пшеницы.  (3), 13–15
  61. Минина ЕА, Ерохина ТН, Сошникова НВ, Соловьев АГ, Морозов СЮ (2006). Иммунологическая детекция белка растений At-4/1, способного взаимодействовать с вирусными белками межклеточного транспорта. 411 (5), 689–693
  62. Petrova EE, Valyakina TI, Simonova MA, Komaleva RL, Khaidukov SV, Makarov EA, Blokhin DY, Ivanov PK, Andronova TM, Nesmeyanov VA (2006). Muramyl peptides augment cytotoxic effect of tumor necrosis factor-alpha in combination with cytotoxic drugs on tumor cells. Int Immunopharmacol 6 (9), 1377–1386
  63. Paape M, Solovyev AG, Erokhina TN, Minina EA, Schepetilnikov MV, Lesemann DE, Schiemann J, Morozov SY, Kellmann JW (2006). At-4/1, an interactor of the Tomato spotted wilt virus movement protein, belongs to a new family of plant proteins capable of directed intra- and intercellular trafficking. Mol Plant Microbe Interact 19 (8), 874–883
  64. Вишниченко ВК, Рязанцев ДЮ, Завриев СК (2005). Экспрессия капсидного белка Х вируса шалота в различных органах растений Allium cepa var. Aggregatum.  (1), 104–109
  65. Yelina NE, Erokhina TN, Lukhovitskaya NI, Minina EA, Schepetilnikov MV, Lesemann DE, Schiemann J, Solovyev AG, Morozov SY (2005). Localization of Poa semilatent virus cysteine-rich protein in peroxisomes is dispensable for its ability to suppress RNA silencing. J Gen Virol 86 (2), 479–489
  66. Adams MJ, Antoniw JF, Bar-Joseph M, Brunt AA, Candresse T, Foster GD, Martelli GP, Milne RG, Fauquet CM (2004). The new plant virus family Flexiviridae and assessment of molecular criteria for species demarcation. Arch Virol 149 (5), 1045–1060
  67. Кошкина ТЕ, Баранова ЕН, Завриев СК (2003). Точечная мутация в гене белка оболочки влияет на дальний транспорт вируса табачной мозаики. 37 (0), 742–748
  68. Zinovkin RA, Erokhina TN, Lesemann DE, Jelkmann W, Agranovsky AA (2003). Processing and subcellular localization of the leader papain-like proteinase of Beet yellows closterovirus. J Gen Virol 84 (8), 2265–2270
  69. Gorshkova EN, Erokhina TN, Stroganova TA, Yelina NE, Zamyatnin AA, Kalinina NO, Schiemann J, Solovyev AG, Morozov SY (2003). Immunodetection and fluorescent microscopy of transgenically expressed hordeivirus TGBp3 movement protein reveals its association with endoplasmic reticulum elements in close proximity to plasmodesmata. J Gen Virol 84 (4), 985–994
  70. Завриев СК, Вишниченко ВК, Келдыш МА (2002). Обнаружение аллексивирусов в составе вирусных комплексов, поражающих декоративные луковичные культуры.  (1), 11–13
  71. Maroon CJM, Zavriev S (2002). PCR-BASED TESTS FOR THE DETECTION OF TOBAMOVIRUSES AND CARLAVIRUSES. 598 (0), 117–122
  72. Вишниченко ВК, Стельмащик ВЯ, Завриев СК (2002). 42K белок Х вируса шалота участвует в формировании вирусных частиц. 36 (0), 1080–1084
  73. Кошкина ТЕ, Новиков ВК, Завриев СК (2002). Исследование биологических свойств и структуры генома изолята К3 казахского штамма вируса табачной мозаики.  (3), 14–15
  74. Erokhina TN, Vitushkina MV, Zinovkin RA, Lesemann DE, Jelkmann W, Koonin EV, Agranovsky AA (2001). Ultrastructural localization and epitope mapping of the methyltransferase-like and helicase-like proteins of Beet yellows virus. J Gen Virol 82 (8), 1983–1994
  75. Vishnichenko VK, Zavriev SK (2001). Detection of infectious viral particles in plant protoplasts inoculated with transcripts of full-length shallot virus X cDNA. Arch Virol 146 (6), 1213–1217
  76. Erokhina TN, Zinovkin RA, Vitushkina MV, Jelkmann W, Agranovsky AA (2000). Detection of beet yellows closterovirus methyltransferase-like and helicase-like proteins in vivo using monoclonal antibodies. J Gen Virol 81 (3), 597–603
  77. Valyakina TI, Komaleva RL, Petrova EE, Malakhov AA, Shamborant OG, Andronova TM, Nesmeyanov VA (1998). Endogenous tumour necrosis factor-alpha sensitise melanoma cells to glucosaminylmuramyl dipeptide. FEBS Lett 426 (3), 373–376
  78. Valyakina T, Malakhov A, Malakhova N, Petrova E, Bykovskaya S, Revazova E, Nesmeyanov V (1996). Glucosaminylmuramyldipeptide-induced changes in phenotype of melanoma cells result in their increased lysis by peripheral blood cells. Int J Oncol 9 (5), 885–891
  79. Khaidukov SV, Komaleva RL, Nesmeyanov VA (1995). N-acetylglucosamine-containing muramyl peptides directly affect macrophages. Int Immunopharmacol 17 (11), 903–911
  80. Sumaroka MV, Litvinov IS, Khaidukov SV, Golovina TN, Kamraz MV, Komaleva RL, Andronova TM, Makarov EA, Nesmeyanov VA, Ivanov VT (1991). Muramyl peptide-binding sites are located inside target cells. FEBS Lett 295 (13), 48–50
  81. Zavriev SK, Shemyakin MF (1982). RNA polymerase-dependent mechanism for the stepwise T7 phage DNA transport from the virion into E. coli. Nucleic Acids Res 10 (5), 1635–1652
  82. Zavriev SK, Shemyakin MF (1981). Influence of the deletions of A2-A3promoters or a terminator of early genes upon the rate of T7 DNA entrance into Escherichia coli cell. FEBS Lett 131 (1), 99–102
  83. Belintsev BN, Zavriev SK, Shemyakin MF (1980). On the promoter complex formation rate of E.coli RNA polymerases with T7 phage DNA. Nucleic Acids Res 8 (6), 1391–1404
  84. Wiesmann UN, DiDonato S, Herschkowitz NN (1975). Effect of chloroquine on cultured fibroblasts: Release of lysosomal hydrolases and inhibition of their uptake. Biochem Biophys Res Commun 66 (4), 1338–1343

Завриев Сергей Кириакович

  • Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10 — На карте
  • ИБХ РАН, корп. БОН, комн. 405
  • Тел.: +7(495)995-55-57#2044
  • Эл. почта: szavriev@ibch.ru

Субклеточная локализация и детекция белка ОРТ6 вируса табачной мозаики с помощью иммуноэлектронной микроскопии (2017-11-27)

В предшествующих исследованиях было показано, что геномы ряда тобамовирусов в дополнение к генам белка оболочки, транспортного белка и цистрону, кодирующему различные домены РНК_полимеразы, содержат слабо консервативный короткий ген ОРТ6 . В данной работе с помощью биохимических и иммунологических методов было доказано, что в зараженных двумя изолятами вируса табачной мозаики (ВТМ, штамм U1) растениях действительно накапливается пептид ОРТ6. При этом в отличие от скоплений вирусных частиц, обнаруженных в цитоплазме клеток, продукт ОРТ6 выявлен в основном в ядрах, что соответствует ранее опубликованным данным по временной экспрессии изолированной ОРТ6 штамма U1. Кроме того, нами получены новые данные, подтверждающие существование генов OРТ6 в ви ромах целого ряда тобамовирусов.

Публикации

  1. Erokhina TN, Lazareva EA, Richert-Pöggeler KR, Sheval EV, Solovyev AG, Morozov SY (2017). Subcellular localization and detection of Tobacco mosaic virus ORF6 protein by immunoelectron microscopy. Biochemistry (Mosc) 82 (1), 60–66

Получен ковалентный конъюгат ДНК-антитело для использования в иммуно-ПЦР (2017-11-27)

Конъюгат антитела и одноцепочечного олигонуклеотида был получен с использованием биоортогональной реакции азид-алкинового циклоприсоединения, промотируемого напряжением. Антитело модифицировали сульфотетрафторфениловым эфиром азидокапроновой кислоты; для модификации олигонуклеотида с введенной при синтезе аминогруппой использовали N-гидроксисукцинимидный эфир дибензоциклоактина. Получены конъюгаты со степенью меченья 1-3 олигонуклеотида на антитело.

Изучение экспрессии генов трихотеценового кластера у грибов Fusarium graminearum и F. ussurianum в различных условиях культивирования и их токсигенности (2017-11-27)

Была изучена динамика экспрессии генов трихотеценового кластера, включающего в себя 12 генов, ответственных за регуляцию и отдельные этапы биосинтеза микотоксинов. Для этого были выбраны токсигенных штаммы F. graminearum (Ст-6 и Ст-9) и F. ussurianum (g. 120 и g. 267). Продемонстрировано наличие 3-х групп генов, отличающихся друг от друга по уровням и временным параметрам экспрессии. Особое внимание нами было уделено двум генам, функциональное значение которых на сегодняшний день не вполне ясно –TRI9 и TRI14. Показано, что экспрессия этих двух генов сохранялась на низком уровне в течение всего процесса культивирования. Впервые расшифрованы нуклеотидные последовательности и определены вероятные структуры белков, кодируемых геном TRI14 у видов F. poae, F. sambucinum, F. langsethiae, F. venenatum, F. cerealis.

Определение структуры элиситорного белка CS20EP из штамма CS-20 гриба Fusarium oxysporum (2016-11-18)

На основе предварительных данных об N-концевой аминокислотной последовательности белка, экспрессируемого штаммом  CS-20 гриба F. oxysporum, была определена структура его кДНК. С помощью методов биоинформатического анализа предсказана полная аминокислотная последовательность белка CS20EP, расчётная  масса которого соответствовала полученным ранее данным MALDI-TOF (~10 кDa). Продемонстрировано, что белок CS20EP обладает элиситорной активностью, стимулируя защитную реакцию растений томата в ответ на их заражение вирулентным штаммов F. oxysporum, вызывающим сосудистый вилт и некроз проводящих тканей. Показано, что изучаемый белок имеет ряд структурных отличий от сходных по последовательности белков вирулентных штаммов F. oxysporum и других видов рода Fusarium.  Последовательность нуклеотидов гена, кодирующего белок CS20EP, депонирована в базу данных GenBank NCBI (accession number KR028481).

Изучение разнообразия токсигенных грибов рода Fusarium на территории России молекулярно-генетическими методами и поиск новых высокополиморфных маркеров для их специфической диагностики и идентификации (2016-03-16)

Впервые определены и представлены в международных базах данных частичные последовательности генов фратаксина и фосфатпермеазы основных возбудителей фузариоза, распространённых на территории России и установлен филогенетический потенциал этих локусов

Исследования по созданию банка гибридом-продуцентов моноклональных антител к антигенам главного комплекса гистосовместимости человека (2016-03-16)

Получены клоны гибридом, продуцирующие моноклональные антитела к трем различным вариантам антигенов главного комплекса гистосовместимости человека 1 класса. 5 клонов гибридом продуцируют моноклональные антитела к HLA-A03, 9 клонов – к HLA-A11 и 6 клонов – к HLA-B51. Все полученные клоны гибридом продуцируют моноклональные антитела класса IgG. Отечественных аналогов выше указанных моноклональных антител не обнаружено.