Accurate Protein Dynamic Conformational Ensembles: Combining AlphaFold, MD, and Amide 15N(1H) NMR Relaxation
Conformational heterogeneity is essential for protein function, yet validating theoretical molecular dynamics (MD) ensembles remains a significant challenge. In this study, we present an approach that integrates free MD simulations, starting from an AlphaFold-generated structure, with refined experimental NMR-relaxation data to identify biologically relevant holistic time-resolved 4D conformational ensembles. Specifically, we select trajectory segments (RMSD plateaus) consistent with experimental observables. For the extracellular region of PsrSp, we found that only specific segments of the long MD trajectory aligned well with experimental data. The resulting ensembles revealed two regions with increased flexibility, both of which play important functional roles.
: 41009484
Список научных проектов, где отмечена публикация
- ITM17-0218. . Внебюджетное финансирование.
- Разработка методов биомолекулярной ЯМР-спектроскопии для направленного исследования функционально значимых центров внутри- и межмолекулярных взаимодействий белков (15 Ноября 2023 года 15 Декабря 2026 года). . Бюджетное финансирование.
- 21 1605 Pj01H. . Внебюджетное финансирование.
- 10399. . Внебюджетное финансирование.
- 2021–05061. . Внебюджетное финансирование.
- 2018-02874. . Внебюджетное финансирование.
- 2023-03485. . Внебюджетное финансирование.
- 2024-06251. . Внебюджетное финансирование.


: