Т-клетки играют решающую роль в адаптивном иммунном ответе на острые вирусные инфекции. Обширное разнообразие Т-клеточных рецепторов (ТКР) представляет собой сложную задачу для понимания их роли в иммунных ответах. Исследование динамики иммунного ответа на острую вирусную инфекцию по своей природе сложнее по сравнению с изучением реакции на вакцины, но оно предлагает более полное представление о предмете исследования. Поэтому мы использовали метод иммуносеквенирования для исследования острых вирусных инфекций в мышиной модельной системе. В частности, мы проанализировали репертуар ТКР для выявления различий в иммунном ответе мышей BALB/c на различные варианты вируса клещевого энцефалита (ВКЭ), которые различаются несколькими аминокислотными заменами и происходят от одного и того же родительского штамма. Мы идентифицировали многочисленные клонотипы ТКРb, которые реагировали на инфекцию. Кроме того, мы наблюдали различия в величине Т-клеточного ответа в зависимости от вирулентности либо варианта ВКЭ, либо незрелых частиц ВКЭ. Интересно, что независимо от варианта вируса, мы наблюдали сдвиг в сторону CD8+ Т-клеток среди Т-клеток, ассоциированных с инфекцией ВКЭ. Кроме того, наши результаты показали, что ВКЭ вызывает масштабные изменения в наиболее представленных клонах Т-клеток, приводя к перестройке репертуара TCR. Нам удалось выявить группы Т-клонов, реагирующих на ВКЭ, у мышей, инфицированных различными вариантами вируса. Эти результаты дают ценные сведения о динамике Т-клеточных ответов во время острых вирусных инфекций и подчеркивают важность изучения разнообразия ТКР для глубокого понимания иммунного ответа.