Int J Mol Sci, 2025, 26(19):9291

Transcriptomic Analysis of TDP1-Knockout HEK293A Cells Treated with the TDP1 Inhibitor (Usnic Acid Derivative)

Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 (TDP1) is a key enzyme for the repair of stalled topoisomerase 1 (TOP1)-DNA complexes. Previously, we obtained HEK293A cells with homozygous knockout of the gene by the CRISPR/Cas9 method and used them as a cell model to study the mechanisms of anticancer therapy and to investigate the effect of gene knockout on gene expression changes in the human HEK293A cell line by transcriptome analysis. In this study, we investigated the effect of a TDP1 inhibitor ((R,E)-2-acetyl-6-(2-(2-(4-bromobenzyliden) hydrazinyl) thiazol-4-yl)-3,7,9-trihydroxy-8,9b-dimethyldibenzo[b,d] furan-1(9bH)-one, OL9-119, an usnic acid derivative), capable of potentiating the antitumor effect of topotecan, as well as its combination with topotecan, on the transcriptome of wild-type and TDP1 knockout HEK293A cells. OL9-119 was found to be able to reduce cell motility by decreasing the expression of a number of genes, which may explain the antimetastatic effect of this compound. Differentially expressed genes (DEGs) related to electron transport, mitochondrial function, and protein folding were also identified under TDP1 inhibitor treatment.

Zakharenko AL, Dyrkheeva NS, Markov AV, Kleshchev MA, Ryabchikova EI, Malakhova AA, Orishchenko KE, Okorokova LS, Shtokalo DN, Medvedev SP, Zakian SM, Tupikin AA, Kabilov MR, Luzina OA, Deyev SM, Lavrik OI

Отдел иммунологии, Лаборатория молекулярной иммунологии

: 10.3390/ijms26199291
Scopus: 2-s2.0-105018892396
: 41096560
IBCH: 12155
Ссылка на статью в журнале: https://www.mdpi.com/1422-0067/26/19/9291
Нет данных о цитировании
Данные статьи проверены модераторами 2025-10-23

Список научных проектов, где отмечена публикация

  1. Онкотераностика и проблемы резистентности к противоопухолевым и антибактериальным препаратам (23 Апреля 2024 года — 31 Декабря 2026 года). Деев С.М., Алексеева Н.А., Алексеева Л.Г., Алипер Е.Т., Алферова В.А., Андрианова А.Г., Бабкова Ю.С., Баранова А.А., Баранова М.Н., Белогуров А.А., Богачук А.П., Бочаров Э.В., Буренина О.Ю., Бычков М.Л., Веретененко И.И., Волков Д.В., Габибов А.Г., Гордеева В.Д., Горелик Л.В., Грязнова О.Ю., Гуляк Е.Л., Дерябин А.С., Доброчаева К.Л., Евпак А.С., Егорова Н.С., Емельянов Е.А., Ермолаева Е.О., Ефремов Р.Г., Житлов М.Ю., Жучков В.А., Захарова М.Ю., Звягин А.В., Зелепукин И.В., Зинченко А.А., Калганова А.И., Кириченко А.В., Кирпичников М.П., Кнорре В.Д., Ковалева Д.К., Коваленко Е.И., Кокаева И.С., Коновалова Е.В., Коншина А.Г., Короткова Н.А., Коршун В.А., Котельникова О.В., Котельникова П.А., Кравченко Т.В., Крылов Н.А., Кудряева А.А., Кузьмина О., Курбацкая И.Н., Лазарев И.В., Логвинов А.С., Люкманова Е.Н., Мазур Р.В., Маллаев Р.А., Мирзоева Н.З., Миркасымов А.Б., Мусатова О.Е., Нечаева А.М., Никитин Т.Д., Никонова А.В., Нольде Д.Е., Оджомоко Л.О., Орлова Д.А., Панина И.С., Пахомов А.А., Пахомова Т.Е., Пижонков Н.А., Пипия С.О., Полянский А.А., Похоруков Д.А., Прокопенко Ю.А., Прошкина Г.М., Родионов В.И., Ротанова Т.В., Рубцов Ю.П., Рябуха Я.А., Саватеева Н.С., Сапожникова К.А., Серова Е.В., Синичич А.А., Смирнов И.В., Согомонян А.С., Спаллоне А., Степанова (Украинская) В.М., Стрельцова М.А., Сутугин Ю.А., Терехов С.С., Фролова А.Ю., Хаврошечкина Е.В., Ходарович Ю.М., Холоденко Р.В., Цетлин В.И., Чумаков С.П., Шилова П.А., Шлепова О.В., Шрамова Е.И., Шульга А.А.. Грант, Бюджетное финансирование.