Списки аспирантов и портфолио

83

Сычева Анастасия Леонидовна

Дата начала обучения 2015-11-01
Дата окончания обучения 2019-10-31
Руководитель Лебедев Юрий Борисович
Специальность Молекулярная биология [03.01.03]
Статус Обучается

Отчеты аспиранта

1 год обучения (2016)

Федеральное государственное бюджетное учреждение науки

Институт биоорганической химии

им. академиков М.М.Шемякина и Ю.А.Овчинникова

Российской академии наук

 

 

Отчет аспиранта первого года обучения Сычевой Анастасии Леонидовны

Лаборатория сравнительной и функциональной геномики за I семестр

 

Тема диссертации: «Исследование антиген-индуцируемой клональной селекции переферических Т-лмфрцитов человека».
Научный руководитель: зав. ЛСФГ, д.б.н. Лебедев Юрий Борисович
Обучение аспирантки Сычевой А.Л. осуществлялось согласно индивидуально разработанному плану.


Научно-исследовательская работа:

  1. Аналитическая работа:

Проведен обзор статей по теме кандидатской диссертации. На основе обзора были сформулированы задачи для дальнейшей экспериментальной работы.

  1. Экспериментальная работа:

Были приготовлены 42 кДНК библиотеки Т-клеточных рецепторов двух не родственных доноров, вакцинированных против вируса жёлтой лихорадки.

 

Результаты на основе материала дипломной работы Сычевой А.Л. были представлены в ходе устного доклада на XXVIII Зимней молодежной научной школе "Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии", 8-11 февраля 2016 года, ИБХ РАН. Тема доклада: «Динамика Т-клеточного репертуара человека в ходе противогриппозной вакцинации и ревакцинации».

 

План работы аспиранта на II семестр обучения:

  1. Работа с научной литературой;

  2. Анализ результатов секвенирования Т-клеточных рецепторов;

 

Научный руководитель:

д.б.н., зав. ЛСФГ

Лебедев Ю.Б.



 

Федеральное государственное бюджетное учреждение науки

Институт биоорганической химии

им. академиков М.М.Шемякина и Ю.А.Овчинникова

Российской академии наук

 

 

Отчет аспиранта первого года обучения Сычевой Анастасии Леонидовны

Лаборатория сравнительной и функциональной геномики за II семестр

 

Тема диссертации: «Исследование антиген-индуцируемой клональной селекции переферических Т-лмфрцитов человека».
Научный руководитель: зав. ЛСФГ, д.б.н. Лебедев Юрий Борисович
Обучение аспирантки Сычевой А.Л. осуществлялось согласно индивидуально разработанному плану.


Научно-исследовательская работа:

  1. Аналитическая работа:

Проведен обзор 108 статей по теме кандидатской диссертации. На основе обзора были подготовлены 2 доклада с презентациями для лабораторного семинара.

  1. Экспериментальная работа:

Были проанализированы результаты секвенирования кДНК библиотек Т-клеточных рецепторов двух не родственных доноров, вакцинированных против вируса жёлтой лихорадки. Было приготовлено 26 кДНК библиотек Т-клеточных рецепторов лимфоцитов из фракций, полученных после проведения IFNγ-secretion assay.

 

Результаты на основе материала дипломной работы Сычевой А.Л. были представлены в ходе постерной сессии на 12th EFIS-EJI Tatra Immunology Conference, 3-7 сентября 2016 года, Словакия. Тема постера: «Dynamics of human t cell repertoire in course of influenza vaccination and subsequent revaccination within a year».

 

План работы аспиранта на III семестр обучения:

  1. Анализ недавно опубликованной научной литературы;

  2. Подготовка библиотек кДНК Т-клеточных рецепторов из образцов крови трёх не родственных доноров, вакцинированных против вируса клещевого энцефалита.

 

Научный руководитель:

д.б.н., зав. ЛСФГ

Лебедев Ю.Б.

2 год обучения (2017)

Федеральное государственное бюджетное учреждение науки

Институт биоорганической химии

им. академиков М.М.Шемякина и Ю.А.Овчинникова

Российской академии наук

 

 

Отчет аспиранта второго года обучения Сычевой Анастасии Леонидовны

Лаборатория сравнительной и функциональной геномики за III семестр

 

Тема диссертации: «Исследование антиген-индуцируемой клональной селекции переферических Т-лмфрцитов человека».
Научный руководитель: зав. ЛСФГ, д.б.н. Лебедев Юрий Борисович
Обучение аспирантки Сычевой А.Л. осуществлялось согласно индивидуально разработанному плану.


Научно-исследовательская работа:

  1. Аналитическая работа:

Проведен обзор статей по теме кандидатской диссертации. Из них 23 статьи отобраны для написания литературного обзора по теме кандидатской диссертации.

  1. Экспериментальная работа:

Было подготовлено 36 кДНК библиотек Т-клеточных рецепторов трёх не родственных доноров, вакцинированных против вируса клещевого энцефалита. Были проанализированы результаты секвенирования кДНК библиотек Т-клеточных рецепторов лимфоцитов из малых фракций, полученных после проведения IFNγ-secretion assay и в результате сортинга на маркёры активации CD38 и HLA-DR.

 

Результаты на основе анализа данных секвенирования кДНК библиотек малых фракций (IFNγ-secretion assay и сортинг на CD38 и HLA-DR) были представлены в ходе постерной сессии на XXVIII Зимней молодежной научной школе –«Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии», 7-10 февраля 2017 года. Тема постера: «Изучение малых субпопуляций активированных Т-лимфоцитов из крови доноров, вакцинированных против вируса жёлтой лихорадки».

 

План работы аспиранта на III семестр обучения:

  1. Изучение литературы на тему специфической активации Т-клеток;

  2. Завершение подготовки библиотек кДНК Т-клеточных рецепторов из образцов крови трёх не родственных доноров, вакцинированных против вируса клещевого энцефалита;

  3. Проведение педагогической практики для студентов 4-го курса по теме «Полимеразная цепная реакция. Теоретические основы метода. ПЦР с обратной транскрипцией.»

 

Научный руководитель:

д.б.н., зав. ЛСФГ

Лебедев Ю.Б.

Федеральное государственное бюджетное учреждение науки

Институт биоорганической химии

им. академиков М.М.Шемякина и Ю.А.Овчинникова

Российской академии наук

 

 

Отчет аспиранта второго года обучения Сычевой Анастасии Леонидовны

Лаборатория сравнительной и функциональной геномики за IV семестр

 

Тема диссертации: «Исследование антиген-индуцируемой клональной селекции переферических Т-лмфоцитов человека».
Научный руководитель: зав. ЛСФГ, д.б.н. Лебедев Юрий Борисович
Обучение аспиранта Сычевой А.Л. осуществлялось согласно индивидуально разработанному плану.


Научно-исследовательская работа:

  1. Аналитическая работа:

Проведён обзор статей, описывающих методы выделения и культивирования в среде специфично активированных Т-клеток. На основе обзора была доработана используемая ранее методика стимуляции Т-лимфоцитов ex vivo с последующей изоляцией активированных Т-клеток.

  1. Экспериментальная работа:

Было собрано 35 образцов, включающих полные фракции PBMC, выделенные фенотипические фракции CD45RO+, CD4+, CD8+ Т-клеток и фракции активированных Т-лимфоцитов, от трёх неродственных доноров, получивших третью дозу вакцины против вируса клещевого энцефалита. Было приготовлено 28 кДНК библиотек Т-клеточных рецепторов трёх неродственных доноров, вакцинированных против вируса клещевого энцефалита в прошлом году.

  1. Публикации: было принято участие в подготовке трёх опубликованных статей.

  • Zvyagin I.V., Mamedov I.Z., Tatarinova O.V., Kurnikova E.E., Boyakova E.V., Brilliantova V., Shelikhova L.N., Balashov D.N., Komech E.A., Shugay M., Sycheva A.L., Kasatskaya S.A., Lebedev Y.B., Maschan A.A., Maschan M.A., Chudakov D.M. Tracking T-cell immune reconstitution after TCRαβ/CD19-depleted hematopoietic cells transplantation in children // Leukemia (2017) 31, 1145–1153; doi:10.1038/leu.2016.321; published online 9 December 2016

  • Mikhail V. Pogorelyy, Yuval Elhanati, Quentin Marcou, Anastasiia L. Sycheva, Ekaterina A. Komech, Vadim I. Nazarov, Olga V. Britanova, Dmitriy M. Chudakov, Ilgar Z. Mamedov, Yury B. Lebedev, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak. Persisting fetal clonotypes influence the structure and overlap of adult human T cell receptor repertoires // PLOS Computational Biology 2017 Jul 6;13(7):e1005572. doi: 10.1371/journal.pcbi.1005572

  • Mikhail Shugay, Dmitriy V. Bagaev, Ivan V. Zvyagin, Renske M. Vroomans, Jeremy Chase Crawford, Garry Dolton, Ekaterina A. Komech, Anastasiya L. Sycheva, Anna E. Koneva, Evgeniy S. Egorov, Alexey V. Eliseev, Ewald Van Dyk, Pradyot Dash, Meriem Attaf, Cristina Rius, Kristin Ladell, James E. McLaren, Katherine K. Matthews, E. Bridie Clemens, Daniel C. Douek, Fabio Luciani, Debbie van Baarle, Katherine Kedzierska, Can Kesmir, Paul G. Thomas, David A. Price, Andrew K. Sewell, Dmitriy M. Chudakov. VDJdb: a curated database of T-cell receptor sequences with known antigen specificity // Nucleic Acids Research, 01 September 2017, https://doi.org/10.1093/nar/gkx760

  1. Педагогическая работа:

Была проведена лабораторная практика по теме «Полимеразная цепная реакция. Теоретические основы метода. ПЦР с обратной транскрипцией» у студентов кафедры Биоорганической химии Биологического ф-та МГУ.

План работы аспиранта на V семестр обучения:

  1. Написание реферата по теме диссертации;

  2. Подготовка библиотек кДНК Т-клеточных рецепторов из образцов крови трёх не родственных доноров, получивших третью дозу вакцины против вируса клещевого энцефалита;

  3. Проведение педагогической практики для студентов по теме «Полимеразная цепная реакция. Теоретические основы метода. ПЦР с обратной транскрипцией».

 

Научный руководитель:

д.б.н., зав. ЛСФГ

Лебедев Ю.Б.

3 год обучения (2018)

Федеральное государственное бюджетное учреждение науки

Институт биоорганической химии

им. академиков М.М.Шемякина и Ю.А.Овчинникова

Российской академии наук

 

 

Отчет аспиранта третьего года обучения Сычевой Анастасии Леонидовны

Лаборатория сравнительной и функциональной геномики за V семестр

 

Тема диссертации: «Исследование антиген-индуцируемой клональной селекции переферических Т-лмфоцитов человека».
Научный руководитель: зав. ЛСФГ, д.б.н. Лебедев Юрий Борисович
Обучение аспиранта Сычевой А.Л. осуществлялось согласно индивидуально разработанному плану.


Научно-исследовательская работа:

  1. Аналитическая работа:

Проанализирована новая литература по теме диссертации. Обсудили с научным руководителем содержание и структуру реферата. Подготовлена первая часть реферата.

  1. Экспериментальная работа:

Были приготовлены библиотеки кДНК Т-клеточных рецепторов из образцов крови трёх не родственных доноров, получивших третью дозу вакцины против вируса клещевого энцефалита. Получены нуклеотидные последовательности кДНК Т-клеточных рецепторов.

  1. Опубликована статья:
    Sycheva A.L., Pogorelyy M.V., Komech E.A., Minervina A.A., Zvyagin I.V., Staroverov D.B., Chudakov D.M., Lebedev Y.B., Mamedov I.Z. Quantitative profiling reveals minor changes of T cell receptor repertoire in response to subunit inactivated influenza vaccine // Vaccine, 2018 Mar 14;36(12):1599-1605. doi: 10.1016/j.vaccine.2018.02.027.

  2. Педагогическая работа:

Была проведена лабораторная практика по теме «Полимеразная цепная реакция. Теоретические основы метода. ПЦР с обратной транскрипцией» у студентов факультета Фундаментально медицины МГУ.

План работы аспиранта на VI семестр обучения:

  1. Анализ результатов секвенирования кДНК Т-клеточных рецепторов из образцов крови трёх не родственных доноров, получивших третью дозу вакцины против вируса клещевого энцефалита;

  2. Подготовка библиотек кДНК Т-клеточных рецепторов из образцов крови двух доноров, получивших две дозы вакцины против вируса клещевого энцефалита;

  3. Участие в конференции «5th European Congress of Immunology», 2-5 сентября, Амстердам.

  4. Проведение педагогической практики для студентов по теме «Полимеразная цепная реакция. Теоретические основы метода. ПЦР с обратной транскрипцией».

 

Научный руководитель:

д.б.н., зав. ЛСФГ

Лебедев Ю.Б.

4 год обучения (2019)

Федеральное государственное бюджетное учреждение науки

Институт биоорганической химии

им. академиков М.М.Шемякина и Ю.А.Овчинникова

Российской академии наук

 

 

Отчет аспиранта третьего года обучения Сычевой Анастасии Леонидовны

Лаборатория сравнительной и функциональной геномики за VII семестр

 

Тема диссертации: «Исследование антиген-индуцируемой клональной селекции периферических Т-лимфоцитов человека».
Научный руководитель: зав. ЛСФГ, д.б.н. Лебедев Юрий Борисович
Обучение аспиранта Сычевой А.Л. осуществлялось согласно индивидуально разработанному плану.


Научно-исследовательская работа:

  1. Аналитическая работа:

Был написан черновой вариант литературного обзора по теме диссертации. Были проанализированы результаты секвенирования библиотек кДНК Т-клеточных рецепторов из образцов крови двух неродственных доноров, получивших первые две дозы вакцины против клещевого энцефалита;

  1. Экспериментальная работа:

Были собраны образцы крови шести неродственных доноров в ходе вакцинации против клещевого энцефалита, во время пика иммунного ответа были выполнены функциональные тесты с изоляцией вакцин-ассоциированных Т-лимфоцитов, был проанализирован иммунный ответ методом проточной цитометрии;

  1. Опубликованы тезисы:
    Результаты на основе анализа данных секвенирования кДНК библиотек Т-клеточных рецепторов из образцов крови пяти неродственных доноров, получивших первые две дозы вакцины против клещевого энцефалита были представлены в ходе устного доклада на XXXI Зимней молодежной научной школы «ПЕРСПЕКТИВНЫЕ НАПРАВЛЕНИЯ ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКОЙ БИОЛОГИИ И БИОТЕХНОЛОГИИ» 11-14 февраля 2019 г. Тема доклада: «Изучение вирус-ассоциированных субпопуляций Т-лимфоцитов, формирующих иммунный ответ на вакцину против клещевого энцефалита».

 

План работы аспиранта на VIII семестр обучения:

  1. Внесение правок в литературный обзор по теме диссертации. Написание практической части диссертационной работы;

  2. Приготовление кДНК библиотек Т-клеточных рецепторов шести неродственных доноров, вакцинированных против клещевого энцефалита. Выполнение иммуноферментного анализа на наличие антител к вирусу клещевого энцефалита в сыворотке крови вакцинированных против клещевого энцефалита доноров;

  3. Подготовка статьи по результатам анализа изменений в репертуаре Т-клеточных рецепторов пяти неродственных доноров в ответ на вакцину против клещевого энцефалита.

 

 

Научный руководитель:

д.б.н., зав. ЛСФГ

Лебедев Ю.Б.