Лаборатория методов иммуносеквенирования

Ф.И.О.ДолжностьКонтакты
Чудаков Дмитрий Михайлович, д. б. н.рук. подр.ChudakovDM@mail.ru+7(499)742-81-22
Богданова Екатерина Андреевна, к. б. н.н.с.katya@ibch.ru+7(495)988-40-83#726
Турчанинова Мария Андреевна, к. б. н.н.с.turchaninova.m@gmail.com+7(499)724-81-22
Болотин Дмитрий Александровичн.с.bolotin.dmitriy@gmail.com+7(499)742-81-22
Шагина Ирина Александровнан.с.
Зуева Ольга Ивановнам.н.с.zueva@yahoo.com
Лебедин Михаил Юрьевичм.н.с.lebmih@yandex.ru
Абдулазизова Алина Ражидиновнатех.-лаб.alina-ab55@yandex.ru
Сырко Денис Сергеевичинженер

Ранее здесь работали:

Мерзляк Екатерина Марковна, к. б. н.
Матвеева Надежда Константиновнапом. дир.luk.officemanager@gmail.com
Британова Ольга Владимировна, к. б. н.с.н.с.olbritan@gmail.com
Староверов Дмитрий Борисовичн.с.dstaroverov@evrogen.ru
Щербо Дмитрий Сергеевич, к. б. н.н.с.dshcherbo@gmail.com
Путинцева Екатерина Викторовнан.с.e.putintseva@yandex.ru
Киргизова Виталина Игоревнан.с.vitalina.kirgizova@gmail.com
Дружиловская Оксана Сергеевнан.с.
Переверзев Антон Петровичм.н.с.anton.pereverzev@gmail.com
Касацкая Софья Алексеевнам.н.с.sonya-kas@yandex.ru
Шемякина Ирина Игоревнам.н.с.
Шугай Михаил Александрович, к. б. н.м.н.с.mikhail.shugay@gmail.com
Егоров Евгений Станиславовичасп.
Лебедин Михаил Юрьевичм.н.с.lebmih@yandex.ru
Наконечная Татьяна Олеговнаасп.nto15.10@gmail.com
Израельсон Марк Александровичтех.-лаб.mizraelson@gmail.com
Назаров Вадим Игоревичинженер

Избранные публикации (показать все)

Загружаются...

Чудаков Дмитрий Михайлович

  • Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10 — На карте
  • ИБХ РАН, корп. 34, комн. 522
  • Тел.: +7(499)742-81-22
  • Эл. почта: ChudakovDM@mail.ru

Необычное устройство Т-клеточного иммунитета долгоживущих грызунов (2018-12-03)

Показано, что Т-клеточный иммунитет долгоживущего грызуна Spalax (слепушонок) с возрастом не накапливает крупных клональных экспансий, в отличие от человека и мыши.  

Также проведен ряд исследований Т- и В-клеточного адаптивного иммунитета человека и модельных животных,  в том числе по направлениям:

- возрастные изменения в В-клеточном ответе на вакцинацию   

- Т клеточный ответ на вакцинацию на близнецах

- экстракция репертуаров Т-клеточных рецепторов из данных RNA-Seq

- функциональные сабсеты регуляторных Т-лимфоцитов 

- память и специфичность адаптивного ответа гамма-дельта Т лимфоцитов  

 

Публикации

  1. Pogorelyy MV, Minervina AA, Touzel MP, Sycheva AL, Komech EA, Kovalenko EI, Karganova GG, Egorov ES, Komkov AY, Chudakov DM, Mamedov IZ, Mora T, Walczak AM, Lebedev YB (2018). Precise tracking of vaccine-responding T cell clones reveals convergent and personalized response in identical twins. Proc Natl Acad Sci U S A 115 (50), 12704–12709
  2. Bolotin DA, Poslavsky S, Davydov AN, Chudakov DM (2018). Reply to: Evaluation of immune repertoire inference methods from RNA-seq data. Nat Biotechnol 36 (11), 1035–1036
  3. Fan X, Moltedo B, Mendoza A, Davydov AN, Faire MB, Mazutis L, Sharma R, Peer D, Chudakov DM, Rudensky AY (2018). CD49b defines functionally mature Treg cells that survey skin and vascular tissues. J Exp Med 215 (11), 2796–2814
  4. Davydov AN, Obraztsova AS, Lebedin MY, Turchaninova MA, Staroverov DB, Merzlyak EM, Sharonov GV, Kladova O, Shugay M, Britanova OV, Chudakov DM (2018). Comparative Analysis of B-Cell Receptor Repertoires Induced by Live Yellow Fever Vaccine in Young and Middle-Age Donors. Front Immunol 9, 2309
  5. Hunter S, Willcox CR, Davey MS, Kasatskaya SA, Jeffery HC, Chudakov DM, Oo YH, Willcox BE (2018). Human liver infiltrating γδ T cells are composed of clonally expanded circulating and tissue-resident populations. J Hepatol 69 (3), 654–665
  6. Egorov ES, Kasatskaya SA, Zubov VN, Izraelson M, Nakonechnaya TO, Staroverov DB, Angius A, Cucca F, Mamedov IZ, Rosati E, Franke A, Shugay M, Pogorelyy MV, Chudakov DM, Britanova OV (2018). The changing landscape of naive T cell receptor repertoire with human aging. Front Immunol 9, 1618
  7. Dolton G, Zervoudi E, Rius C, Wall A, Thomas HL, Fuller A, Yeo L, Legut M, Wheeler S, Attaf M, Chudakov DM, Choy E, Peakman M, Sewell AK (2018). Optimized peptide-MHC multimer protocols for detection and isolation of autoimmune T-cells. Front Immunol 9, 1378
  8. Komech EA, Pogorelyy MV, Egorov ES, Britanova OV, Rebrikov DV, Bochkova AG, Shmidt EI, Shostak NA, Shugay M, Lukyanov S, Mamedov IZ, Lebedev YB, Chudakov DM, Zvyagin IV (2018). CD8+T cells with characteristic T cell receptor beta motif are detected in blood and expanded in synovial fluid of ankylosing spondylitis patients. Rheumatology (Oxford) 57 (6), 1097–1104
  9. Davey MS, Willcox CR, Hunter S, Kasatskaya SA, Remmerswaal EBM, Salim M, Mohammed F, Bemelman FJ, Chudakov DM, Oo YH, Willcox BE (2018). The human Vδ2+T-cell compartment comprises distinct innate-like Vγ9+and adaptive Vγ9-subsets. Nat Commun 9 (1), 1760
  10. Sycheva AL, Pogorelyy MV, Komech EA, Minervina AA, Zvyagin IV, Staroverov DB, Chudakov DM, Lebedev YB, Mamedov IZ (2018). Quantitative profiling reveals minor changes of T cell receptor repertoire in response to subunit inactivated influenza vaccine. Vaccine 36 (12), 1599–1605
  11. Pogorelyy MV, Minervina AA, Chudakov DM, Mamedov IZ, Lebedev YB, Mora T, Walczak AM (2018). Method for identification of condition-associated public antigen receptor sequences. Elife 7,

Достижения 2017 (2017-11-24)

Исследование репертуаров Т-клеточных рецепторов и антител в норме и патологии

Метод массированного безошибочного анализа репертуаров полноразмерных вариабельных участков генов иммуноглобулинов (2016-11-23)

Разработан метод подготовки, секвенирования, и  анализа молекулярно баркодированных кДНК библиотек, впервые позволивший проводить  безошибочный анализ полноразмерных вариабельных участков генов иммуноглобулинов. Результаты работы опубликованы в журнале  Nature Protocols (ИФ=9.7).

Публикации

  1. Turchaninova MA, Davydov A, Britanova OV, Shugay M, Bikos V, Egorov ES, Kirgizova VI, Merzlyak EM, Staroverov DB, Bolotin DA, Mamedov IZ, Izraelson M, Logacheva MD, Kladova O, Plevova K, Pospisilova S, Chudakov DM (2016). High-quality full-length immunoglobulin profiling with unique molecular barcoding. Nat Protoc 11 (9), 1599–1616