Группа геномного анализа сигнальных систем клетки

Отдел геномики и постгеномных технологий

Руководитель: Буздин Антон Александрович, д. б. н.
bu3din@mail.ru+7(495)727-38-63

www.ibch.ru/gensensor/ggassk.htm

Полногеномный и полнотранскриптомный анализ экспрессии генов высших эукариот; Исследование молекулярно-генетических аспектов видообразования человека; Инженерия тканеспецифичных регуляторных последовательностей генома человека; Поиск новых молекулярно-ген

Группа была образована недавно — в феврале 2006, и выделилась изначально из состава группы Ю. Б. Лебедева в Лаборатории структуры и функций генов человека (ЛСФГЧ) ИБХ РАН. Прежде всего руководителя этой лаборатории — академика РАН Е. Д. Свердлова, мы считаем нашим учителем, и к его научной школе, надеемся, принадлежим.

  1. Функциональный анализ участков генома, специфичных для ДНК человека
  2. Создание экспериментальных методов функционального исследования сложных геномов
  3. Инженерия регуляторных участков генов
  1. Открытие химерных ретроэлементов в геноме млекопитающих
  2. Разработка новых экспериментальных подходов в области функциональной геномики
  3. Обнаружение функционально важных человек-специфичных последовательностей генома
  4. Направленная дифференцировка некоторых культур стволовых клеток

Избранные публикации

  1. Suntsova M., Gogvadze E.V., Salozhin S., Gaifullin N., Eroshkin F., Dmitriev S.E., Martynova N., Kulikov K., Malakhova G., Tukhbatova G., Bolshakov A.P., Ghilarov D., Garazha A., Aliper A., Cantor C.R., Solokhin Y., Roumiantsev S., Balaban P., Zhavoronkov A., Buzdin A. (2013). Human-specific endogenous retroviral insert serves as an enhancer for the schizophrenia-linked gene PRODH. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , [+]

    Using a systematic, whole-genome analysis of enhancer activity of human-specific endogenous retroviral inserts (hsERVs), we identified an element, hsERVPRODH, that acts as a tissue-specific enhancer for the PRODH gene, which is required for proper CNS functioning. PRODH is one of the candidate genes for susceptibility to schizophrenia and other neurological disorders. It codes for a proline dehydrogenase enzyme, which catalyses the first step of proline catabolism and most likely is involved in neuromediator synthesis in the CNS. We investigated the mechanisms that regulate hsERVPRODH enhancer activity. We showed that the hsERVPRODH enhancer and the internal CpG island of PRODH synergistically activate its promoter. The enhancer activity of hsERVPRODH is regulated by methylation, and in an undermethylated state it can up-regulate PRODH expression in the hippocampus. The mechanism of hsERVPRODH enhancer activity involves the binding of the transcription factor SOX2, whch is preferentially expressed in hippocampus. We propose that the interaction of hsERVPRODH and PRODH may have contributed to human CNS evolution.

    ID:920
  2. Kholodenko R., Kholodenko I., Sorokin V., Tolmazova A., Sazonova O., Buzdin A. (2007). Anti-apoptotic effect of retinoic acid on retinal progenitor cells mediated by a protein kinase A-dependent mechanism. Cell Res. 17 (2), 151–62 [+]

    В статье исследуются механизмы влияния ретиноевой кислоты на ингибирование апоптоза и дифференцировку стволовых клеток-предшественников сетчатки в зрелые фоторецепторные клетки

    ID:21
  3. Buzdin A., Kovalskaya-Alexandrova E., Gogvadze E., Sverdlov E. (2006). At least 50% of human-specific HERV-K (HML-2) long terminal repeats serve in vivo as active promoters for host nonrepetitive DNA transcription. J. Virol. 80 (21), 10752–62 [+]

    В статье приведены результаты полногеномного исследования, выявившего, что более 50% всех специфичных для ДНК человека вставок эндогенных ретровирусов активны как промоторы для соседних уникальных участков генома

    ID:16
  4. Buzdin A., Kovalskaya-Alexandrova E., Gogvadze E., Sverdlov E. (2006). GREM, a technique for genome-wide isolation and quantitative analysis of promoter active repeats. Nucleic Acids Res. 34 (9), e67 [+]

    В статье опубликован новый метод, позволяющий проводить мониторинг транскрипционной активности повторяющихся элементов генома на полногеномном уровне

    ID:15
  5. Buzdin A., Gogvadze E., Kovalskaya E., Volchkov P., Ustyugova S., Illarionova A., Fushan A., Vinogradova T., Sverdlov E. (2003). The human genome contains many types of chimeric retrogenes generated through in vivo RNA recombination. Nucleic Acids Res. 31 (15), 4385–90 [+]

    В статье сообщается об открытии группы ретроэлементов, сформированных по принципиально новому механизму: при помощи смены матриц в ходе обратной транскрипции РНК ретроэлементов LINE млекопитающих.

    ID:20
  6. Buzdin A., Khodosevich K., Mamedov I., Vinogradova T., Lebedev Y., Hunsmann G., Sverdlov E. (2002). A technique for genome-wide identification of differences in the interspersed repeats integrations between closely related genomes and its application to detection of human-specific integrations of HERV-K LTRs. Genomics 79 (3), 413–22 [+]

    В статье опубликован новый метод, позволяющий сравнивать распределение геномных повторов между близкородственными геномами при помощи метода вычитающей гибридизации

    ID:17

Буздин Антон Александрович

  • Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10 — На карте
  • ИБХ РАН, корп. 51, комн. 663
  • Тел.: +7(495)727-38-63
  • Эл. почта: bu3din@mail.ru