Лаборатория молекулярной диагностики

Лаборатория молекулярной диагностики была образована в 2015 году на основе группы молекулярной диагностики, существующей в ИБХ РАН с 2005 года (до 2005 г - группы фитоиммунодиагностики). Основные направления работы лаборатории - разработка иммунохимических диагностических тест-систем для диагностики различных патогенов растений (вирусов, бактерий, грибов), а также работа в области фундаментальных исследований вирусов растений и молекулярной биологии растений

  1. Разработка систем ПЦР-диагностики и идентификации различных патогенов растений и животных (вирусы, бактерии, грибы, нематоды и др.)
  2. Оптимизация методов выделения ДНК и РНК для анализа материала растительного и животного происхождения и идентификации микроорганизмов
  3. Изучение генетического разнообразия и молекулярных механизмов патогенеза токсигенных грибов рода Fusarium. Поиск новых высокоспецифических ДНК-маркеров.

  4. Разработка и оптимизация новых подходов для детекции биомолекул, представленных в сверхмалых концентрациях, на основе метода иммуно-ПЦР. 

  5. Генная инженерия растений
  6. Использование ПЦР-технологий для быстрой оценки эффективности регуляторов роста растений
  7. Изучение структуры, внутриклеточной локализации и функций нового класса фитопептидов семейства miPEP156, кодируемых  предшественниками микро-РНК.
  8. Изучение гомологов вирусных белков, закодированных в геноме ретротранспозонов семейства R1 LINE у насекомых.
  9. Получение поли- и моноклональных антител
  10. Разработка иммунохимических тест-систем

Основными методами исследований являются генно-инженерные и иммунохимические методы, а также ДНК-технологии. Часть исследований проводится в сотрудничестве с другими подразделениями ИБХ РАН, НИИ им. Белозерского МГУ, ЗАО «ДНК-технологии», Институтом фитопатологии РАСХН и рядом зарубежных Институтов и фирм.

Гранты и проекты

1.Грант РФФИ № 06-04-48211а,2006–2008 гг. «РНК-репликаза клостеровируса желтухи свеклы: протеолитический процессинг белка-предшественника, зрелые компоненты репликативных комплексов и их цитопатогенные эффекты»

2.Грант РФФИ № 06-04-49129а,2006–2008 гг. «Изучение путей и механизмов транслокации белков через плазмодесмы на модели транспортных белков фитовирусов»

3.Проект МНТЦ № 3721p 2007–2010 гг. Идентификация молекулярными методами фитопаразитических нематод из Национальной Российской Коллекции Нематод, создание электронной базы данных молекулярных, морфологических и других характеристик фитонематод, создание исследовательской группы молекулярной диагностики нематод (совместно с ВНИИФ)

4.Грант Европейского Сообщества FP6 № 037212 (LSHB-CT-2006-037212) 2006–2009 гг. «Разработка новых и рентабельных методов неинвазивной диагностики патогенных микроорганизмов человека».

5.Госконтракт «Разработка биочипа и тест-систем для определения белковых токсинов, включая стафилококковые энтеротоксины, и антидота против ботулинического нейротоксина А, а так же ПЦР-тест систем для выявления ряда значимых патогенов растений» (Шифр «Биопатоген-ИБХРАН») по Договору № 34–405/07 от 5.10.2007. в рамках Государственного контракта №ГП/07/538/НТБ/К от 11.09.2007 г. ФЦП «Национальная технологическая база» на 2007–2011 гг.

6.Грант РФФИ 11-04-01493-а. «Съедобные вакцины против аллергии: изучение механизмов индукции толерантности мукозальными вакцинами на основе рекомбинантных белков клещей домашней пыли Dermatofagoides farina Der f 1 и Der f 2, полученных в листьях табака». 2011-2013 гг.

7. Грант РФФИ 11-04-00767-а. «Изучение динамики экспрессии генов, кодирующих антимикробные пептиды ежовника обыкновенного (Echinochloa crusgalli L.) под воздействием абиотических и биотических стрессов». 2011-2013 гг.

8. Госконтракт «Разработка опытно-промышленной технологии производства тест-систем на основе иммуно-ПЦР и мультиплексного флуоресцентного иммуноанализа, проведение медицинских испытаний и подготовка досье для государственной регистрации», 2010-2013 гг.

9. СЧ НИР "Исследования по созданию банка гибридом-продуцентов моноклональных антител к антигенам главного комплекса гистосовместимости человека", 2015-2017 гг.

10. Грант РФФИ 14-04-00997а. «Белок ОРТ6 вируса табачной мозаики –потенциальный белок вирусной безопасности: тканеспецифичность экспрессии и динамическая субклеточная локализация». 

 

 

11. Грант РФФИ 13-04-00094а, (2015 г.). «Вирусные фабрики: взаимодействие репликативных белков клостеровируса желтухи свеклы (ВЖС) с органеллами клетки, трансформация мембран , формирование и передвижение глобулярных сайтов репликации».

12. Грант РФФИ 15-29-02527 (офи-м).  «Изучение разнообразия токсигенных грибов рода Fusarium на территории России молекулярно-генетическими методами и поиск новых высокополиморфных маркеров для их специфической диагностики и идентификации».

 

 

Доклады и лекции.

«Modern approaches for use of monoclonal antibodies in plant protection and studies of virus-induced pathogenic processes»; Erokhina T., 2005
  • «Изучение роли нового класса белков растений в межклеточном транспорте макромолекул через плазмодесмы»; Ерохина Т. Н., 2005
  • «Studies on plant cell protein At 4/1 capable of interacting with viral movement proteins»; Erokhina T., Minina E., Schepetilnikov M., Solovyev A., Kellmann J., Morozov S.Y., 2005
  • «At 4/1-подобные белки растений: свойства и возможная роль во внутри- и межклеточном транспорте макромолекул»; Ерохина Т. Н., 2007
  • «Клонирование гена, мутагенез и субклеточная локализация нового белка табака Nt-4/1»; Ерохина Т. Н., Минина Е. А., Гарушянц С. К., Соловьев А. Г., Морозов С. Ю., 2008
  • «Эффективный и экономичный метод чувствительной диагностики и идентификации патогенов картофеля»; Завриев С. К., Рязанцев Д. Ю., Кошкина Т. Е., Абрамов Д. Д., 2007
  • «ДНК-технологии для диагностики и идентификации токсигенных патогенов зерна и продуктов его переработки»; Завриев С. К., Рязанцев Д. Ю., Абрамова С. Л., Евстратова С. В., Гагкаева Т. Ю., 2008
  • «Новые белки из Arabidopsis thaliana: структура и свойства»; Рязанцев Д. Ю., Минина Е. А., 2008
  • «Детекция ряда карантинных фитопатогенов методом ПЦР в формате FLASH»; Рязанцев Д. Ю., Абрамов Д. Д, Завриев С. К., 2008
  •  
Сотрудники лаборатории (слева направо): Ерохина Татьяна Николаевна, кхн, снс; Стахеев Александр Александрович, аспирант; Завриев Сергей Кириакович (руководитель), дбн, проф., чл-корр. РАСХН; Рязанцев Дмитрий Юрьевич, кбн, мнс.

 

Избранные публикации (показать все)

Загружаются...

Завриев Сергей Кириакович

  • Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10 — На карте
  • ИБХ РАН, корп. БОН, комн. 405
  • Тел.: +7(495)995-55-57#2044
  • Эл. почта: szavriev@ibch.ru

Субклеточная локализация и детекция белка ОРТ6 вируса табачной мозаики с помощью иммуноэлектронной микроскопии (2017-11-27)

В предшествующих исследованиях было показано, что геномы ряда тобамовирусов в дополнение к генам белка оболочки, транспортного белка и цистрону, кодирующему различные домены РНК_полимеразы, содержат слабо консервативный короткий ген ОРТ6 . В данной работе с помощью биохимических и иммунологических методов было доказано, что в зараженных двумя изолятами вируса табачной мозаики (ВТМ, штамм U1) растениях действительно накапливается пептид ОРТ6. При этом в отличие от скоплений вирусных частиц, обнаруженных в цитоплазме клеток, продукт ОРТ6 выявлен в основном в ядрах, что соответствует ранее опубликованным данным по временной экспрессии изолированной ОРТ6 штамма U1. Кроме того, нами получены новые данные, подтверждающие существование генов OРТ6 в ви ромах целого ряда тобамовирусов.

Публикации

  1. Erokhina TN, Lazareva EA, Richert-Pöggeler KR, Sheval EV, Solovyev AG, Morozov SY (2017). Subcellular localization and detection of Tobacco mosaic virus ORF6 protein by immunoelectron microscopy. Biochemistry (Mosc) 82 (1), 60–66

Получен ковалентный конъюгат ДНК-антитело для использования в иммуно-ПЦР (2017-11-27)

Конъюгат антитела и одноцепочечного олигонуклеотида был получен с использованием биоортогональной реакции азид-алкинового циклоприсоединения, промотируемого напряжением. Антитело модифицировали сульфотетрафторфениловым эфиром азидокапроновой кислоты; для модификации олигонуклеотида с введенной при синтезе аминогруппой использовали N-гидроксисукцинимидный эфир дибензоциклоактина. Получены конъюгаты со степенью меченья 1-3 олигонуклеотида на антитело.

Изучение экспрессии генов трихотеценового кластера у грибов Fusarium graminearum и F. ussurianum в различных условиях культивирования и их токсигенности (2017-11-27)

Была изучена динамика экспрессии генов трихотеценового кластера, включающего в себя 12 генов, ответственных за регуляцию и отдельные этапы биосинтеза микотоксинов. Для этого были выбраны токсигенных штаммы F. graminearum (Ст-6 и Ст-9) и F. ussurianum (g. 120 и g. 267). Продемонстрировано наличие 3-х групп генов, отличающихся друг от друга по уровням и временным параметрам экспрессии. Особое внимание нами было уделено двум генам, функциональное значение которых на сегодняшний день не вполне ясно –TRI9 и TRI14. Показано, что экспрессия этих двух генов сохранялась на низком уровне в течение всего процесса культивирования. Впервые расшифрованы нуклеотидные последовательности и определены вероятные структуры белков, кодируемых геном TRI14 у видов F. poae, F. sambucinum, F. langsethiae, F. venenatum, F. cerealis.

Определение структуры элиситорного белка CS20EP из штамма CS-20 гриба Fusarium oxysporum (2016-11-18)

На основе предварительных данных об N-концевой аминокислотной последовательности белка, экспрессируемого штаммом  CS-20 гриба F. oxysporum, была определена структура его кДНК. С помощью методов биоинформатического анализа предсказана полная аминокислотная последовательность белка CS20EP, расчётная  масса которого соответствовала полученным ранее данным MALDI-TOF (~10 кDa). Продемонстрировано, что белок CS20EP обладает элиситорной активностью, стимулируя защитную реакцию растений томата в ответ на их заражение вирулентным штаммов F. oxysporum, вызывающим сосудистый вилт и некроз проводящих тканей. Показано, что изучаемый белок имеет ряд структурных отличий от сходных по последовательности белков вирулентных штаммов F. oxysporum и других видов рода Fusarium.  Последовательность нуклеотидов гена, кодирующего белок CS20EP, депонирована в базу данных GenBank NCBI (accession number KR028481).

Изучение разнообразия токсигенных грибов рода Fusarium на территории России молекулярно-генетическими методами и поиск новых высокополиморфных маркеров для их специфической диагностики и идентификации (2016-03-16)

Впервые определены и представлены в международных базах данных частичные последовательности генов фратаксина и фосфатпермеазы основных возбудителей фузариоза, распространённых на территории России и установлен филогенетический потенциал этих локусов

Исследования по созданию банка гибридом-продуцентов моноклональных антител к антигенам главного комплекса гистосовместимости человека (2016-03-16)

Получены клоны гибридом, продуцирующие моноклональные антитела к трем различным вариантам антигенов главного комплекса гистосовместимости человека 1 класса. 5 клонов гибридом продуцируют моноклональные антитела к HLA-A03, 9 клонов – к HLA-A11 и 6 клонов – к HLA-B51. Все полученные клоны гибридом продуцируют моноклональные антитела класса IgG. Отечественных аналогов выше указанных моноклональных антител не обнаружено.