Study of clonal variability of leukemic cells in acute lymphoblastic leukemia using massive sequencing of rearrangements of T- and B-cell receptor genes

Исследование клональной эволюции раковых клеток в ходе опухолевой прогрессии является одним из актуальных направлений современной молекулярной онкологии и необходимо, как с точки зрения фундаментального знания – для понимания механизмов опухолеобразования, так и в прикладном отношении – для разработки диагностических систем и поиска оптимальных стратегий лечения. Недавние исследования показали, что, как и для многих других опухолевых заболеваний, для острых лимфобластных лейкозов (ОЛЛ) также характерен высоких уровень генетической и, как следствие, клональной гетерогенности даже в пределах одного заболевания (Jan and Majeti, 2013, Oncogene; Swaminathan et al., 2015, Nat. Immunology). Одним из проявлений клональной эволюции при ОЛЛ также является наблюдаемая почти в 40% случаев рецидивов полная смена лейкемических клонов, доминирующих в дебюте заболевания (Szczepański et al., 2011, Journal of Clinical Oncology). Однако, остается абсолютно не изученным вопрос о том, насколько независимо происходит формирование лейкемических клонов в костном мозге, локализованном в разных костях, какова при этом доля общих клонов, и каковы различия в клональной структуре лейкемических клеток из разных костей. Одним из самых перспективных подходов для изучения клональной структуры ОЛЛ на сегодняшний день является исследование перестроек генов Т- и B-клеточных рецепторов (Evans et al., 2007, Leukemia; Brüggemann et al., 2007, Leukemia; Langerak et al., 2012, Leukemia), которые наблюдаются более чем в 98% случаев ОЛЛ. Однако, выводы о клональной структуре ОЛЛ в большинстве таких исследований до сих пор делаются на основе частот представленности выявленных перестроек в популяции анализируемых лейкемических клеток, что ограничивает разрешающую способность такого подхода, часто не позволяя отличить самостоятельные клоны от субклонов. Предлагаемый проект направлен на разработку высокоразрешающего метода анализа клональной структуры ОЛЛ с помощью массированного таргетного секвенирования перестроек генов Т- и B-клеточных рецепторов в индивидуальных лейкемических клетках и применение данного метода для сравнительного анализа клонального разнообразия лейкемических клеток из костного мозга, взятого из парных костей пациентов. Определение размеров лейкемических клонов (субклонов) и очередности их появления даст возможность выявить особенности клональной экспансии лейкемических клеток у каждого пациента, что необходимо в клинической практике для прогнозирования рецидивов и выбора оптимальной терапии, а сравнение лейкемических клонов в костном мозге из разных костей пациента, поможет оценить, насколько репрезентативны единичная и парная (из парных костей) пункция костного мозга для первичной диагностики и последующего мониторинга минимальной остаточной болезни при ОЛЛ. Таким образом, предлагаемый проект находится в русле актуальных современных исследований онкогематологических заболеваний, и, обладая высокой степенью новизны, расширит представление о механизмах формирования клонального разнообразия лейкемических клеток при развитии ОЛЛ.

June 30, 2017 — June 30, 2019

Komkov A.Y. (PI)

Laboratory of comparative and functional genomics

Grant, RSF

List of publications

  1. Komkov A, Miroshnichenkova A, Minervina A, Nugmanov G, Lebedev Y, Mamedov I, Olshanskaya Y, Maschan M (2017). High-throughput sequencing for diagnostics of minimal residual disease in acute lymphoblastic leukemia. Klin Padiatr ,
  2. Komkov A, Miroshnichenkova A, Nugmanov G, Popov A, Pogorelyy M, Zapletalova E, Jelinkova H, Pospisilova S, Lebedev Y, Chudakov D, Olshanskaya Y, Plevova K, Maschan M, Mamedov I (2019). High-throughput sequencing of T-cell receptor alpha chain clonal rearrangements at the DNA level in lymphoid malignancies. Br J Haematol 188 (5), 723–731