-Генетические РНК-технологии: новый ресурс для развития биологии и биотехнологии растений

РНК-ориентированный подход, разрабатываемый в данном проекте, в отличие от технологии CRISPR-Cas • во-первых, позволяет проводить обратимую модификацию экспрессии генов именно в то время (на той стадии вегетации), когда это необходимо для достижения желаемого эффекта, не затрагивая функции растения (которые часто существенны на других стадиях); существует большое число генов растений, модификация которых определяет полезные признаки только на определённых стадиях развития или в определённых условиях; полная и необратимая модификация (вызываемая CRISPR-Cas редактированием генов) часто влечёт за собой нежелательные последствия; • во-вторых, предлагает прямую защиту от патогенов и вредителей, подавляя экспрессию их геномов; • в-третьих, позволяет быстро и адресно реагировать на экологические вызовы, обусловленные (а)биотическими стрессами в определённой климатической зоне и в определённом сезоне, защищая сельскохозяйственные культуры независимо от сорта (при минимальных затратах времени, средств и труда); • в-четвертых, технически прост, поскольку не использует трудоёмкую процедуру регенерации растений (трудно выполнимую для многих видов и сортов); • наконец, разрабатываемая РНК платформа технологически универсальна для любого сорта целевой сельскохозяйственной культуры Таким образом, настоящий проект предполагает расширить арсенал геномных технологий в биологии растений и растениеводстве, дополнив CRISPR-Cas систему дцРНК-направленной РНКи. Диверсификация систем геномного редактирования в растениеводстве весьма актуальна и направлена на применение инновационных и ресурсосберегающих технологий и снижает риски, связанные с рядом технических и регуляторных ограничений. Проект носит ярко выраженный мультидисциплинарный характер и включает специалистов разных дисциплин: молекулярных биологов, биоинформатиков, вирусологов, фитопатологов, химиков, физиков, нанотехнологов и биотехнологов. Проект включает включает 6 основных взаимосвязанных блоков: I. Рациональное конструирование новых дцРНК и искусcтвенных регуляторных РНК (ART PHK, artificial small RNA-based silencing tools) в качестве инструментов защиты растений и регуляции (редактирования) экспрессии генов растений. II. Поиск новыx генетических мишеней (ключевых белок-кодирующих и некодирующих РНК, пептидов) для придания растениям новых свойств. III. Методы и алгоритмы персонализированного подхода к защитe растений: создание биоинформатической платформы для интеграции глубокой диагностики (NGS) патогенов в систему производства препаратов "защитных" РНК для конкретных вирусных комплексов. IV. Средства контролируемой доставки молекул РНК и пептидов в растения. V. Получение pастений с новыми свойствами при использовании следующих генов-мишеней для РНКи на картофеле: 1. Гены коилина и фибрилларина - устойчивость к вирусам и стрессам (тепло). 2. Ген StCEN - yскорение клубнеобразования. 3. Ген зеаксантин эпоксидазы - повышение содержания диетического каротиноида для функционального питания. 4. Гены, некодирующие РНК, пептиды, идентифицированные в данном проекте VI. На пути к коммерциализации. Маркетинговые исследования в области применения РНК-пептидных технологий в биотехнологии.

List of publications

  1. Samarskaya VO, Ryabov EV, Gryzunov N, Spechenkova N, Kuznetsova M, Ilina I, Suprunova T, Taliansky ME, Ivanov PA, Kalinina NO (2023). The Temporal and Geographical Dynamics of Potato Virus Y Diversity in Russia. Int J Mol Sci 24 (19), 14833
  2. Samarskaya VO, Spechenkova N, Ilina I, Suprunova TP, Kalinina NO, Love AJ, Taliansky ME (2023). A Non-Canonical Pathway Induced by Externally Applied Virus-Specific dsRNA in Potato Plants. Int J Mol Sci 24 (21), 15769
  3. Popova E, Tikhomirova V, Beznos O, Chesnokova N, Grigoriev Y, Taliansky M, Kost O (2023). A Direct Comparison of Peptide Drug Delivery Systems Based on the Use of Hybrid Calcium Phosphate/Chitosan Nanoparticles versus Unmixed Calcium Phosphate or Chitosan Nanoparticles In Vitro and In Vivo. Int J Mol Sci 24 (21), 15532
  4. Komarova T, Ilina I, Taliansky M, Ershova N (2023). Nanoplatforms for the Delivery of Nucleic Acids into Plant Cells. Int J Mol Sci 24 (23), 16665
  5. Skripnikov A (2023). Bioassays for Identifying and Characterizing Plant Regulatory Peptides. Biomolecules 13 (12), 1795
  6. Zadymova NM, Aleksandrov YD, Kalinina NO, Taliansky ME, Skvortsova ZN (2023). Aqueous Submicron Dispersions of Surfactants as Wetting Agents and Permeability Enhancers of Potato Leaves. RUSS J GEN CHEM 93 (11), 2841–2850
  7. Akhmetova AI, Popova EV, Tikhomirova VE, Ilyina IY, Kost OA, Yaminsky IV (2024). 3D-Morphology and properties of carriers based on calcium phosphate and chitosan. Russ Chem Bull 73 (4), 834–841
  8. Stakheev AA, Taliansky M, Kalinina NO, Zavriev SK (2024). RNAi-Based Approaches to Control Mycotoxin Producers: Challenges and Perspectives. J Fungi (Basel) 10 (10), 682
  9. Gryzunov N, Morozov SY, Suprunova T, Samarskaya V, Spechenkova N, Yakunina S, Kalinina NO, Taliansky M (2024). Genomes of Alphanucleorhabdovirus Physostegiae Isolates from Two Different Cultivar Groups of Solanum melongena. Viruses 16 (10), 1538
  10. Zadymova NM, Skvortsova ZN, Aleksandrov YD, Ilina IY (2024). TWEEN 80 AQUEOUS MICELLAR SOLUTIONS AS WETTING AGENTS AND PERMEABILITY ENHANCERS OF POTATO LEAVES. COLLOID J USSR+ 86 (6),
  11. Komarova T, Shipounova I, Kalinina I, Taliansky M (2024). Application of Chitosan and Its Derivatives Against Plant Viruses. Polymers (Basel) 16 (22), 3122
  12. Popova E, Tikhomirova V, Akhmetova A, Ilina I, Kalinina N, Taliansky M, Kost O (2024). Calcium Phosphate Nanoparticles as Carriers of Low and High Molecular Weight Compounds. Int J Mol Sci 25 (23), 12887
  13. Samarskaya V, Kuznetsova M, Gryzunov N, Spechenkova N, Bagdasarova P, Ryabov E, Taliansky M, Kalinina NO (2024). Identification of Two Novel Recombinant Types of Potato Virus Y from Solanum tuberosum Plants in Southern Region of Russia. PLANT DIS 109 (5), 998–1003
  14. Zadymova NM, Skvortsova ZN, Aleksandrov YD, Ilina IY (2024). Aqueous Tween 80 Micellar Solutions as Wetting Agents and Permeability Enhancers of Potato Leaves. Colloid Journal of the USSR (English Translation of Kolloidnyi Zhurnal) 86 (6), 867–873
  15. Samarskaya VO, Koblova S, Suprunova T, Rogozhin EA, Spechenkova N, Yakunina S, Love AJ, Kalinina NO, Taliansky M (2025). Poly ADP-Ribosylation in a Plant Pathogenic Oomycete Phytophthora infestans: A Key Controller of Growth and Host Plant Colonisation. J Fungi (Basel) 11 (1), 29
  16. Stakheev AA, Ryazantsev DY, Gabrielyan NG, Poluboyarinova AV, Taliansky ME, Zavriev SK (2025). Efficient Method to Isolate High-Quality RNA from Mycelia of Toxigenic Fungi Fusarium sp. Mol Biol 59 (2), 285–292
  17. Kalinina NO, Spechenkova NA, Taliansky ME (2025). Biotechnological Approaches to Plant Antiviral Resistance: CRISPR-Cas or RNA Interference? Biochemistry (Mosc) 90 (6), 804–817
  18. Samarskaya V, Spechenkova N, Kalinina NO, Love AJ, Taliansky M (2025). The Emerging Role of Omics-Based Approaches in Plant Virology. Viruses 17 (7), 986
  19. Stakheev AA, Bagdasarova PE, Rogozhin EA, Tikhomirova V, Popova EV, Akhmetova A, Kost OA, Kalinina NO, Taliansky ME, Zavriev SK (2025). CaP Nanoparticles Improve the Effect of dsRNA on Gene Expression, Growth, and Mycotoxin Production of Toxigenic Fusarium graminearum. Int J Mol Sci 26 (20), 10021
  20. Skripnikov AY, Vorobeva EE, Taliansky ME, Kalinina NO (2025). Discovery and Identification of Plant Regulatory Peptides. Russ. J. Bioorganic Chem. 51 (5), 1838–1852
  21. Popova EV, Tikhomirova VE, Taliansky ME, Kost OA (2025). Inorganic nano- and microparticles: methods for the preparation and possible applications in plant growing. Russ Chem Bull 74 (10), 2947–2969
  22. Skripnikov A, Suprunova T, Kalinina NO, Taliansky M (2025). Potato Elicitor Peptide StPep1 Enhances Resistance to Phytophthora infestans in Solanum tuberosum. J Fungi (Basel) 11 (12), 893
  23. Samarskaya VO, Butyrin FA, Suprunova TP, Spechenkova NA, Taliansky ME, Kalinina NO (2026). The Distribution and Genetic Variability of Potato Viruses in Russian Regions. Acta Naturae 18 (1), 91–103
  24. Komarova T, Kamarova K, Taliansky M (2026). Exogenous Application of Cellulose-Based Materials for Improved Plant Fitness. Int J Mol Sci 27 (17), 7629
  25. Skripnikov A, Suprunova T, Taliansky M, Kalinina NO (2026). Synthetic Potato Systemin Enhances Solanum tuberosum Resistance to Potato Virus Y. Biomolecules 16 (9), 1353