Раскрыта уникальная архитектура аптамера к гемагглютинину вирусу гриппа А
Ученые из ГНЦ ИБХ РАН в сотрудничестве с другими институтами установили уникальную структуру аптамера к гемагглютинину вируса гриппа А. Авторы показали, что исходный аптамер BV42, содержащий протяженный фрагмент из остатков цитозина, образует одну из разновидностей неканонических структур нуклеиновых кислот – i-мотив. Однако конформационная гетерогенность BV42 затрудняла детальный структурный анализ. Использование компьютерных методов и химической модификации помогли выявить потенциальный сайт связывания и применить уникальный подход к устранению конформационного разнообразия при сохранении высокого сродства к мишени. ЯМР спектроскопия подтвердила уникальную структуру оптимизированного аптамера, содержащую i–мотивный и дуплексный модуль. Полученные результаты представляют собой значительный прогресс в рациональном дизайне аптамеров, подчеркивая функциональный потенциал i-мотивов для специфического распознавания белков в физиологических условиях. Работа опубликована в Nucleic Acids Research.
10 января 2025 года