Пресс-центр / Дайджест
Человеческий ген SRD5A1 имеет область тройного кодирования, что придает устойчивость экспрессии к мутациям, вызывающим сбой рамки считывания
Любая нуклеотидная последовательность теоретически может быть транслирована в трех рамках считывания, в результате чего получатся три различных полипептида. Однако до сих пор в природных мРНК были обнаружены только случаи двойного кодирования. Группа исследователей из ИБХ, университетского колледжа Корк и других институтов обнаружила уникальный случай тройного кодирования в гене SRD5A1. В этом гене инициация трансляции происходит на трех близкорасположенных AUG в трех рамках считывания. В зависимости от сплайсинга, трансляция с одного из трех стартовых кодонов приводит к синтезу белка с каталитическим доменом. Необычная архитектура гена позволяет не терять экспрессию белка с каталитическим доменом при мутациях, вызывающих сбой рамки считывания. Работа опубликована в Genome Biology.
Создание конкатемеров ASIC3 человека и крысы помогает изучать функциональное различие ортологов этих ионных каналов
Исследователи из Лаборатории нейрорецепторов и нейрорегуляторов ГНЦ ИБХ РАН разработали подход с использованием конкатемерных конструкций для изучения канала ASIC3 - перспективной мишени для терапии боли. Ученые создали конкатемерные каналы с субъединицами ASIC3 человека и крысы, расположенными в строго заданном порядке. Показано, что функциональные свойства канала определяются не только составом субъединиц, но и порядком расположения кодирующих их генов в конкатемере. При этом гомомерные конкатемеры воспроизводили свойства природных каналов, тогда как замена всего одной субъединицы существенно изменяла чувствительность к протонам и кинетику работы канала. Полученные результаты позволяют точнее интерпретировать данные, полученные на животных моделях, при разработке новых анальгетиков. Работа опубликовано в журнале Journal of Physiology and Biochemistry.
Исследована роль мутаций в трансмембранном домене инсулиноподобного рецептора в контексте их влияния на механизмы активации данного рецептора
Учёные ГНЦ ИБХ РАН совместно с коллегами из МФТИ и НИОХ СО РАН уточнили молекулярные механизмы активации рецепторной тирозинкиназы IRR — сенсора внеклеточного щелочного pH. Исследователи изучили, как мутации в трансмембранном домене IRR влияют на активацию рецептора. На основе данных ЯМР-спектроскопии и молекулярного моделирования были подобраны аминокислотные замены, усиливающие взаимодействие ТМ-доменов. Показано, что замены A938E–A939R повышают фосфорилирование IRR при нейтральном pH, сохраняя чувствительность к слабощелочной среде, а V929E–G930R вызывают сильную базальную активацию. Результаты подтверждают ключевую роль ТМ-домена в регуляции IRR. Работа опубликована в журнале International Journal of Molecular Sciences. Подробнее
Модульная платформа Subdate: новый подход для эффективного поиска наиболее реакционноспособных субстратов
Вычислительные методы в биокатализе в основном сосредоточены на инженерии каталитических матриц, тогда как поиск наиболее реакционноспособных субстратов для конкретного катализатора остается значительно менее представленным направлением. Количественно воспроизводя экспериментально наблюдаемый барьер активации, подход на основе ab initio метадинамики и анализа топологии электронной плотности молекулы формирует теоретическую основу для быстрого прогнозирования каталитически активных субстратов в обширных химических библиотеках. Обычная стратегия прямого стохастического анализа библиотек субстратов требует значительных вычислительных и временных ресурсов. Сотрудники ГНЦ ИБХ РАН совместно с коллегами разработали вычислительный протокол Subdate, который реализует стратегию предварительной кластеризации соединений в библиотеке на основе ключевых параметров электронной плотности в критических точках катализируемых связей, что позволяет эффективно исследовать библиотеки соединений и концентрировать вычислительные ресурсы на наиболее перспективных группах молекул. Работа опубликована в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences.
Описан механизм блокады ионного канала TRPV6 полиамином спермин
Сотрудники ИБХ РАН в составе международного коллектива выяснили, как эндогенный спермин блокирует кальций-селективный ионный канал TRPV6, гиперактивный при раке предстательной, молочной, поджелудочной желез и ряда других органов. С помощью комплексного подхода, сочетающего методы криоэлектронной микроскопии, молекулярного моделирования, электрофизиологии и направленного мутагенеза, авторы показали, что спермин поэтапно проникает в открытую пору TRPV6 и физически перекрывает ее, подобно «пробке». Полученные результаты важны для понимания регуляции кальциевого гомеостаза клетки в норме и при онкологических заболеваниях. Работа поддержана Минобрнауки (компьютерное моделирование) и опубликована в журнале Nature Communications. Подробнее