Ферментативные системы для синтеза фармацевтически значимых модифицированных нуклеозидов и нуклеотидов как объект для рациональной оптимизации

Модифицированные нуклеозиды составляют большую группу синтетических лекарственных препаратов. Широко применяются для терапии онкогематологических заболеваний кладрибин, неларабин, флудара, цитарабин, для вирусных инфекций – азидотимидин, марибавир, рибавирин, видарабин, софосбувир. Их получению способствует развитие комплексного химико-ферментативного подхода к синтезу с использованием рекомбинантных ферментов нуклеинового обмена. В рамках данного проекта планируется осуществить синтез новых потенциальных противоопухолевых препаратов: N6-пуринзамещенных аналогов Клофарабина – ингибитора рибонуклеотидредуктазы и ДНК-полимеразы, который используется в терапии острого лимфобластного лейкоза, а также провести гликозилирование обладающего высокой цитотоксической активностью конъюгата пурина с бензоксазином, где в качестве линкера используется остаток 11-аминоундекановой кислоты. Запланировано расширение серии 3-замещенных аналогов рибавирина – синтетического нуклеозида, использующегося в терапии гепатита С. При помощи биосинтеза будет получена серия новых рибо- и 2’-дезоксирибозидов 1,2,4-триазола с гидрофобными заместителями в С3 положении. Нами было показано, что 2-фторкордицепин обладает антипролиферативной активностью, однако биосинтез этого препарата с помощью рекомбинантной пуриннуклеозидфосфорилазы E.coli (ПНФ) протекает с низким выходом. В данном проекте предлагаются рассмотреть два потенциальных решения: а) изучение возможности использования 3'-дезоксиуридина в биосинтезе; б) рациональный дизайн активного центра нуклеозидфосфорилаз (НФ), направленный на увеличение сродства к ферменту. Субстратная специфичность ПНФ не позволяет получать противовирусные (фосфо)рибозилированные производные пиразин-2-карбоксамида, в частности, вещества T-705 – противовирусного миметика пуринов, пролекарства «фавипиравир» («авифавир»), использующегося в терапии вирусных инфекций, в том числе COVID-19. Действующим веществом является 5’-трифосфат рибозида T-705, образующийся in vivo, однако низкая эффективность активации препарата путем фосфорибозилирования требует очень высокой дозовой нагрузки. Опыт наших исследований (в т.ч. по грантам РНФ) показал, что задачу синтеза фосфорибозилированных производных пролекарства T-705 можно решить при помощи рационального дизайна ферментов. Мы планируем применение и развитие этого подхода для получения мутантных форм рекомбинантных НФ. Используя созданные мутанты, мы планируем осуществить биосинтез производных фавипиравира. Ранее нашей группой были разработаны моно- и полиферментативные каскады, предназначенные для получения противовирусных и противоопухолевых препаратов. Планируемые нами исследования направлены на оптимизацию этих систем путем рационального дизайна активных центров ферментов. Результаты таких исследований позволят преодолеть ограничения природной субстратной специфичности ферментов и упростить технологии получения фармацевтически значимых соединений. Цель настоящего проекта – развитие на новом уровне химико-ферментативного подхода к синтезу новых модифицированных нуклеозидов и нуклеотидов для получения серии соединений с неприродными гетероциклическими основаниями и углеводными фрагментами и исследование их противоопухолевой и противовирусной активности в экспериментах in vitro. Из-за большого разнообразия мишеней, на которые может воздействовать новое соединение, в данном проекте предусмотрено проведение скрининга противовирусной и противоопухолевой активности всех полученных веществ. Полученные в рамках реализации проекта результаты будут включать в себя не только новые активные модифицированные нуклеозиды и нуклеотиды, но и препараты рекомбинантных ферментов с измененными субстратными характеристиками, что способствует выполнению глобальной задачи проекта – целенаправленному созданию новых препаратов для терапии социально значимых заболеваний человека в соответствии с подходами “зеленой химии”.

6 Декабря 2023 года — 31 Декабря 2026 года

Есипов Р.С. (рук.)

Лаборатория биофармацевтических технологий

Грант, РНФ

Список публикаций по проекту

  1. Eletskaya BZ, Mironov AF, Fateev IV, Berzina MY, Antonov KV, Smirnova OS, Zatsepina AB, Arnautova AO, Abramchik YA, Paramonov AS, Kayushin AL, Khandazhinskaya AL, Matyugina ES, Kochetkov SN, Miroshnikov AI, Mikhailopulo IA, Esipov RS, Konstantinova ID (2024). Enzymatic Transglycosylation Features in Synthesis of 8-Aza-7-Deazapurine Fleximer Nucleosides by Recombinant E. coli PNP: Synthesis and Structure Determination of Minor Products. Biomolecules 14 (7), 798
  2. Fateev IV, Sasmakov SA, Abdurakhmanov JM, Ziyaev AA, Khasanov SS, Eshboev FB, Ashirov ON, Frolova VD, Eletskaya BZ, Smirnova OS, Berzina MY, Arnautova AO, Abramchik YA, Kostromina MA, Kayushin AL, Antonov KV, Paramonov AS, Andronova VL, Galegov GA, Esipov RS, Azimova SS, Miroshnikov AI, Konstantinova ID (2024). Synthesis of Substituted 1,2,4-Triazole-3-Thione Nucleosides Using E. coli Purine Nucleoside Phosphorylase. Biomolecules 14 (7), 745
  3. Fateev IV, Sasmakov SA, Ziyaev AA, Abdurakhmanov ZM, Toshmurodov TT, Ikramov SA, Tosheva NA, Frolova VD, Zorina EA, Zayats EA, Eletskaya BZ, Smirnova OS, Berzina MY, Arnautova AO, Abramchik YA, Kostromina MA, Kayushin AL, Antonov KV, Prokhorenko IA, Paramonov AS, Аndronova VL, Esipov RS, Azimova SS, Miroshnikov AI, Konstantinova ID (2025). Enzymatic Synthesis and Molecular Docking Studies of Substituted 5-Phenyl-1,2,4-triazole-3-thione Deoxyribosides. Russ. J. Bioorganic Chem. 51 (4), 1780–1788
  4. Zayats EA, Abramchik YA, Kostromina MA, Timofeev VI, Shevtsov MB, Mishin AV, Fateev IV, Karanov AA, Sharafutdinova AR, Arnautova AO, Konstantinova ID, Borshchevskiy VI, Esipov RS (2025). Interference of Sulphonate Buffering Agents with E. coli Hypoxanthine-Guanine Phosphoribosyltransferase Active Site Functioning: A Crystallographic and Enzymological Study. Crystals (Basel) 15 (10), 874
  5. Arnautova AO, Aleksakhina IA, Zorina EA, Berzina MY, Fateev IV, Eletskaya BZ, Antonov KV, Smirnova OS, Paramonov AS, Kayushin AL, Andronova VL, Galegov GA, Kostromina MA, Zayats EA, Karpenko IL, Kotovskaya SK, Charushin VN, Esipov RS, Miroshnikov AI, Konstantinova ID (2025). New Benzimidazole 3′-Deoxynucleosides: Synthesis and Antiherpes Virus Properties. Biomolecules 15 (7), 922
  6. Zayats EA, Abramchik YA, Kostromina MA, Konstantinova ID, Esipov RS (2026). Mutant Forms of Nucleoside Phosphorylases and Other Nucleic Acid Metabolism Enzymes for the Optimization of Cascade Synthesis of Modified Nucleosides. Russ. J. Bioorganic Chem. 52 (4), 100
  7. Mironov AF, Eletskaya BZ, Antonov KV, Paramonov AS, Esipov RS, Konstantinova ID, Andreevskaya SN, Smirnova TG, Karpenko IL, Sokhraneva VA, Zhivotova IS, Kochetkov SN, Khandazhinskaya AL, Matyugina ES (2026). Exploring Novel Indazole and Pyrazole Nucleoside Analogues: Enzymatic Synthesis, Characterization, and Biological Evaluation. Int J Mol Sci 27 (17), 7551
  8. Zayats EA, Abramchik YA, Kostromina MA, Fateev IV, Karanov AA, Sharafutdinova AR, Ptushkin VA, Konstantinova ID, Golovin AV, Esipov RS (2026). Enhancing the Activity of Ribokinase from Thermus sp. 2.9 Through Rational Design for the Cascade Synthesis of Modified Nucleotides and Nucleosides. Int J Mol Sci 27 (19), 8911