Триггерные механизмы, обуславливающие нарушения в распознавании антигенов клетками иммунной системы по принципу «свой-чужой» до сих пор остаются не до конца изученными, что во многом определяет существенные лимиты в создании таргетных терапевтических средств для лечения аутоиммунных процессов. Одним из возможных триггеров АЗ является распознавание TCR аутоантигенных пептидов, представленных на молекулах MHC, с последующей активацией Т клеток против собственных белков организма. Показано, что генетические варианты MHC являются наиболее значимыми факторами риска развития многих АЗ, однако, пошаговый механизм реализации такой ассоциации носительства определенных генов MHC c запуском аутореативного иммунного ответа остается не до конца изученным для многих АЗ. В свете вышеизложенного, актуальной научной задачей на сегодняшний день является проведение масштабного скрининга аутореактивных пептидов, представляемых молекулами MHC, с использованием комплексных омиксных технологий. Такой подход позволил нам недавно идентифицировать релевантные аутоантигены при РА, (Ishina et al, Gene and diseases, 2024). Также не менее важной задачей является расшифровка дальнейших этапов аутореативного пути – идентификация конкретных Т клеточных рецепторов, специфичных к данным комплексам пептид – MHC (pMHC) с дальнейшей возможностью разработки подходов к их блокировке. На сегодняшний день идентификация патогенных Т клеток при АЗ осуществляется с помощью оценки функционального ответа, что включает измерение Т-клеточной пролиферации, детекции уровня провоспалительных цитокинов, окрашивания с помощью pMHC мультимеров. Однако, эти технологии требуют априорного знания о специфичности ТCR (Tippalagama et al, Front Immunol, 2023). Также на сегодняшний день широко распространены методы идентификации широкого репертуара TCR в крови и в очагах воспаления, однако эти данные также не дают информации о специфичности найденных Т клеточных клонов. Настоящий проект ставит своей целью разработать универсальную стратегию для последовательной характеристики MHC генотипа пациентов с определенными, аутоантигенного пептидного репертуара, представленного на данных MHC, и идентификации антиген – специфичных TCR с дальнейшей разработкой подходов к терапии изучаемого АЗ. В ходе выполнения проекта предполагается осуществить: (а)генетическое профилирование MHC и других ассоциированных с АЗ генов с помощью полногеномного секвенирования (WGS) для пациентов Российской популяции с пятью АЗ (БШ, АФС, СКВ, РА и васкулитом), выявить аллели риска, протективные аллели и гаплотипы наследования генов локуса MHC; (б) провести выбор потенциальных аутоантигенов при первичных и вторичных АФС и БШ на основе анализа иммунопептидома MHCII – осуществить масс-спектрометрический анализ пептидов, связанных с молекулами MHC из образцов антиген-презентирующих клеток пациентов и здоровых доноров, несущих ассоциированные аллели MHC; (в) провести стимуляцию мононуклеарных клеток периферической крови (PBMC) пациентов c АФС, БШ пулами пептидов, выбранных в рамках решения предыдущей задачи, оценить потенциальный аутореактивный Т клеточный ответ; (г) идентифицировать патогенные Т-клеточные клоны для БШ, АФС и их сочетаний с РА и СКВ и охарактеризовать их специфичность к конкретным аутоатигенам; (д) дать рекомендации клиницистам в разработке подходов к терапии данных АЗ на основе обнаруженных патогенных мишеней : использованию пептидов-антагонистов или мультимеров pMHC на базе аутоантигенов, созданию блокирующих антител к найденным TCR или перепрограммированных TREG. Залогом успеха проекта является личный опыт руководителя и участников проекта в реализации генетических и омиксных исследований АЗ, участие в проекте клиницистов из Института Ревматологии им В.А. Насоновой и сотрудников Центра Полногеномного Секвенирования ООО «БиоТехКампус», а также оригинальный опыт лаборатории Биокатализа ГНЦ ИБХ РАН в разработке скрининговых технологий, рекомбинантных терапевтических антител и CAR-T