Клональная архитектура лейкемических клеток и их эволюция при гемобластозах у детей

Острый лимфобластный лейкоз (ОЛЛ) является самым частым онкологическим заболеванием у детей. Согласно современным представлениям, развитие лейкоза происходит из лимфоидных клеток-предшественников, которые, накапливая мутации, трансформируются в лейкемические клетки, поражающие костный мозг пациента и впоследствии другие органы. В зависимости от индивидуальных особенностей прогрессии ОЛЛ в костном мозге может формироваться как единственный лейкемический клон, так и несколько субклонов. Изначальная клональная гетерогенность может являться одним из ключевых факторов, обеспечивающих выживание лейкемических клеток в ходе терапии, приводя в конечном счете к развитию рецидивов. Основной целью проекта является комплексное изучение особенностей формирования клонального разнообразия и эволюции лейкемических клеток при В- и Т-линейном остром лимфобластном лейкозе у детей. В ходе реализации проекта будет разработан высокопроизводительный мультиплексный метод, позволяющих с беспрецедентно низкими затратами реконструировать клональную архитектуру лейкемических клеток одновременно для сотен пациентов. С помощью разработанного метода будут впервые проведен масштабный комплексный анализ клональных структур детских Т- и В-ОЛЛ на уровне единичных клеток. Для анализа клональной архитектуры лейкозов будут впервые одновременно анализироваться геномные перестройки всех существующих генов Т- и В-клеточных рецепторов, включая ранее не анализируемые локусы TRA, что позволит получить прежде недоступную точность при определении клональных структур лейкемических клеток. Кроме того, в ходе анализа транскриптомов лейкемических клеток будет осуществлен поиск генетические факторов, лежащих в основе формирования клонального разнообразия ОЛЛ.

1 Июля 2020 года — 30 Июня 2023 года

Комков А.Ю. (рук.)

Лаборатория сравнительной и функциональной геномики

Грант, РНФ

Список публикаций по проекту

  1. Semchenkova A, Mikhailova E, Komkov A, Gaskova M, Abasov R, Matveev E, Kazanov M, Mamedov I, Shmitko A, Belova V, Miroshnichenkova A, Illarionova O, Olshanskaya Y, Tsaur G, Verzhbitskaya T, Ponomareva N, Bronin G, Kondratchik K, Fechina L, Diakonova Y, Vavilova L, Myakova N, Novichkova G, Maschan A, Maschan M, Zerkalenkova E, Popov A (2022). Lineage Conversion in Pediatric B-Cell Precursor Acute Leukemia under Blinatumomab Therapy. Int J Mol Sci 23 (7),
  2. Tirtakusuma R, Szoltysek K, Milne P, Grinev V, Ptasinska A, Chin PS, Meyer C, Nakjang S, Hehir-Kwa JY, Williamson D, Cauchy P, Keane P, Assi SA, Ashtiani M, Kellaway SG, Imperato MR, Vogiatzi F, Schweighart-James EK, Lin S, Wunderlich M, Stutterheim J, Komkov A, Zerkalenkova E, Evans P, McNeill HV, Elder A, Martínez-Soria N, Fordham SE, Shi Y, Russell LJ, Pal D, Smith AG, Kingsbury Z, Becq J, Eckert C, Haas OA, Carey P, Bailey S, Skinner R, Miakova N, Collin M, Bigley V, Haniffa M, Marschalek R, Harrison CJ, Cargo CA, Schewe DM, Olshanskaya Y, Thirman MJ, Cockerill PN, Mulloy JC, Blair HJ, Vormoor HJ, Allan JM, Bonifer C, Heidenreich O, Bomken SN (2022). Epigenetic regulator genes direct lineage switching in MLL/AF4 leukaemia. Blood 140 (17), 1875–1890
  3. Mikhailova E, Illarionova O, Komkov A, Zerkalenkova E, Mamedov I, Shelikhova L, Olshanskaya Y, Miakova N, Novichkova G, Karachunskiy A, Maschan M, Popov A (2022). Reliable Flow-Cytometric Approach for Minimal Residual Disease Monitoring in Patients with B-Cell Precursor Acute Lymphoblastic Leukemia after CD19-Targeted Therapy. Cancers (Basel) 14 (21),
  4. Smirnova AO, Miroshnichenkova AM, Olshanskaya YV, Maschan MA, Lebedev YB, Chudakov DM, Mamedov IZ, Komkov A (2023). The use of non-functional clonotypes as a natural calibrator for quantitative bias correction in adaptive immune receptor repertoire profiling. Elife 12,
  5. Smirnova AO, Miroshnichenkova AM, Belyaeva LD, Kelmanson IV, Lebedev YB, Mamedov IZ, Chudakov DM, Komkov AY (2023). Novel bimodal TRBD1-TRBD2 rearrangements with dual or absent D-region contribute to TRB V-(D)-J combinatorial diversity. Front Immunol 14, 1245175