Ленинские премии

• Юрий Анатольевич Овчинников, Вадим Тихонович Иванов
  За цикл работ по созданию нового класса мембранных биорегуляторов и исследованию молекулярных основ ионного транспорта через мембраны, 1978 г.
• Михаил Николевич Колосов, Евгений Давыдович Свердлов
  За цикл работ в области молекулярной биологии, 1984 г.

Государственные премии СССР и РФ в области науки и техники

• Ю. А. Овчинников, Е. Д. Свердлов, Валерий Ммихайлович Липкин, Николай Николаевич Модянов, Галина Сергеевна Монастырская и др.
  За цикл работ по структуре и генетике РНК-полимеразы, 1982 г.
• Владимир Константинович Антонов и др.
  За цикл работ «Химические основы биологического катализа», 1984 г.
• Владимир Фёдорович Быстров, В. Т. Иванов, Виктор Ионович Цетлин, Е. В. Гришин и др.
  За цикл работ «Нейротоксины как инструмент исследования молекулярных механизмов генерации нервного импульса», 1985 г.
• Лев Давыдович Бергельсон, Элла Владимировна Дятловицкая, Юлиан Герогиевич Молотковский и др.
  За цикл работ 1965—1983 гг. «Структура и функции липидов», 1985 г.
• Нажмутин Гаджимагомедович Абдулаев и др.
  За цикл работ по изучению трансмембранных ионных каналов, 1986 г.
• Владимир Петрович Демушкин
  За создание элементов специальной техники, 1991 г.
• Михаил Петрович Кирпичников, Дмитрий Александрович Долгих и др.
  За работу «Принципы структурной организации белков и их применение к конструированию новых белковых молекул: теория и эксперимент», 1999 г.
• Андрей Альфредович Формановский и др.
  За работу «Краунсоединения в химии и технологии», 2000 г.
• Рем Викторович Петров и др.
  За работу «Конъюгированные полимер-субъединичные иммуногены и вакцины», 2001 г.

Премии Правительства РФ в области науки и техники

• В. Т. Иванов, Т. М. Андронова, М. В. Безруков, В. П. Малькова, А. И. Мирошников, Владимир Андреевич Несмеянов, Ю. А. Овчинников, Л. И. Ростовцева, И. Б. Сорокина и др.
  За разработку и создание биотехнологического производства ликопида — нового иммунокорригирующего лекарственного препарата, 1996 г.
• Р. В. Петров, А. А. Михайлова, Л. А. Фонина и др.
  За разработку, внедрение в промышленное производство и клиническую практику нового типа иммунокорригирующих лекарственных препаратов пептидной природы: тактивина и миелопида, 1997 г.
• В. Г. Коробко, Г. С. Монастырская и др.
  За разработку технологии получения субстанции интерферона альфа 2b рекомбинантного человеческого, готовых лекарственных средств на его основе и внедрение их в медицинскую практику, 2000 г.
• А. А. Михайлова, Л. А. Фонина
  За цикл экспериментальных и клинических исследований в области биотерапии и иммунодиагностики злокачественных новообразований, 2005 г.
• А. И. Мирошников, Д. И. Баирамашвили, А. А. Зинченко, В. Т. Иванов, С. А. Косарев, Т. И. Костромина, Н. В. Сизова, В. А. Ласман, В Г. Коробко и др.
  За создание производства и внедрение в практику отечественного здравоохранения генно-инженерного инсулина человека, 2005 г.

Премия Правительства РФ в области образования

• В. Т. Иванов, Т. В. Овчинникова и др.
  За создание научно-практической разработки «Российский инновационный учебно-научный комплекс для подготовки кадров в области биотехнологии» для образовательных учреждений высшего профессионального образования, 2007 г.

Премия Ленинского комсомола

• Е. В. Гришин, А. П. Киселев, В. М. Липкин, Н. Н. Модянов и др.
  За работу по первичной структуре цитоплазматической аспартат-аминотрансферазы, 1975 г.

Премии АН СССР и РАН имени М. М. Шемякина

• Ю. А. Овчинников
  За цикл работ «Исследования в области химии белка», 1980 г.
• М. Н. Колосов, В. Г. Коробко, В. Н. Добрынин
  За цикл работ 1977—1982 гг. «Синтез искусственных генов», 1983 г.
• Н. Г. Абдулаев
  За работу «Биоорганическая химия родопсинов», 1983 г.
• В. Ф. Быстров, А. С. Арсеньев
  За цикл работ «Исследование структуры и функции мембранных пептидов и белков методом спектрометрии ЯМР», 1993 г.
• В. П. Зубов
  За работу «Полимерные материалы для биологии и биотехнологии», 1998 г.

Премии РАН имени Ю. А. Овчинникова и именная золотая медаль

• В. Т. Иванов — Золотая медаль РАН им. Ю. А. Овчинникова
  За цикл работ «Пептидные препараты для медицины и ветеринарии», 1992 г.
• Е. В. Гришин
  За работу «Молекулярные основы взаимодействия природных токсинов с клеточной мембраной», 1994 г.
• В. М. Липкин
  За цикл работ «Молекулярные механизмы фототрансдукции: фосфодиэстераза цГМФ и рековерин», 1997 г.
• С. А Лукьянов
  За работу «Флуоресцентные белки: поиск, исследование и применение в биотехнологии», 2006 г.

Премия РАН имени А. Н. Баха

• В. В. Месянжинов
  За работу «Структура и механизмы фолдинга фибриллярных суперспиральных белков», 1999 г.

Премия РАН им. А. О. Ковалевского

• А. Г. Зарайский
  За работу «Гомеобоксные гены класса ANF — регуляторы раннего развития головного мозга позвоночных», 2006 г.

Медали РАН для молодых ученых и студентов с премией

• А. А. Буздин
  За работу «Полногеномная идентификация мобильных элементов, специфичных для ДНК человека», 2003 г.
• Д. М. Чудаков
  За работу «Флуоресцентные и фотоактивируемые флуоресцентные белки», 2004 г.
• И. З. Мамедов
  За работу «Идентификация инсерционной вариабельности ретроэлементов в геноме человека и приматов», 2005 г.