Фрадков Аркадий Федорович

Кандидат химических наук


Старший научный сотрудник (Центр коллективного пользования ИБХ), Старший научный сотрудник (Отдел «Научно-инновационный центр Технопарк»)

Тел.: +7 (495) 988-40-83

Эл. почта: arc@ibch.ru

Избранные публикации

  1. Pletnev V.Z., Pletneva N.V., Lukyanov K.A., Souslova E.A., Fradkov A.F., Chudakov D.M., Chepurnykh T., Yampolsky I.V., Wlodawer A., Dauter Z., Pletnev S. (2013). Structure of the red fluorescent protein from a lancelet (Branchiostoma lanceolatum): a novel GYG chromophore covalently bound to a nearby tyrosine. Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 69 (Pt 9), 1850–60 [+]
    ID:1017
  2. Mishina N.M., Markvicheva K.N., Fradkov A.F., Zagaynova E.V., Schultz C., Lukyanov S., Belousov V.V. (2013). Imaging H2O2 microdomains in receptor tyrosine kinases signaling. Meth. Enzymol. 526, 175–87 [+]

    HyPer, a ratiometric genetically encoded fluorescent sensor, is a popular tool for intracellular hydrogen peroxide detection. When expressed in cultured cells, the freely diffusing version of the sensor (HyPer-cyto) detects temporal patterns of H2O2 generation. However, rapid diffusion of the probe within the nucleocytoplasmic compartment averages the H2O2 signal even in cases of local oxidant production. Consequently, we immobilized the sensor within specific subcellular compartments allowing it to monitor local increases in H2O2. Here, we provide a protocol of ratiometric imaging and ImageJ-based quantification of H2O2 microdomains produced by cells upon physiological stimulation.

    ID:910
  3. Shcherbo D., Merzlyak E.M., Chepurnykh T.V., Fradkov A.F., Ermakova G.V., Solovieva E.A., Lukyanov K.A., Bogdanova E.A., Zaraisky A.G., Lukyanov S., Chudakov D.M. (2007). Bright far-red fluorescent protein for whole-body imaging. Nat. Methods 4 (9), 741–6 [+]

    Разработан новый флуоресцентный белок Katushka, обладающий флуоресценцией в дальне-красной области спектра, которая является предпочтительной для анализа сигнала внутри тканей животных. Katushka в десять раз ярче, чем созданные ранее дальне-красные флуоресцентные белки и характеризуется высокой скоростью созревания, высокой рН-стабильностью и фотостабильностью. Это делает новый белок идеальным инструментом для прижизненного мечения клеток внутри целых организмов. Создан мономерный вариант белка Katushka, названный mKate, для исследования внутриклеточной локализации белков.

    ID:76
  4. Merzlyak E.M., Goedhart J., Shcherbo D., Bulina M.E., Shcheglov A.S., Fradkov A.F., Gaintzeva A., Lukyanov K.A., Lukyanov S., Gadella T.W., Chudakov D.M. (2007). Bright monomeric red fluorescent protein with an extended fluorescence lifetime. Nat. Methods 4 (7), 555–7 [+]

    Fluorescent proteins have become extremely popular tools for in vivo imaging and especially for the study of localization, motility and interaction of proteins in living cells. Here we report TagRFP, a monomeric red fluorescent protein, which is characterized by high brightness, complete chromophore maturation, prolonged fluorescence lifetime and high pH-stability. These properties make TagRFP an excellent tag for protein localization studies and fluorescence resonance energy transfer (FRET) applications.

    ID:277
  5. Belousov V.V., Fradkov A.F., Lukyanov K.A., Staroverov D.B., Shakhbazov K.S., Terskikh A.V., Lukyanov S. (2006). Genetically encoded fluorescent indicator for intracellular hydrogen peroxide. Nat. Methods 3 (4), 281–6 [+]

    Разработан уникальный флуоресцентный сенсор HyPer для прижизненного мониторинга колебаний концентрации одного из важнейших регуляторов биологических процессов — перекиси водорода. Имеющий белковую природу, HyPer может быть экспрессирован в клетках или направлен в определенный клеточный компартмент. Благодаря высокой специфичности и чувствительности, HyPer может быть использован для отслеживания колебаний концентрации перекиси водорода на уровне единственной клетки или клеточной органеллы.

    ID:80
  6. Gurskaya N.G., Verkhusha V.V., Shcheglov A.S., Staroverov D.B., Chepurnykh T.V., Fradkov A.F., Lukyanov S., Lukyanov K.A. (2006). Engineering of a monomeric green-to-red photoactivatable fluorescent protein induced by blue light. Nat. Biotechnol. 24 (4), 461–5 [+]

    Разработан новый мономерный флуоресцентный белок Dendra, способный к необратимой фотоконверсии из зеленой флуоресцентной формы в красную. Белок Dendra обладает высокой яркостью флуоресценции и может быть активирован как ультрафиолетовым, так и синим светом.

    ID:81
  7. Lukyanov K.A., Chudakov D.M., Fradkov A.F., Labas Y.A., Matz M.V., Lukyanov S. (2006). Discovery and properties of GFP-like proteins from nonbioluminescent anthozoa. Methods Biochem Anal 47, 121–38 ID:284
  8. Terskikh A., Fradkov A., Ermakova G., Zaraisky A., Tan P., Kajava A.V., Zhao X., Lukyanov S., Matz M., Kim S., Weissman I., Siebert P. (2000). "Fluorescent timer": protein that changes color with time. Science 290 (5496), 1585–8 [+]

    We generated a mutant of the red fluorescent protein drFP583. The mutant (E5) changes its fluorescence from green to red over time. The rate of color conversion is independent of protein concentration and therefore can be used to trace time-dependent expression. We used in vivo labeling with E5 to measure expression from the heat shock-dependent promoter in Caenorhabditis elegans and from the Otx-2 promoter in developing Xenopus embryos. Thus, E5 is a "fluorescent timer" that can be used to monitor both activation and down-regulation of target promoters on the whole-organism scale.

    ID:72
  9. Matz M.V., Fradkov A.F., Labas Y.A., Savitsky A.P., Zaraisky A.G., Markelov M.L., Lukyanov S.A. (1999). Fluorescent proteins from nonbioluminescent Anthozoa species. Nat. Biotechnol. 17 (10), 969–73 [+]

    Открыты новые флуоресцентные белки из коралловых полипов класса Anthozoa с разными цветами флуоресценции от сине-зеленого до красного. Выявление флуоресцентных и окрашенных GFP-подобных белков у неспособных к биолюминесценции коралловых полипов опровергло распространенное мнение, что такие белки функционируют только в составе биолюминисцентных систем и прояснило природу разнообразной флуоресцентной окраски коралловых рифов — явления, которое на протяжении многих лет не находило правильного объяснения.

    ID:70