Ефремов Роман Гербертович

Личная информация

Работа по профессии

1983: инженер, Отдел инструментальных методов анализа, Институт биоорганической химии им. М. М. Шемякина АН СССР;

1983—1986: аспирант, Факультет экспериментальной и теоретической физики МИФИ;

1986—2007: научный сотрудник, старший научный сотрудник, ведущий научный сотрудник ИБХ РАН;

2007-н. вр.: руководитель подразделения (зав. Лабораторией моделирования биомолекулярных систем), зам. директора ИБХ РАН по научной работе;

1992—1997: приглашенный профессор в Университете г. Реймс и Университете г. Лилль (Франция);

1998-н. вр.: старший научный сотрудник, ведущий научный сотрудник Межведомственного суперкомпьютерного центра РАН (МСЦ РАН);

2001-н. вр.: доцент кафедры биоинженерии Биологического ф-та МГУ им. М. В. Ломоносова.

Преподавательская деятельность

1987—1991: лабораторные занятия по оптическим методам и обработке спектральных данных для студентов МФТИ на базе УНЦ ИБХ АН СССР.

1993—1996: цикл лекций (50 часов) «Эмпирические методы в компьютерном моделировании молекул» для студентов Высшей Школы инженеров (Лилль, Франция), специализирующихся по молекулярной инженерии.

1997-н. вр.: курс лекций по молекулярному моделированию биополимеров для студентов 6 курса ф-та молекулярной и биологической физики МФТИ (на базе УНЦ ИБХ РАН).

1999-н. вр.: курс лекций по молекулярному моделированию биополимеров для студентов 5 курса ф-та молекулярной и биологической физики МФТИ (на базе МСЦ РАН).

2001-н. вр.: курс лекций по молекулярному моделированию для студентов 2 и 3 курсов кафедры биоинженерии Биологического ф-та МГУ.

Руководитель 6 кандидатских диссертаций.

Образование

Период обученияСтрана, городУчебное заведениеДополнительная информация
1977–1983 Россия, Москва Московский инженерно-физический институт (МИФИ), Факультет экспериментальной и теоретической физики Диплом с отличием (тема: «Математические методы определения вторичной структуры белков и полипептидов на основании спектров КР и полуэмпирических расчетов»)
1986 Россия, Москва Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова (МГУ), Биологический факультет Диплом кандидата физико-математических наук (тема диссертации: «Топография и микроокружение хромофоров в бактериальном и зрительном родопсинах (спектроскопия комбинационного рассеяния света и квантовохимические расчеты)»)
1999 Россия, Москва Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова (МГУ), Биологический факультет Диплом доктора физико-математических наук (тема диссертации: «Молекулярное моделирование мембрано-связанных участков белков и пептидов»)
2007 Россия, Москва Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова (МГУ), Биологический факультет Присвоено ученое звание профессора по специальности «биофизика».

Премии и заслуги

1993: Премия Европейской Академии (Academiae Europaeae) для молодых ученых РФ;

2001—2002, 2005: Стипендия Фонда содействия российской науке для молодых докторов наук.

Основные научные результаты

Основные труды посвящены разработке и применению новых подходов в исследовании пространственной структуры белков и пептидов с помощью оптической спектроскопии и молекулярного моделирования. Результаты исследований опубликованы в более чем 100 статьях в реферируемых журналах.

1985—1992. Серия исследований, посвященных разработке методов спектроскопии резонансного (РКР) и гигантского (ГКР) комбинационного рассеяния пептидов и белков. Впервые получены спектры ГКР мембранных белков — бактериального и зрительного родопсинов. На основании спектральных данных и результатов квантовохимических расчетов исследована топология их хромофор-связывающих центров. Для ряда мембранных белков зарегистрированы первые спектры РКР с возбуждением в УФ-области, предложены высокоэффективные методы цифровой обработки сигналов в спектрах РКР белков.

1992—1997. Выполнена серия работ по молекулярному моделированию структуры трансмембранного (ТМ) домена Na,K-АТФазы. Для этого впервые применен метод детального картирования гидрофобных/гидрофильных свойств ТМ спиралей с помощью метода молекулярного гидрофобного потенциала (МГП). МГП-подход также был успешно использован для изучения гидрофобной организации целого ряда водорастворимых и мембранных белков и пептидов.

1997—2001. Разработана оригинальная теоретическая модель неявно заданной мембраны, предназначенная для исследования поведения пептидов и белков в мембрано-подобном окружении. Результаты вычислений, выполненных для большого набора трансмембранных и периферических пептидов, продемонстрировали хорошее согласие с данными экспериментов.

2002-н. вр. Разработка новейших многоуровневых подходов в компьютерном моделировании пептидов и белков в мембранах различного состава и в водном растворе, в исследовании межмолекулярных взаимодействий белок-белок, белок-мембрана и белок-лиганд. Применение созданных методов в исследовании периферических и интегральных мембранных белков, мембрано-активных пептидов, в рациональном молекулярном конструировании новых биологически активных соединений с заданными свойствами, действующих в т. ч. и на мишени в мембранах клеток. Создание единого информационно-вычислительного комплекса для высокопроизводительного молекулярного моделирования белков и пептидов.

Членство в научных обществах

Член редколлегии журналов «Биоорганическая химия», Москва; «The Open Structural Biology Journal», «The Open Bioinformatics Journal».

Член Ученого Совета ИБХ РАН.

Член специализированных диссертационных советов (МГУ, ГУ НИИ БМХ РАМН).

Избранные публикации (показать все)

Загружаются...