Пресс-центр / новости / Наука /

Модульная платформа Subdate: новый подход для эффективного поиска наиболее реакционноспособных субстратов

Вычислительные методы в биокатализе в основном сосредоточены на инженерии каталитических матриц, тогда как поиск наиболее реакционноспособных субстратов для конкретного катализатора остается значительно менее представленным направлением. Сотрудники ГНЦ ИБХ РАН совместно с российскими и зарубежными коллегами разработали модульную платформу Subdate для эффективного поиска наиболее реакционноспособных субстратов.

Григоров А.С.

Solovev YV, Kostin NN, Prokopenko YA, Masson P, Smirnov IV, Zhang H, Zheng W, Yaroshevich IA, Stepanov AV, Popov PA, Gabibov AG

Количественно воспроизводя экспериментально наблюдаемый барьер активации, подход на основе ab initio метадинамики и анализа топологии электронной плотности молекулы формирует теоретическую основу для быстрого прогнозирования каталитически активных субстратов в обширных химических библиотеках. Обычная стратегия прямого стохастического анализа библиотек субстратов требует значительных вычислительных и временных ресурсов.

Рис. 1. Схема протокола Subdate

Разработанный вычислительный протокол Subdate (см. рис 1) реализует стратегию предварительной кластеризации соединений в библиотеке, опираясь на ключевые параметры электронной плотности в критических точках катализируемых связей, что позволяет эффективно исследовать библиотеки соединений, концентрируя вычислительные ресурсы на наиболее перспективных группах соединений. Работа опубликована в журнале PNAS.

 

18 июня