Группа алгоритмов иммуносеквенирования

Группа занимается разработкой вычислительных методов и биоинформатических решений для обработки, анализа и интерпретации результатов глубокого секвенирования иммунных репертуаров. Основная цель Группы – создание методов, позволяющих преобразовывать данные миллионов прочтений последовательностей Т- и В-клеточных рецепторов в компактный набор иммунологически важных характеристик, таких как разнообразие репертуара, давление селекции собственных и чужеродных антигенов и способность Т- и В-клеток организовывать эффективный иммунный ответ против определенных антигенов.

Группа сотрудничает с Лабораторией методов иммуносеквенирования (Чудаков Д.М.), Группой структурной организации Т-клеточного иммунитета (Др. Британова О.В.), Лабораторией сравнительной и функциональной геномики (Проф. Лебедев Ю.Б., Др. Мамедов И.З., Др. Звягин И.В.), Prof. Can Kesmir, Utrecht University, Prof. Andrew Sewell, Cardiff University, Prof. David Price, Cardiff University.

Группа сформировалась в 2017 году, ранее находясь в составе Лаборатории Геномики Адаптивного Иммунитета проф. Чудакова Д.М.. (ныне – Лаборатория методов иммуносеквенирования).

  • Разработка алгоритмов для статистического анализа Т- и В-клеточных репертуаров. Расчет характеристик, включающих вероятностные модели V-(D)-J сборок, физико-химические характеристики гипервариабельного региона CDR3, профили соматических гипермутаций и клональные деревья В-клеток.
  • Разработка и поддержка базы данных Т-клеточных рецепторов с известной антигенной специфичностью (VDJdb, vdjdb.cdr3.net). Данная база включает в себя экспериментально верифицированные последовательности Т-клеточных рецепторов, способные распознавать определенные эпитопы в заданном контексте HLA.
  • Разработка и поддержка базы данных с известными структурами комплексов TCR:антиген:MHC. Разработка алгоритмов предсказания специфичности Т-клеточных рецепторов, интегрирующих в себя информацию из структурных данных и базы VDJdb и позволяющих проводить предсказание по линейным аминокислотным последовательностям Т-клеточного рецептора, антигена и MHC.
  • Предсказание презентации пептидов на различных аллелях HLA. Выявление влияния определенных аллелей HLA на структуру Т-клеточного репертуара и набор так называемых «публичных» клонотипов. Использование предсказаний связывания с HLA и репертуара специфичных Т-клеточных рецепторов для объяснения различий в иммуногенности антигенов.

Шугай Михаил Александрович