Структурная биология мембранных белков для создания новых лекарственных и диагностических средств

Мембраны, являясь одним из основных компонентов живой клетки, участвуют во множестве жизненно важных процессов, включая, дыхание, транспорт питательных веществ, передачу сигналов и проведение ферментативных реакций. За большинство из этих функций ответственны интегральные и периферические мембранные белки, такие как рецепторы, транспортеры, ионные каналы, разнообразные ферменты, которые непосредственно участвуют в поддержании гомеостаза клеток и рецепции ими внешних и межклеточных сигналов. До 30% всех белковых последовательностей, закодированных в геномах различных организмов, соответствуют мембранным белкам, а с их дисфункцией и мутациями связаны многие социально-значимые заболевания организма человека. При этом свыше половины известных в настоящее время лекарственных препаратов напрямую воздействуют на активность мембранных белков. Поэтому не удивительно, что одними из наиболее важных объектов для фармакологических разработок современных «таргетных» лекарственных препаратов и средств ранней диагностики являются именно мембранные белки. В то же время, мембранные белки достаточно плохо изучены с точки зрения пространственной структуры, динамики и межмолекулярных взаимодействий, что обусловлено техническими сложностями, связанными с гетерогенностью мембранного окружения, их димеризацией/олигомеризацией и наличием в них неупорядоченных участков, обусловливающих высокую относительную подвижность субдоменов. Направленное конструирование биологически-активных соединений требует глубокого понимания структурно-динамической организации и функционирования их белковых мишеней во многих случаях локализованных внутри или на поверхности биологических мембран. Основные достижения в этой области обеспечены методом рентгеноструктурного анализа и представлены результатами исследования ряда поринов, ионных каналов, трансмембранных рецепторов, связанных с G-белками, а также отдельных (в том числе водорастворимых) доменов мембранных белков. Однако кристаллизация мембранных белков приводит к потере информации о конформационной подвижности и делает невозможным исследование влияния свойств мембранного окружения на их структуру, динамику и функцию. Быстроразвивающийся метод электронной криомикроскопии позволяет получить структуру полноразмерных белков и их комплексов, в том числе мембранных белков с достаточно высоким разрешением. Но данный метод также ограничен в применении при работе с мембранными белками, обладающими высокой внутримолекулярной подвижностью (такими как рецепторы типа I, имеющими внеклеточные и цитоплазматические глобулярные домены связанные гибкими участками одним трансмембранным сегментом). К тому же на данный момент в России нет современной экспериментальной базы по применению данного метода. Таким образом, оба структурных метода необходимо комбинировать с другими методами структурной биологии, позволяющими получить детальную экспериментальную структурно-динамическую информацию о белках. Поэтому разработка новых комплексных методик для структурно-динамических исследований на основе интеграции взаимодополняющих экспериментальных и теоретических (вычислительных) методов структурной биологии, таких как спектроскопия ЯМР, белковая инженерия, оптическая спектроскопия и компьютерное моделирование является актуальным трендом, способствующим получению уникальных данных о взаимосвязях между структурой и функцией мембранных и мембраноактивных белков. Гетероядерная спектроскопия ЯМР является уникальным методом, позволяющим получить экспериментальную информацию о структуре, динамике и межмолекулярных взаимодействиях для пептидов и белков, зачастую имеющих подвижные участки и выполняющих биологическую функцию в гетерогенном окружении. Современные методы белковой инженерии позволяют в достаточном количестве для структурных исследований получить препараты мембранных белков и их фрагментов (в том числе изотопно-меченые производные) из различных биологических систем. С помощью оптической микро- и спектроскопии возможно охарактеризовать белковые препараты, а также получить экспериментальную информацию о межмолекулярных взаимодействиях и структурно-функциональных свойствах белковых соединений на молекулярном и клеточном уровнях. Компьютерное моделирование помогает исследовать на атомарном уровне структуру и динамику белков и мембран, детализировать их взаимодействия при выполнении биологической функции. Комплексность проекта обеспечивается также выбором в качестве объектов исследования мембранных белков, принадлежащих разным семействам и выполняющих разные функции. Это позволит установить общие фундаментальные принципы биологической активности, так и выявить уникальные молекулярные механизмы для мембранных белков из различных семейств. В то же время исследование набора объектов, в достаточной мере покрывающий широкий спектр биологических функций, имеет больше шансов на успешную разработку новых молекул лигандов к мембранным белкам. Таким образом, полученные в результате выполнения проекта фундаментальные знания о взаимосвязи структура-динамика-функция для мембранных белков различных семейств будут наиболее успешно задействованы при создании фармакологических соединений с заданной специфичностью и направленной доставкой к определенным мембранным системам для адекватной терапии и ранней диагностики социально-значимых заболеваний.

Список публикаций по проекту

  1. Goncharuk MV, Roy D, Dubinnyi MA, Nadezhdin KD, Srivastava A, Baidya M, Dwivedi-Agnihotri H, Arseniev AS, Shukla AK (2020). Purification of native CCL7 and its functional interaction with selected chemokine receptors. Protein Expr Purif 171, 105617
  2. Batishchev OV, Alekseeva AS, Tretiakova DS, Galimzyanov TR, Chernyadyev AY, Onishchenko NR, Volynsky PE, Boldyrev IA (2020). Cyclopentane rings in hydrophobic chains of a phospholipid enhance the bilayer stability to electric breakdown. Soft Matter 16 (13), 3216–3223
  3. Konarev PV, Petoukhov MV, Dadinova LA, Fedorova NV, Volynsky PE, Svergun DI, Batishchev OV, Shtykova EV (2020). BILMIX: A new approach to restore the size polydispersity and electron density profiles of lipid bilayers from liposomes using small-angle X-ray scattering data. J Appl Crystallogr 53, 236–243
  4. Goncharuk SA, Artemieva LE, Nadezhdin KD, Arseniev AS, Mineev KS (2020). Revising the mechanism of p75NTR activation: intrinsically monomeric state of death domains invokes the 'helper' hypothesis. Sci Rep 10 (1), 13686
  5. Panteleev PV, Tsarev AV, Safronova VN, Reznikova OV, Bolosov IA, Sychev SV, Shenkarev ZO, Ovchinnikova TV (2020). Structure Elucidation and Functional Studies of a Novel β-hairpin Antimicrobial Peptide from the Marine Polychaeta Capitella teleta. Mar Drugs 18 (12),
  6. Franco ML, Nadezhdin KD, Goncharuk SA, Mineev KS, Arseniev AS, Vilar M (2019). Structural basis of the transmembrane domain dimerization and rotation in the activation mechanism of the TRKA receptor by nerve growth factor. J Biol Chem 295 (1), 275–286
  7. Kot EF, Wang Y, Goncharuk SA, Zhang B, Arseniev AS, Wang X, Mineev KS (2020). Oligomerization analysis as a tool to elucidate the mechanism of EBV latent membrane protein 1 inhibition by pentamidine. BIOCHIM BIOPHYS ACTA 1862 (10), 183380
  8. Korolkova Y, Maleeva E, Mikov A, Lobas A, Solovyeva E, Gorshkov M, Andreev Y, Peigneur S, Tytgat J, Kornilov F, Lushpa V, Mineev K, Kozlov S (2021). New Insectotoxin from Tibellus Oblongus Spider Venom Presents Novel Adaptation of ICK Fold. Toxins (Basel) 13 (1),
  9. Krylov NA, Efremov RG (2021). libxtc: an efficient library for reading XTC-compressed MD trajectory data. BMC Res Notes 14 (1), 124
  10. Franco ML, Nadezhdin KD, Light TP, Goncharuk SA, Soler-Lopez A, Ahmed F, Mineev KS, Hristova K, Arseniev AS, Vilar M (2021). Interaction between the transmembrane domains of neurotrophin receptors p75 and TrkA mediates their reciprocal activation. J Biol Chem 297 (2), 100926
  11. Bolosov IA, Panteleev PV, Sychev SV, Sukhanov SV, Mironov PA, Myshkin MY, Shenkarev ZO, Ovchinnikova TV (2021). Dodecapeptide Cathelicidins of Cetartiodactyla: Structure, Mechanism of Antimicrobial Action, and Synergistic Interaction With Other Cathelicidins. Front Microbiol 12, 725526
  12. Panina I, Taldaev A, Efremov R, Chugunov A (2021). Molecular dynamics insight into the lipid ii recognition by type a lantibiotics: Nisin, epidermin, and gallidermin. Micromachines (Basel) 12 (10),
  13. Paramonov AS, Lyukmanova EN, Tonevitsky AG, Arseniev AS, Shenkarev ZO (2021). Spatial structure and oligomerization of viscotoxin A3 in detergent micelles: Implication for mechanisms of ion channel formation and membrane lysis. Biochem Biophys Res Commun 585, 22–28
  14. Agback P, Lesovoy DM, Han X, Sun R, Sandalova T, Agback T, Achour A, Orekhov VY (2022). 1H, 13C and 15N resonance assignment of backbone and IVL-methyl side chain of the S135A mutant NS3pro/NS2B protein of Dengue II virus reveals unique secondary structure features in solution. Biomol NMR Assign 16 (1), 135–145
  15. Dubovskii PV, Dubova KM, Bourenkov G, Starkov VG, Konshina AG, Efremov RG, Utkin YN, Samygina VR (2022). Variability in the Spatial Structure of the Central Loop in Cobra Cytotoxins Revealed by X-ray Analysis and Molecular Modeling. Toxins (Basel) 14 (2),
  16. Panina I, Krylov N, Gadalla MR, Aliper E, Kordyukova L, Veit M, Chugunov A, Efremov R (2022). Molecular Dynamics of DHHC20 Acyltransferase Suggests Principles of Lipid and Protein Substrate Selectivity. Int J Mol Sci 23 (9),
  17. Ryazantsev DY, Myshkin MY, Alferova VA, Tsvetkov VB, Shustova EY, Kamzeeva PN, Kovalets PV, Zaitseva ER, Baleeva NS, Zatsepin TS, Shenkarev ZO, Baranov MS, Kozlovskaya LI, Aralov AV (2021). Probing gfp chromophore analogs as anti-hiv agents targeting ltr-iii g-quadruplex. Biomolecules 11 (10),
  18. Tyurin A, Alferova V, Paramonov A, Shuvalov M, Kudryakova G, Rogozhin E, Zherebker A, Brylev V, Chistov A, Baranova A, Birykov M, Ivanov I, Prokhorenko I, Grammatikova N, Kravchenko T, Isakova E, Mirchink E, Gladkikh E, Svirshchevskaya E, Mardanov A, Beletsky A, Kocharovskaya M, Kulyaeva V, Shashkov A, Nifantiev N, Apt A, Majorov K, Efimova S, Ravin N, Nikolaev E, Ostroumova O, Katrukha G, Lapchinskaya O, Dontsova O, Terekhov S, Osterman I, Shenkarev Z, Korshun VA (2021). Gausemycins A,B – cyclic lipoglycopeptides from Streptomyces sp. Angew Chem Int Ed Engl 60 (34), 18694–18703
  19. Trofimov YA, Krylov NA, Efremov RG (2019). Confined Dynamics of Water in Transmembrane Pore of TRPV1 Ion Channel. Int J Mol Sci 20 (17),
  20. Han X, Levkovets M, Lesovoy D, Sun R, Wallerstein J, Sandalova T, Agback T, Achour A, Agback P, Orekhov VY (2022). Assignment of IVL-Methyl side chain of the ligand-free monomeric human MALT1 paracaspase-IgL3 domain in solution. Biomol NMR Assign 16 (2), 363–371
  21. Jahangiri A, Han X, Lesovoy D, Agback T, Agback P, Achour A, Orekhov V (2022). NMR spectrum reconstruction as a pattern recognition problem. J Magn Reson 346, 107342
  22. Kasheverov IE, Logashina YA, Kornilov FD, Lushpa VA, Maleeva EE, Korolkova YV, Yu J, Zhu X, Zhangsun D, Luo S, Stensvåg K, Kudryavtsev DS, Mineev KS, Andreev YA (2023). Peptides from the Sea Anemone Metridium senile with Modified Inhibitor Cystine Knot (ICK) Fold Inhibit Nicotinic Acetylcholine Receptors. Toxins (Basel) 15 (1), 28
  23. Panina IS, Balandin SV, Tsarev AV, Chugunov AO, Tagaev AA, Finkina EI, Antoshina DV, Sheremeteva EV, Paramonov AS, Rickmeyer J, Bierbaum G, Efremov RG, Shenkarev ZO, Ovchinnikova TV (2023). Specific Binding of the α-Component of the Lantibiotic Lichenicidin to the Peptidoglycan Precursor Lipid II Predetermines Its Antimicrobial Activity. Int J Mol Sci 24 (2), 1332
  24. Orlov NA, Yakimov SA, Nekrasova OV, Feofanov AV (2022). Recombinant Peptides Ce1 and Ce4 from the Venom of Scorpion Centruroides elegans and Their Interactions with Hybrid Channels KcsA-Kv1.x (x = 1, 3, 6). Moscow Univ Biol Sci Bull 77 (2), 119–125
  25. Nekrasova OV, Primak AL, Ignatova AA, Novoseletsky VN, Geraskina OV, Kudryashova KS, Yakimov SA, Kirpichnikov MP, Arseniev AS, Feofanov AV (2020). N-Terminal Tagging with GFP Enhances Selectivity of Agitoxin 2 to Kv1.3-Channel Binding Site. Toxins (Basel) 12 (12), 802
  26. Primak AL, Skutel MA, Nekrasova OV, Arseniev AS, Kirpichnikov MP, Feofanov AV (2020). Kv1 Potassium Channel Ligands Based On Hongotoxin 1 and Red Fluorescent Protein. Russ. J. Bioorganic Chem. 46 (6), 1011–1017
  27. Kudryashova KS, Nekrasova OV, Kirpichnikov MP, Feofanov AV (2021). Chimeras of KcsA and Kv1 as a bioengineering tool to study voltage-gated potassium channels and their ligands. Biochem Pharmacol 190, 114646