Институт
биоорганической химии

Сохранение клонов Б-клеток и возможность тонкой «подстройки» специфичности их рецептора (BCR) к изменениям в структуре антигена позволяет эффективно развивать иммунный ответ в случае повторного контакта с патогенами. Группа ученых из Отдела геномики адаптивного иммунитета ИБХ РАН, совместно с коллегами из ИППИ и Сколтеха, охарактеризовали свойства и динамику репертуаров BCR Б-клеток памяти, и антитело- секретирующих клеток здоровых доноров в течение длительного периода наблюдения. Репертуар BCR Б-клеток памяти отличается от репертуара наивных Б- клеток, в значительной степени уникален для донора и стабилен во времени. Филогенетический анализ свидетельствует о действии позитивного и негативного отбора, обеспечивающих созревание аффинности BCR при реактивации и сохранение функциональности и антигенной специфичности BCR для персистирующих клонов. Работа опубликована в журнале eLife.

Инструменты, разработанные в Лаборатории моделирования биомолекулярных систем ИБХ РАН, легли в основу комплексного подхода для создания модели трансмембранного домена (ТМД) S-белка SARS-CoV-2. Кроме построения на шаблоне использовались анализатор молекулярного гидрофобного потенциала (МГП) Platinum, утилита для предсказания структуры димеров PREDDIMER и подстройка “динамических МГП портретов” при расчете молекулярной динамики. Итоговая модель - единственная созданная с учетом липидного окружения и принципов упаковки α-спиральных ТМД - оказалась чрезвычайно устойчива в модельном бислое, больше, чем альтернативные модели и недавно опубликованная ЯМР-структура, в том числе при ацилировании лежащих ниже ТМД остатков. Работа опубликована в журнале International Journal of Molecular Sciences. Подробнее

Сотрудники Лаборатории молекулярных основ эмбриогенеза, Лаборатории клеточной биологии рецепторов и Группы молекулярной физиологии ИБХ РАН совместно с коллегами из Федерального исследовательского центра «Фундаментальные основы биотехнологии» РАН, Swiss Federal Institute of Technology Lausanne (EPFL) и European Bioinformatics Institute впервые продемонстрировали, что рецепторная тирозинкиназа IRR регулирует скорость раннего развития шпорцевой лягушки Xenopus laevis. Результаты данной работы опубликованы в журнале International Journal of Molecular Sciences. Подробнее

В настоящее время активно разрабатываются методы ингибирования вирусной инфекции, индуцированные опрыскиванием растений препаратами специфических двуцепочечных РНК (дцРНК). Сотрудники Лаборатории функциональной геномики и протеомики растений, Лаборатории Молекулярной диагностики и Лаборатории молекулярных основ стрессоустойчивости растений ИБХ РАН совместно с коллегами из ООО «Дока-Генные Технологии» изучили вклад двух механизмов, индуцируемых дцРНК (специфической РНК-интерференции и неспецифического иммунитета), в противовирусную защиту растений картофеля при использовании дцРНК Y вируса картофеля. В работе показано, что экзогенное нанесение дцРНК-YВК на листья картофеля приводит к накоплению YВК-специфических малых интерферирующих РНК, маркера РНК интерференции, и транскриптов ряда генов, относящихся к неспецифическому иммунитету. Результаты исследования опубликованы в журнале International Journal of Molecular Sciences. Подробнее

Микробные родопсины – интегральные мембранные белки, содержащие хромофор ретиналь и осуществляющие светозависимый транспорт ионов или другие функции. Интерес к ним во многом объясняется перспективами использования в оптогенетике с целью регуляции активности нейронов, в том числе для терапии различных заболеваний. Объектом исследований коллектива ученых из Лаборатории инженерии белка и Группы нанобиоинженерии ИБХ РАН является родопсин Exiguobacterium sibiricum (ESR). Наличие остатка лизина в положении 96, соответствующем внутрибелковому донору протонов для основания Шиффа, отличает его от бактериородопсина (БР), наиболее изученного ретинального белка. В новой работе, выполненной с участием коллег из других российских и зарубежных институтов, авторы показали, что остатки Asp или Glu в этом положении эффективно выполняют в молекуле ESR функцию донора. Однако кинетики фотоцикла и переноса зарядов в мутантах существенно отличаются от БР, что указывает на альтернативный механизм репротонирования основания Шиффа в ESR. Работа опубликована в журнале J Photochem Photobiol B.