Пресс-центр / Дайджест
Иммунный ответ на вакцину прослежен на уровне отдельных Т-клеток
Репертуар Т-клеток во всем его разнообразии играет ключевую роль в адаптивном иммунном ответе. Ученые из Лаборатории сравнительной и функциональной геномики совместно с коллегами из IKMB (Киль, Германия) и ENS (Париж, Франция) с использованием высокопроизводительного секвенирования альфа/бета цепей Т-клеточных рецепторов (TCR) и транскриптома отдельных клеток провели глубокий анализ изменений в репертуаре Т-лимфоцитов после первичной и повторной вакцинации от желтой лихорадки. Было показано, что ответ на повторную вакцинацию значительно слабее, но развивается быстрее первичного. Оказалось, что до 60% цитотоксического иммунного ответа может быть направлено против единственного эпитопа вируса желтой лихорадки. Исследователи охарактеризовали мотивы в аминокислотных последовательностях TCR необходимых для распознавания этого иммунодоминантного эпитопа. Работа опубликована в журнале eLife.
Неожиданные возможности изучения регуляции метаболизма полиаминов с помощью новых С-метилированных производных спермина
Ученые из ИМБ РАН, Университета Восточной Финляндии совместно с сотрудниками Лаборатории молекулярного дизайна и синтеза ИБХ РАН изучают клеточные функции биогенных полиаминов спермина и спермидина, участвующих в регуляции жизненно необходимых для регуляции роста дифференцировки клеток. Создана оригинальная система C-метилированных производные спермина, взаимодействие которых с ферментами метаболизма полиаминов удается регулировать перемещая метильную группу по скелету спермина. Использование этих соединений позволяет исследовать индивидуальные клеточные эффекты легко взаимопревращающихся и частично взаимозаменяемых спермина и спермидина, а также механизмы антизим-опосредованной деградации полиаминов – основной механизм поддержания гомеостаза полиаминов в клетке. Работа опубликована в Journal of Medicinal Chemistry.
Присутствуют ли в крови здоровых людей антитела к Neu5Gc-содержащим гликанам?
Биосинтетическая машинерия человека синтезирует только N-ацетилнейраминовую кислоту (Neu5Ac), в то время как остальных млекопитающих - как ее, так и N-гликолилнейраминовую (Neu5Gc), то есть, последняя является потенциальным ксено-антигеном для человека. В то же время, Neu5Ac из съеденного мяса животных метаболически оказывается в составе гликанов человека, поэтому считалось, что у человека есть антитела к Neu5Gca2-3Galb1-4GlcNAc. Ученые из Лаборатории углеводов ИБХ РАН систематически изучили репертуар антител здоровых доноров и нашли (см. Glycobiology), что антител к этому гликану у них практически нет. В то же время, антитела к Neu5Gc-содержащим гликанам обнаружили у больных с рассеянным склерозом (см. Neurology: Neuroimmunology & Neuroinflammation), которые могут быть маркерами этого заболевания.
Новый метод флуоресцентного мечения белков с использованием коротких α-спиралей
Сотрудники Лаборатории биофотоники и Группы молекулярных меток для оптической наноскопии ИБХ, совместно с коллегами из других российских и зарубежных институтов создали новый способ флуоресцентного мечения белков с использованием коротких α-спиралей (так называемых K/E-спиралей), обладающих тенденцией к взаимодействию друг с другом. Небольшой размер меток (всего 2-3 кДа) позволяет сохранить нативную динамику исследуемых белков. По сравнению с популярными ковалентными метками, K/E-спирали, благодаря непрерывному обмену, позволяют на порядок увеличить устойчивость мечения к фотообесцвечиванию. Вдобавок, такой метод дает возможность наблюдать целевые белки практически сразу после их синтеза, без необходимости дожидаться длительного созревания флуоресцентных белков. Работа выполнена при финансовой поддержке РНФ (проект №16-14-10364) и опубликована в журнале Cellular and Molecular Life Sciences.
Оцифровывание работы рибосом в живых клетках
Лаборатория биоинформационных методов комбинаторной химии и биологии ИБХ РАН в сотрудничестве с коллегами из Ирландии опубликовала обзор в журнале WIRES RNA, посвященный методу рибосомного профилирования, в котором собрана информация о вычислительных методах, программном обеспечении и базах данных, разработанных в течение последних десяти лет. В обзоре разбираются необходимые шаги первоначальной обработки данных, подробно описываются возможные источники технических артефактов и способы их устранения, а также оценка технического качества экспериментальных данных. Исследователи, заинтересованные в данном методе, могут использовать это обширное руководство для выбора программного обеспечения, наиболее соответствующего их нуждам. Подробнее